More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1877 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2710  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  90.96 
 
 
343 aa  654    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0334094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2543  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  89.21 
 
 
343 aa  639    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1877  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  100 
 
 
344 aa  710    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000134447 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1555  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  88.92 
 
 
343 aa  636    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.331273  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2067  leucine dehydrogenase  85.71 
 
 
344 aa  624  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.866372  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2238  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  85.42 
 
 
344 aa  620  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1823  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  86.59 
 
 
348 aa  620  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.653099  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2476  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  86.01 
 
 
344 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.65947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2596  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  86.01 
 
 
344 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1868  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  85.42 
 
 
351 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00511879  hitchhiker  0.00000368215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2483  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  85.42 
 
 
351 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2638  leucine dehydrogenase  84.88 
 
 
344 aa  614  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1598  leucine dehydrogenase  84.84 
 
 
344 aa  613  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1673  leucine dehydrogenase  84.3 
 
 
344 aa  614  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0226874 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1742  leucine dehydrogenase  84.59 
 
 
344 aa  614  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2265  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  82.51 
 
 
343 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2904  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  65.59 
 
 
345 aa  472  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.411111  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0262  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  56.9 
 
 
367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2308  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  56.2 
 
 
367 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0959  leucine dehydrogenase  54.31 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0298672 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4237  leucine dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4070  leucine dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.103154  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3908  leucine dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3917  leucine dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  390  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.258537  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4185  leucine dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000087801 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4387  leucine dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2859  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  388  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4006  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  390  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4295  leucine dehydrogenase  54.6 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4275  leucine dehydrogenase  54.31 
 
 
366 aa  389  1e-107  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1681  leucine dehydrogenase  53.62 
 
 
354 aa  378  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000840551  normal  0.0280258 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4303  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  55.39 
 
 
350 aa  375  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.734088 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12928  leucine dehydrogenase  52.31 
 
 
367 aa  372  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.818858  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1037  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  57.14 
 
 
349 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0938  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  52.48 
 
 
355 aa  372  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2201  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  53.18 
 
 
393 aa  365  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2995  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  53.2 
 
 
371 aa  368  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0400404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1459  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  51.87 
 
 
364 aa  366  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00450437  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2467  leucine dehydrogenase  53.69 
 
 
369 aa  363  3e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.463847  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06750  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  53.24 
 
 
353 aa  360  2e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2875  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  51.86 
 
 
352 aa  360  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.734525 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02824  leucine dehydrogenase  50.43 
 
 
352 aa  348  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0223445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2878  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  50 
 
 
365 aa  342  5.999999999999999e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00467332  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06730  Leucine dehydrogenase  50.29 
 
 
354 aa  340  2.9999999999999998e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0963  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  50 
 
 
357 aa  332  4e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.922055 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2278  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  49.85 
 
 
349 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3241  leucine dehydrogenase  50.6 
 
 
370 aa  326  3e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.710635  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3328  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  47.74 
 
 
353 aa  321  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369761  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2953  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  47.51 
 
 
365 aa  320  3e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00102694  normal  0.0444662 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01746  leucine dehydrogenase  46.94 
 
 
366 aa  317  1e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2779  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  47.18 
 
 
356 aa  316  3e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.60322  normal  0.877021 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3346  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization domain-containing protein  48.94 
 
 
371 aa  316  5e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.846718  normal  0.704979 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1040  leucine dehydrogenase  51.17 
 
 
366 aa  315  9e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.336829  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1436  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  47.15 
 
 
375 aa  311  1e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0296  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  47.62 
 
 
362 aa  311  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2349  leucine dehydrogenase  45.69 
 
 
358 aa  306  4.0000000000000004e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.752275  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4625  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.75 
 
 
355 aa  303  4.0000000000000003e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.466466  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5816  leucine dehydrogenase  47.8 
 
 
365 aa  302  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523942  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2701  leucine dehydrogenase  48.93 
 
 
362 aa  301  9e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0159  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  46.61 
 
 
360 aa  299  5e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346246  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0423  hypothetical protein  45.8 
 
 
368 aa  297  2e-79  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0168  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  47.49 
 
 
360 aa  297  2e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.854835  hitchhiker  0.000159335 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1400  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.13 
 
 
362 aa  294  2e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0299  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  44.71 
 
 
362 aa  292  7e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1708  leucine dehydrogenase  44.08 
 
 
341 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19870  leucine dehydrogenase  43.79 
 
 
341 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020664  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1521  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  46.82 
 
 
349 aa  289  4e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.448998  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2230  hypothetical protein  47.68 
 
 
357 aa  288  7e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2202  hypothetical protein  47.37 
 
 
357 aa  287  2e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8995  leucine dehydrogenase  46.18 
 
 
367 aa  286  4e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28230  valine dehydrogenase (NAD)  47.2 
 
 
355 aa  286  5e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6219  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal:Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerization region  44.98 
 
 
359 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277223  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3248  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  42.9 
 
 
340 aa  281  9e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0915  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerization region  43.29 
 
 
339 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810154  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5981  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  43.36 
 
 
360 aa  280  2e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.245391 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3953  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  47.74 
 
 
356 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.731419 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1973  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  46.43 
 
 
350 aa  278  7e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.278913  normal  0.5183 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2857  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  45.61 
 
 
380 aa  278  8e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2994  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  41.83 
 
 
352 aa  277  2e-73  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.972727  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0652  leucine dehydrogenase  43.25 
 
 
382 aa  272  5.000000000000001e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.941841  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3986  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.06 
 
 
349 aa  272  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0755  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  43.12 
 
 
364 aa  271  1e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4617  leucine dehydrogenase  42.99 
 
 
339 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4477  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  42.99 
 
 
339 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.116706  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4601  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  42.37 
 
 
339 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10760  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  42.01 
 
 
339 aa  265  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.189921  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0097  valine dehydrogenase (NAD)  43.81 
 
 
356 aa  263  3e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.405788 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4313  valine dehydrogenase (NAD)  44.71 
 
 
363 aa  262  6e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2247  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  42.15 
 
 
359 aa  259  5.0000000000000005e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_002620  TC0154  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase family protein  43.84 
 
 
346 aa  255  8e-67  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4753  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  44.55 
 
 
356 aa  250  2e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7207  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  43.2 
 
 
366 aa  249  7e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169486  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0821  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  41.12 
 
 
339 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4113  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  36.09 
 
 
351 aa  225  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1545  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  39.45 
 
 
349 aa  218  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.503343  normal  0.451377 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4087  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  37.17 
 
 
360 aa  204  2e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.733748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0203  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  36.02 
 
 
344 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5610  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  36.86 
 
 
363 aa  200  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0831921  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4404  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  39.38 
 
 
357 aa  191  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4348  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  37.83 
 
 
351 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.452573  normal  0.778555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>