More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1934 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  100 
 
 
634 aa  1309    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  36.85 
 
 
611 aa  420  1e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  43.37 
 
 
768 aa  271  2e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  40.91 
 
 
420 aa  219  8.999999999999998e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  40.82 
 
 
849 aa  213  7.999999999999999e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.7 
 
 
424 aa  204  4e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  40.28 
 
 
791 aa  204  5e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.8 
 
 
419 aa  194  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37 
 
 
427 aa  186  9e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.58 
 
 
791 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.19 
 
 
646 aa  177  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.85 
 
 
425 aa  171  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  50.62 
 
 
775 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001647  sensory box/GGDEF family protein  25.37 
 
 
626 aa  168  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00111686  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.09 
 
 
418 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45 
 
 
476 aa  166  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.83 
 
 
461 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.44 
 
 
416 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.82 
 
 
416 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.47 
 
 
764 aa  165  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  37.41 
 
 
654 aa  164  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00827  hypothetical protein  26.37 
 
 
626 aa  163  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.82 
 
 
1466 aa  163  9e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.16 
 
 
860 aa  163  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  34.19 
 
 
659 aa  162  3e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
1078 aa  160  6e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.91 
 
 
753 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.25 
 
 
227 aa  158  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.41 
 
 
610 aa  157  6e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.25 
 
 
581 aa  156  9e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.8 
 
 
568 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.16 
 
 
562 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  45.96 
 
 
736 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  34.47 
 
 
1274 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.98 
 
 
505 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 
1027 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.29 
 
 
901 aa  154  5e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  49.38 
 
 
474 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  36.33 
 
 
1061 aa  153  8e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.08 
 
 
1027 aa  153  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  46.01 
 
 
569 aa  153  8.999999999999999e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  32.04 
 
 
562 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
339 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  35.77 
 
 
893 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.82 
 
 
548 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  47.24 
 
 
439 aa  152  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.04 
 
 
562 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 
686 aa  152  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  47.62 
 
 
714 aa  152  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  42.19 
 
 
456 aa  151  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.72 
 
 
735 aa  151  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  44.65 
 
 
738 aa  150  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  38.03 
 
 
368 aa  150  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.06 
 
 
722 aa  150  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
332 aa  150  8e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.21 
 
 
709 aa  150  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.46 
 
 
407 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
458 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.9 
 
 
962 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.76 
 
 
496 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  41.82 
 
 
487 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0601  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 
489 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
452 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.88 
 
 
438 aa  149  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
559 aa  148  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  26.41 
 
 
642 aa  148  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.66 
 
 
302 aa  147  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  33.85 
 
 
796 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.06 
 
 
305 aa  147  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.8 
 
 
454 aa  147  6e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
366 aa  147  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  32.27 
 
 
568 aa  147  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  32.27 
 
 
567 aa  147  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  32.27 
 
 
567 aa  146  9e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  48.1 
 
 
492 aa  147  9e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  32.27 
 
 
567 aa  146  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  32.37 
 
 
1346 aa  146  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.49 
 
 
568 aa  146  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.12 
 
 
578 aa  146  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 
772 aa  146  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.38 
 
 
469 aa  146  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.57 
 
 
921 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227976  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.67 
 
 
757 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 
878 aa  145  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
373 aa  145  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  32.27 
 
 
567 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  42.33 
 
 
464 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  32.27 
 
 
567 aa  144  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.45 
 
 
321 aa  144  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  32.27 
 
 
567 aa  144  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  47.33 
 
 
531 aa  144  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.35 
 
 
794 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.6 
 
 
1034 aa  144  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.57 
 
 
921 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.91 
 
 
796 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 
878 aa  144  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  44.58 
 
 
778 aa  144  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.57 
 
 
921 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.45 
 
 
769 aa  144  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
385 aa  144  6e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.71316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>