More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1605 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  610  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  72.88 
 
 		 300 aa  477  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  68.71 
 
 		 299 aa  431  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0291  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  58.02 
 
 		 293 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.93 
 
 		 309 aa  225  7e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 299 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.47 
 
 		 293 aa  198  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.81 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 309 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 294 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 296 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 304 aa  188  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.87 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.77 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.84 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 342 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 300 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.56 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.1 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.77 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  178  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 292 aa  178  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 320 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>