More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1974 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 223 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  61.99 
 
 		 240 aa  295  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  64.59 
 
 		 230 aa  287  8e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  51.38 
 
 		 223 aa  234  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  50.46 
 
 		 272 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 227 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 227 aa  210  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  45.25 
 
 		 222 aa  209  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  45.29 
 
 		 227 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 237 aa  201  5e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  46.58 
 
 		 237 aa  201  5e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  43.18 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  48.2 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 231 aa  194  7e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 237 aa  194  9e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  45.66 
 
 		 237 aa  194  9e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 225 aa  192  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  45.98 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.98 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  44.84 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 222 aa  192  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  44.84 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 225 aa  191  6e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 222 aa  191  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  43.24 
 
 		 233 aa  189  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  41.44 
 
 		 242 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  45 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  43.89 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  46.82 
 
 		 233 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 225 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 237 aa  185  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 225 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 228 aa  184  9e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  40.91 
 
 		 222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  42.08 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.36 
 
 		 224 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  44.95 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  40.36 
 
 		 222 aa  181  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  41.18 
 
 		 246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  40.91 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  43.3 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.52 
 
 		 231 aa  175  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  38.12 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  36.2 
 
 		 221 aa  175  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 228 aa  174  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  37.76 
 
 		 246 aa  174  9e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0208  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.65 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.52 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.55 
 
 		 226 aa  169  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 259 aa  169  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 240 aa  169  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2632  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 224 aa  167  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  39.56 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  37.27 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  39.37 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.57 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  42.73 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 241 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 224 aa  166  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  37.44 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 223 aa  165  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 241 aa  165  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 228 aa  166  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 249 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 223 aa  166  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1341  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.21 
 
 		 226 aa  165  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 223 aa  165  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3352  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 225 aa  164  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2765  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 225 aa  164  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.497538  normal  0.0218205 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1377  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 225 aa  164  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000301655 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2027  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.82 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.51435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4347  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>