More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1574 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
134 aa  271  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  97.76 
 
 
134 aa  266  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.54 
 
 
134 aa  255  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.54 
 
 
134 aa  255  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.54 
 
 
134 aa  255  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.54 
 
 
134 aa  255  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.54 
 
 
134 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.54 
 
 
134 aa  255  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  92.54 
 
 
134 aa  255  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.79 
 
 
134 aa  254  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.79 
 
 
134 aa  254  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.79 
 
 
134 aa  253  4e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.79 
 
 
134 aa  253  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  89.55 
 
 
134 aa  249  7e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  87.31 
 
 
134 aa  243  4.9999999999999997e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  85.82 
 
 
134 aa  239  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  59.69 
 
 
133 aa  160  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.92 
 
 
134 aa  157  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.49 
 
 
133 aa  155  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  58.59 
 
 
132 aa  154  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  52.63 
 
 
135 aa  148  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.74 
 
 
135 aa  141  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  54.92 
 
 
135 aa  140  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.37 
 
 
136 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  52.46 
 
 
136 aa  138  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  50.38 
 
 
134 aa  138  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  49.61 
 
 
134 aa  135  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  50.39 
 
 
134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  49.61 
 
 
134 aa  134  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.85 
 
 
134 aa  132  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
136 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.85 
 
 
135 aa  131  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.51 
 
 
116 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  46.51 
 
 
136 aa  128  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.42 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
139 aa  117  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  42.75 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  42.5 
 
 
143 aa  108  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.8 
 
 
140 aa  103  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
135 aa  103  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.34 
 
 
133 aa  101  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.88 
 
 
134 aa  90.9  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.83 
 
 
133 aa  86.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  37.78 
 
 
141 aa  86.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.09 
 
 
135 aa  85.9  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.85 
 
 
137 aa  83.6  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  37.4 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.36 
 
 
134 aa  80.5  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 
134 aa  80.5  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
140 aa  77.8  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  30.08 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  33.06 
 
 
139 aa  72  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
133 aa  72  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
250 aa  70.5  0.000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
142 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
142 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
133 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.9 
 
 
155 aa  67.8  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
137 aa  67  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  29.41 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.4 
 
 
146 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  31.4 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
143 aa  65.1  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  31.45 
 
 
146 aa  64.7  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  29.51 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  29.51 
 
 
148 aa  63.9  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.23 
 
 
149 aa  64.3  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  27.2 
 
 
154 aa  63.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.56 
 
 
140 aa  63.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.28 
 
 
137 aa  62.8  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 
141 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1866  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
142 aa  62.4  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.838345 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0581  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
140 aa  62.8  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000412701  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
139 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
139 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  30.33 
 
 
152 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 
141 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
151 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.92 
 
 
135 aa  60.8  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  25.42 
 
 
139 aa  60.8  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
140 aa  60.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 
143 aa  60.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  26.27 
 
 
139 aa  60.5  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>