More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1538 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  67.9 
 
 
459 aa  681  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  71.8 
 
 
461 aa  731  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.39481e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  83.01 
 
 
461 aa  831  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.64638e-05  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  75.65 
 
 
460 aa  751  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  69.41 
 
 
461 aa  672  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.94006e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  69.41 
 
 
461 aa  672  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.38742e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 
459 aa  960  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  69.2 
 
 
461 aa  711  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  91.5 
 
 
459 aa  889  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.5745e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  83.88 
 
 
459 aa  830  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.05095e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  71.8 
 
 
461 aa  731  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  5.65226e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  84.1 
 
 
459 aa  831  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  7.84367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  74.29 
 
 
459 aa  742  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.26973e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  81.48 
 
 
459 aa  814  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  82.79 
 
 
461 aa  828  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  9.73737e-07  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  84.78 
 
 
460 aa  838  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  83.44 
 
 
461 aa  835  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  4.06523e-06  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  83.22 
 
 
459 aa  826  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  67.25 
 
 
461 aa  667  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  84.1 
 
 
459 aa  831  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.05927e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  88.24 
 
 
459 aa  865  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  7.06228e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  69.2 
 
 
465 aa  669  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  84.1 
 
 
461 aa  833  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.2906e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  72.02 
 
 
461 aa  731  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  69.41 
 
 
461 aa  672  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  69.2 
 
 
461 aa  670  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  69.41 
 
 
461 aa  701  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1248  cysteinyl-tRNA synthetase  68.98 
 
 
461 aa  678  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000407868  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  83.44 
 
 
459 aa  837  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  69.41 
 
 
461 aa  672  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  68.55 
 
 
461 aa  663  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2660  cysteinyl-tRNA synthetase  68.76 
 
 
461 aa  676  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0958679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3792  cysteinyl-tRNA synthetase  64.47 
 
 
469 aa  646  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158912  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  83.88 
 
 
459 aa  828  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.79239e-08  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  73.81 
 
 
462 aa  737  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0583  cysteinyl-tRNA synthetase  68.55 
 
 
461 aa  660  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000237473  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  69.85 
 
 
461 aa  702  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  90.85 
 
 
459 aa  890  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.69576e-05  decreased coverage  4.05781e-07 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  69.41 
 
 
461 aa  672  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  69.2 
 
 
461 aa  671  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  8.69328e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  69.2 
 
 
461 aa  670  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.45002e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  68.55 
 
 
461 aa  663  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  68.55 
 
 
461 aa  663  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  76.09 
 
 
460 aa  754  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  4.55216e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  68.55 
 
 
461 aa  663  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  69.41 
 
 
461 aa  671  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1888  cysteinyl-tRNA synthetase  64.66 
 
 
464 aa  613  1e-174  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298729  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0121  cysteinyl-tRNA synthetase  57.83 
 
 
462 aa  604  1e-172  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.179815  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01977  cysteinyl-tRNA synthetase  64.43 
 
 
460 aa  601  1e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3638  cysteinyl-tRNA synthetase  60.57 
 
 
460 aa  577  1e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.1842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1735  cysteinyl-tRNA synthetase  59.04 
 
 
460 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27756  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3742  cysteinyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 
460 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156882  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  58.66 
 
 
485 aa  570  1e-161  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
455 aa  565  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2786  cysteinyl-tRNA synthetase  57.52 
 
 
460 aa  561  1e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.401544  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  56.86 
 
 
460 aa  560  1e-158  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2407  cysteinyl-tRNA synthetase  57.52 
 
 
460 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439107  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1666  cysteinyl-tRNA synthetase  56.86 
 
 
458 aa  560  1e-158  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2878  cysteinyl-tRNA synthetase  57.3 
 
 
460 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.846571  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  58.42 
 
 
461 aa  558  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  3.07026e-05 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  58.92 
 
 
465 aa  560  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2905  cysteinyl-tRNA synthetase  57.52 
 
 
460 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.242748  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1902  cysteinyl-tRNA synthetase  58.35 
 
 
454 aa  548  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.478316  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  57.3 
 
 
459 aa  548  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
460 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  56.62 
 
 
456 aa  543  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 
464 aa  535  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  55.56 
 
 
456 aa  532  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  55.56 
 
 
456 aa  532  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  56.24 
 
 
461 aa  530  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2249  cysteine--tRNA ligase  53.31 
 
 
485 aa  527  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000746597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41360  cysteinyl-tRNA synthetase  56.64 
 
 
460 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.490011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23530  cysteinyl-tRNA synthetase  58.3 
 
 
461 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 
463 aa  521  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  54.23 
 
 
454 aa  522  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3508  cysteinyl-tRNA synthetase  56.21 
 
 
460 aa  524  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1875  cysteinyl-tRNA synthetase  54.68 
 
 
462 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  2.29747e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0919  cysteinyl-tRNA synthetase  54.96 
 
 
456 aa  521  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2221  cysteinyl-tRNA synthetase  54.68 
 
 
462 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.312209  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  54.13 
 
 
460 aa  515  1e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.30638e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  52.29 
 
 
505 aa  507  1e-142  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1102  cysteinyl-tRNA synthetase  53.98 
 
 
463 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  51.03 
 
 
485 aa  503  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1008  cysteinyl-tRNA synthetase  53.98 
 
 
463 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0156033  normal  0.100097 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1122  cysteinyl-tRNA synthetase  54.41 
 
 
462 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189583  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  51.46 
 
 
481 aa  503  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  53.38 
 
 
488 aa  499  1e-140  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2507  cysteinyl-tRNA synthetase  54.76 
 
 
461 aa  495  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1670  cysteinyl-tRNA synthetase  53.66 
 
 
457 aa  497  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1623  cysteinyl-tRNA synthetase  54.47 
 
 
458 aa  496  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  52.1 
 
 
473 aa  495  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.969575  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0858  cysteinyl-tRNA synthetase  52.94 
 
 
473 aa  496  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  53.16 
 
 
488 aa  497  1e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3046  cysteinyl-tRNA synthetase  55.25 
 
 
461 aa  494  1e-138  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2510  cysteinyl-tRNA synthetase  52.03 
 
 
465 aa  494  1e-138  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0390951  hitchhiker  0.00182498 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2091  cysteinyl-tRNA synthetase  53.38 
 
 
458 aa  489  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2893  cysteinyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 
463 aa  488  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.751187  normal  0.0110862 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1941  cysteinyl-tRNA synthetase  54.16 
 
 
465 aa  488  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2865  cysteinyl-tRNA synthetase  51.62 
 
 
462 aa  491  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 
493 aa  490  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>