194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1600 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04106  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1174    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3756  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1174    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2183  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.74 
 
 		 616 aa  642    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2086  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.14 
 
 		 723 aa  711    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2834  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.23 
 
 		 705 aa  1313    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0360  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.4 
 
 		 712 aa  1184    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21480  ribonucleoside-triphosphate reductase class III catalytic subunit  48.88 
 
 		 754 aa  701    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4734  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1175    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.715295  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000107  ribonucleotide reductase of class III (anaerobic) large subunit  77.41 
 
 		 706 aa  1168    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.185061  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3580  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.69 
 
 		 712 aa  1159    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0417  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.26 
 
 		 712 aa  1174    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1419  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 704 aa  1176    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4035  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.52 
 
 		 712 aa  1196    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5758  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.87 
 
 		 712 aa  1174    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4718  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1173    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0791  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  75.5 
 
 		 706 aa  1137    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1468  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  73.15 
 
 		 708 aa  1093    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.897136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2441  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.09 
 
 		 705 aa  1306    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2511  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  87.94 
 
 		 705 aa  1307    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2443  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.43 
 
 		 705 aa  1210    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4832  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1177    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0277  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  48.37 
 
 		 747 aa  695    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1116  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  48.22 
 
 		 733 aa  677    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.287436  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0138  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  47.19 
 
 		 738 aa  665    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.450422 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1942  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.63 
 
 		 734 aa  708    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2603  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  87.94 
 
 		 705 aa  1306    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000597359 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1687  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.37 
 
 		 705 aa  1321    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.673685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1275  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  82.84 
 
 		 705 aa  1230    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3691  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.52 
 
 		 712 aa  1196    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.693089  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3049  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  92.2 
 
 		 705 aa  1368    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0131887  normal  0.0662102 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0740  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  70.55 
 
 		 704 aa  1074    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4853  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1177    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1665  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.65 
 
 		 705 aa  1325    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4798  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1175    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  89.79 
 
 		 705 aa  1337    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0437  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1178    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1540  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.79 
 
 		 705 aa  1321    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0445  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  76.14 
 
 		 706 aa  1141    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.37 
 
 		 705 aa  1322    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.837695  hitchhiker  0.000803625 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4846  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1171    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.758929  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2640  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.05 
 
 		 616 aa  647    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1317  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  47.89 
 
 		 744 aa  679    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3773  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1175    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2694  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.05 
 
 		 616 aa  647    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3748  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.55 
 
 		 712 aa  1181    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1650  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.51 
 
 		 705 aa  1324    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3556  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.52 
 
 		 712 aa  1196    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04070  hypothetical protein  78.72 
 
 		 712 aa  1174    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05713  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  75.99 
 
 		 706 aa  1149    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4492  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1174    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4809  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1172    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4703  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1178    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.854638 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1600  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  100 
 
 		 705 aa  1474    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0525  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.4 
 
 		 712 aa  1201    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2619  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  89.22 
 
 		 705 aa  1338    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1539  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.33 
 
 		 736 aa  632  1e-180  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.854468  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1125  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  43.74 
 
 		 805 aa  622  1e-177  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1929  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  42.76 
 
 		 802 aa  605  9.999999999999999e-173  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2300  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  44.78 
 
 		 765 aa  604  1.0000000000000001e-171  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1001  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  37.24 
 
 		 706 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1233  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  37.59 
 
 		 704 aa  460  9.999999999999999e-129  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3050  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  37.29 
 
 		 708 aa  460  9.999999999999999e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04760  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  36.35 
 
 		 737 aa  407  1.0000000000000001e-112  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.496041  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1124  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  34.97 
 
 		 740 aa  402  9.999999999999999e-111  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02440  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  35.89 
 
 		 740 aa  400  9.999999999999999e-111  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.187193  normal  0.336585 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0127  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  32.61 
 
 		 736 aa  346  1e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.66 
 
 		 670 aa  331  3e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00598152  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1054  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.46 
 
 		 746 aa  321  3e-86  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.52 
 
 		 676 aa  319  1e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0048  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.15 
 
 		 759 aa  316  9.999999999999999e-85  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0702  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.31 
 
 		 769 aa  312  1e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000299094  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2830  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.8 
 
 		 705 aa  311  2.9999999999999997e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2516  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.8 
 
 		 705 aa  309  1.0000000000000001e-82  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2571  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  28.95 
 
 		 775 aa  292  1e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3398  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.08 
 
 		 618 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118743  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3663  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.08 
 
 		 618 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0424871  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3360  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.92 
 
 		 618 aa  283  9e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000577057  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3614  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.92 
 
 		 618 aa  283  9e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.58287e-17 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3622  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.76 
 
 		 619 aa  281  3e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00561072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3310  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.92 
 
 		 618 aa  281  4e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3629  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.6 
 
 		 618 aa  280  5e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113907  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1604  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.27 
 
 		 618 aa  277  6e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000379053  hitchhiker  0.000000212198 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3711  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.27 
 
 		 619 aa  276  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0130664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3290  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.85 
 
 		 618 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2252  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.74 
 
 		 618 aa  273  7e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00612019  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1260  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  26.78 
 
 		 798 aa  246  8e-64  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0351  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.98 
 
 		 789 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.478958  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3590  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  26.48 
 
 		 720 aa  218  4e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1071  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  33.18 
 
 		 1197 aa  213  9e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00208711  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  25.17 
 
 		 695 aa  160  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  23.97 
 
 		 705 aa  155  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.437594 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39690  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.3 
 
 		 675 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0892  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  25.77 
 
 		 695 aa  151  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0982994  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3397  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.31 
 
 		 686 aa  151  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1190  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.12 
 
 		 690 aa  149  3e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.629609 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3016  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  22.72 
 
 		 685 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1779  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  25.67 
 
 		 669 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0307976  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0421  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  22.96 
 
 		 689 aa  140  6e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3365  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.37 
 
 		 675 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.172417  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1782  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  23.14 
 
 		 687 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.309606  normal  0.622 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>