More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1917 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  637    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 314 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  72.13 
 
 		 306 aa  447  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  67.53 
 
 		 313 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 313 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 313 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 313 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  66.99 
 
 		 313 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  65.7 
 
 		 311 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  65.7 
 
 		 311 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 311 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  67.21 
 
 		 335 aa  425  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 243 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 320 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  42.44 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  43.09 
 
 		 323 aa  251  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 323 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 322 aa  247  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 323 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  41.48 
 
 		 327 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 318 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 323 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 327 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 319 aa  238  8e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.52 
 
 		 321 aa  235  8e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  41.61 
 
 		 326 aa  225  9e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  39.72 
 
 		 285 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  47.68 
 
 		 160 aa  159  7e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.09 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  32.99 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 318 aa  148  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.59 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.58 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.77 
 
 		 319 aa  146  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.77 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.77 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.77 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  32.77 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.77 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.77 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.09 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.25 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  30.77 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 315 aa  139  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.28 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  30.59 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.88 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.88 
 
 		 319 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.88 
 
 		 319 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.88 
 
 		 319 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.88 
 
 		 319 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 305 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  33.11 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.54 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 333 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 316 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 329 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 329 aa  135  8e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>