210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1589 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  53.42 
 
 
1018 aa  933    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  53.44 
 
 
1018 aa  927    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  52.95 
 
 
1018 aa  919    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  53.24 
 
 
1018 aa  944    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  53.42 
 
 
1018 aa  917    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  43.49 
 
 
1020 aa  724    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  53.54 
 
 
1018 aa  921    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  51.91 
 
 
1018 aa  882    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  53.44 
 
 
1018 aa  926    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  53.24 
 
 
1018 aa  889    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  53.44 
 
 
1018 aa  926    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  73.08 
 
 
1018 aa  1415    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  100 
 
 
1018 aa  2061    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  67.68 
 
 
1018 aa  1308    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  39.66 
 
 
1018 aa  597  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  33.71 
 
 
1020 aa  465  1e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  29.34 
 
 
1039 aa  382  1e-104  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  28.79 
 
 
1029 aa  373  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  28.97 
 
 
1029 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  29.7 
 
 
1049 aa  372  1e-101  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  28.79 
 
 
1029 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  28.79 
 
 
1029 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  28.6 
 
 
1029 aa  365  2e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  28.6 
 
 
1029 aa  365  2e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  28.6 
 
 
1029 aa  365  3e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  28.97 
 
 
1029 aa  363  8e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  29.39 
 
 
1029 aa  363  1e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  28.8 
 
 
1029 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  27.68 
 
 
1029 aa  357  5.999999999999999e-97  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  40.85 
 
 
1018 aa  329  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  28.84 
 
 
1038 aa  326  1e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  40.38 
 
 
1013 aa  325  3e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  28.76 
 
 
1024 aa  296  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  26.54 
 
 
1030 aa  294  5e-78  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  34.12 
 
 
1020 aa  241  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  52.74 
 
 
1017 aa  196  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  51.91 
 
 
953 aa  190  1e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  26.46 
 
 
906 aa  188  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  29.02 
 
 
1033 aa  177  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2144  DNA repair exonuclease, SbcC  51.02 
 
 
1006 aa  174  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214587  normal  0.18739 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  45.4 
 
 
1009 aa  169  2e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  45.4 
 
 
1009 aa  168  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  45.4 
 
 
1009 aa  168  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  36.65 
 
 
881 aa  162  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1890  DNA repair exonuclease, SbcC  30.52 
 
 
989 aa  159  4e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  42.19 
 
 
962 aa  158  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  40.72 
 
 
1291 aa  152  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  49.42 
 
 
986 aa  151  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  39.13 
 
 
1025 aa  151  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  37.02 
 
 
995 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1924  DNA repair exonuclease, SbcC  40.31 
 
 
995 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557877  decreased coverage  0.00069537 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0124  putative exonuclease  35.82 
 
 
1046 aa  148  5e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0895241  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  41.49 
 
 
1081 aa  148  6e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31440  DNA repair ATPase  45.81 
 
 
986 aa  147  8.000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.651152 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  35.58 
 
 
1022 aa  146  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1882  SMC domain protein  24.76 
 
 
904 aa  144  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.600097  normal  0.549876 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  38.73 
 
 
1047 aa  143  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2573  SMC domain-containing protein  46.33 
 
 
1023 aa  140  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1225  putative exonuclease  39.37 
 
 
1058 aa  136  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  25.91 
 
 
1165 aa  136  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08420  exonuclease SbcC  41.95 
 
 
1009 aa  135  3e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  38.74 
 
 
1249 aa  135  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  27.41 
 
 
1091 aa  134  6.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  37.1 
 
 
1011 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  30.87 
 
 
1223 aa  126  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  34.22 
 
 
1046 aa  125  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  31.15 
 
 
1219 aa  124  8e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2960  DNA repair exonuclease, SbcC  44.23 
 
 
1191 aa  122  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.263309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  24.92 
 
 
1088 aa  121  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  36.55 
 
 
1059 aa  119  3e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  31.58 
 
 
1230 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  37.86 
 
 
1346 aa  116  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  31.15 
 
 
1238 aa  115  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  26.71 
 
 
1048 aa  112  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  26.71 
 
 
1048 aa  112  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  26.71 
 
 
1048 aa  112  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  35.87 
 
 
1226 aa  112  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  34.25 
 
 
1227 aa  110  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  27.05 
 
 
1047 aa  109  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  34.09 
 
 
1164 aa  109  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  27.05 
 
 
1047 aa  110  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  33 
 
 
1114 aa  109  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  27.05 
 
 
1047 aa  109  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  27.05 
 
 
1047 aa  110  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  27.05 
 
 
1047 aa  109  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  31.72 
 
 
1137 aa  109  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1915  SMC domain protein  35.12 
 
 
815 aa  108  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00125008  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  31.33 
 
 
1227 aa  108  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  34.8 
 
 
810 aa  108  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  38.89 
 
 
1101 aa  107  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  27.27 
 
 
1047 aa  107  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  36.87 
 
 
1303 aa  106  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0207  exonuclease SbcC  33.18 
 
 
1172 aa  106  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  37.89 
 
 
1224 aa  106  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  35.56 
 
 
1234 aa  106  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  32.67 
 
 
1308 aa  106  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  40.67 
 
 
1307 aa  105  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  33.18 
 
 
1172 aa  106  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  36.42 
 
 
1211 aa  105  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  31.53 
 
 
1180 aa  105  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>