138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1568 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1568  porin  100 
 
 
403 aa  822  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  hitchhiker  1.52354e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  66.75 
 
 
403 aa  549  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  67.07 
 
 
402 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.11786e-07  decreased coverage  2.68212e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  64.41 
 
 
402 aa  515  1e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  63.04 
 
 
403 aa  504  1e-142  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.30706e-07  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  62.8 
 
 
403 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  8.66519e-09  hitchhiker  8.18773e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  62.8 
 
 
403 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.07941e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  63.29 
 
 
403 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.33613e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  62.04 
 
 
403 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.11873e-07  hitchhiker  5.58993e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  58.21 
 
 
402 aa  467  1e-130  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.37456e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  56.7 
 
 
402 aa  461  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  9.08733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  59.61 
 
 
398 aa  459  1e-128  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  55.26 
 
 
388 aa  457  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  58.29 
 
 
402 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.93387e-08  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  58.04 
 
 
402 aa  447  1e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  3.00208e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  54.92 
 
 
402 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.29036e-08  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  57.58 
 
 
402 aa  440  1e-122  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.06502e-07  hitchhiker  8.92589e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  47.29 
 
 
382 aa  373  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  34.14 
 
 
385 aa  236  7e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  33.82 
 
 
384 aa  233  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  33.82 
 
 
384 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  35.52 
 
 
384 aa  232  7e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  35.52 
 
 
384 aa  232  7e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  33.82 
 
 
384 aa  232  9e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  35.52 
 
 
384 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  33.73 
 
 
385 aa  230  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  35.28 
 
 
384 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  33.82 
 
 
384 aa  229  8e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  34.46 
 
 
389 aa  226  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  33.5 
 
 
384 aa  225  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  33.73 
 
 
389 aa  224  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  32.29 
 
 
389 aa  220  4e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  35.04 
 
 
384 aa  216  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  27.78 
 
 
365 aa  113  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  32.66 
 
 
324 aa  90.9  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  24.38 
 
 
352 aa  77  6e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  30.46 
 
 
352 aa  72.4  1e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  24.03 
 
 
340 aa  70.9  4e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  36.36 
 
 
380 aa  65.5  1e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  26.07 
 
 
360 aa  63.5  6e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  32.46 
 
 
381 aa  59.7  9e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  5.10275e-08  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  25 
 
 
357 aa  58.5  2e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0588  major outer membrane protein OmpU  25.97 
 
 
333 aa  57.8  4e-07  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116995  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  23.35 
 
 
372 aa  56.6  7e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  23.35 
 
 
372 aa  56.2  9e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  33.57 
 
 
380 aa  56.6  9e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  23.35 
 
 
372 aa  56.2  9e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  23.35 
 
 
372 aa  56.2  9e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  23.35 
 
 
372 aa  56.2  9e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  25.84 
 
 
371 aa  56.2  1e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  25.84 
 
 
371 aa  56.2  1e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.9147e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  25.28 
 
 
357 aa  55.8  1e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  25.84 
 
 
371 aa  56.2  1e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  24.79 
 
 
365 aa  54.7  3e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  28.72 
 
 
350 aa  54.3  3e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  23.7 
 
 
362 aa  53.5  6e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  23.7 
 
 
362 aa  53.5  6e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  23.7 
 
 
362 aa  53.5  6e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  26.92 
 
 
336 aa  53.1  8e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  24.1 
 
 
359 aa  53.1  8e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  26.83 
 
 
351 aa  52.8  1e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  26.83 
 
 
351 aa  52.8  1e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  28.71 
 
 
360 aa  52.8  1e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.0387e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  27.27 
 
 
337 aa  51.6  2e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  23.46 
 
 
362 aa  52  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  29.01 
 
 
330 aa  52  2e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  27.18 
 
 
351 aa  51.6  2e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  30.21 
 
 
360 aa  51.2  3e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  28.23 
 
 
360 aa  51.2  3e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.7634e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  30.21 
 
 
360 aa  51.2  3e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  29.59 
 
 
383 aa  51.2  3e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 
351 aa  51.2  3e-05  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  30.21 
 
 
360 aa  51.2  3e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 
351 aa  50.8  4e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  26.7 
 
 
345 aa  50.8  4e-05  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 
351 aa  50.8  4e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 
351 aa  50.8  4e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  26.7 
 
 
345 aa  50.8  4e-05  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  26.79 
 
 
360 aa  50.4  6e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.61923e-05  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  30.94 
 
 
379 aa  49.7  8e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  24.84 
 
 
331 aa  49.7  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  32.47 
 
 
377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  32.47 
 
 
377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  32.47 
 
 
377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  32.47 
 
 
377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  32.47 
 
 
378 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  32.47 
 
 
377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  32.47 
 
 
377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  25.26 
 
 
360 aa  49.3  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  32.47 
 
 
377 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  22.3 
 
 
370 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  30.77 
 
 
380 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  27.63 
 
 
321 aa  48.5  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  28.12 
 
 
378 aa  48.5  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  30.39 
 
 
379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  30.39 
 
 
379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  30.39 
 
 
379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  3.37977e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  30.39 
 
 
379 aa  47.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  30.81 
 
 
365 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  30.39 
 
 
379 aa  47.4  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>