More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1281 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  100 
 
 		 553 aa  1130    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1169  recombination and repair protein  80.29 
 
 		 553 aa  923    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  76.23 
 
 		 552 aa  872    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3153  recombination and repair protein  75.68 
 
 		 552 aa  863    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000145597  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1196  recombination and repair protein  80.58 
 
 		 553 aa  909    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1218  recombination and repair protein  75.68 
 
 		 552 aa  863    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187963  normal  0.0934404 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3359  recombination and repair protein  85.66 
 
 		 553 aa  955    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0341558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1151  recombination and repair protein  73.6 
 
 		 554 aa  824    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.901201  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2771  recombination and repair protein  75.68 
 
 		 552 aa  862    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3296  recombination and repair protein  75.68 
 
 		 552 aa  863    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182341  decreased coverage  0.000158665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3151  recombination and repair protein  75.68 
 
 		 552 aa  863    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0961248  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1104  recombination and repair protein  76.23 
 
 		 552 aa  874    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.562592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1170  recombination and repair protein  76.23 
 
 		 552 aa  875    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1043  recombination and repair protein  72.78 
 
 		 552 aa  829    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  76.41 
 
 		 552 aa  876    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  75.72 
 
 		 554 aa  868    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  57.17 
 
 		 554 aa  626  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  57.35 
 
 		 554 aa  625  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0378  recombination and repair protein  56.81 
 
 		 554 aa  620  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.116911  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2976  recombination and repair protein  56.44 
 
 		 553 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0819489  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1376  recombination and repair protein  56.44 
 
 		 553 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100313  normal  0.0248594 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2889  recombination and repair protein  56.44 
 
 		 553 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000988342  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02504  recombination and repair protein  56.08 
 
 		 553 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0788874  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2899  recombination and repair protein  56.26 
 
 		 553 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2829  recombination and repair protein  56.26 
 
 		 553 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00407233  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2897  recombination and repair protein  56.26 
 
 		 553 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3096  recombination and repair protein  56.81 
 
 		 553 aa  607  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.316238  normal  0.467754 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02468  hypothetical protein  56.08 
 
 		 553 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116899  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2879  recombination and repair protein  56.26 
 
 		 553 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.158329 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2475  recombination and repair protein  54.33 
 
 		 565 aa  607  9.999999999999999e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1059  DNA repair protein RecN  55.9 
 
 		 553 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0987529  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2768  recombination and repair protein  56.08 
 
 		 553 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00054696  normal  0.107417 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3011  recombination and repair protein  56.08 
 
 		 553 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2774  recombination and repair protein  55.9 
 
 		 553 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1068  recombination and repair protein  55.9 
 
 		 553 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0569436  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  55.9 
 
 		 553 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2900  recombination and repair protein  55.72 
 
 		 553 aa  601  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3686  recombination and repair protein  56.08 
 
 		 553 aa  598  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00128842  normal  0.127979 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3005  recombination and repair protein  55.54 
 
 		 553 aa  596  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658292  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0914  DNA repair protein RecN  55.22 
 
 		 558 aa  587  1e-166  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.473015  normal  0.408005 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3218  recombination and repair protein  54.81 
 
 		 553 aa  580  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3298  recombination and repair protein  54.81 
 
 		 553 aa  578  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0728  recombination and repair protein  54.08 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118324  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0963  recombination and repair protein  52.99 
 
 		 553 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0199907  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1714  DNA repair protein RecN  48.91 
 
 		 557 aa  533  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3825  DNA repair protein RecN  48.13 
 
 		 561 aa  526  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321139  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02270  DNA repair ATPase RecN  48.29 
 
 		 561 aa  506  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5483  DNA repair protein RecN  47.92 
 
 		 558 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582199  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63010  DNA repair protein RecN  47.38 
 
 		 558 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3626  DNA repair protein RecN  47.47 
 
 		 558 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42990  DNA repair protein RecN  47.29 
 
 		 557 aa  485  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  44.93 
 
 		 559 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4197  DNA repair protein RecN  46.2 
 
 		 557 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312426  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4507  DNA repair protein RecN  45.83 
 
 		 557 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0761  DNA repair protein RecN  46.38 
 
 		 557 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345087  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0703  DNA repair protein RecN  46.75 
 
 		 557 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.926549  hitchhiker  0.000359109 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4595  DNA repair protein RecN  46.57 
 
 		 557 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.202375 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4729  DNA repair protein RecN  46.39 
 
 		 557 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366375 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0968  DNA repair protein RecN  44.6 
 
 		 567 aa  460  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.858596  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4730  DNA repair protein RecN  46.39 
 
 		 557 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0651  DNA repair protein  45.95 
 
 		 559 aa  458  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1860  DNA repair protein RecN  45.85 
 
 		 558 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.457848  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1904  DNA repair protein RecN  44.44 
 
 		 564 aa  449  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3966  DNA repair protein RecN  45.57 
 
 		 556 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  41.85 
 
 		 559 aa  438  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  41.98 
 
 		 557 aa  438  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2739  DNA repair protein recN  43.12 
 
 		 555 aa  432  1e-120  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1446  DNA repair protein RecN  41.74 
 
 		 556 aa  434  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000211173  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3096  DNA repair protein RecN  42.1 
 
 		 557 aa  432  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1385  DNA repair protein  41.74 
 
 		 608 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276871  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2877  DNA repair protein recN  42.57 
 
 		 555 aa  429  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2333  DNA repair protein RecN  40.87 
 
 		 549 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1107  DNA repair protein RecN  40.87 
 
 		 549 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0249547  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3319  DNA repair protein RecN  40.87 
 
 		 549 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303665  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0492  DNA repair protein RecN  40.87 
 
 		 549 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3286  DNA repair protein RecN  40.87 
 
 		 549 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0539815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2214  DNA repair protein RecN  40.87 
 
 		 549 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.725261  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0932  DNA repair protein RecN  40.94 
 
 		 557 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3329  DNA repair protein RecN  40.69 
 
 		 549 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2421  DNA repair protein RecN  41.14 
 
 		 563 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.955613  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1300  DNA repair protein RecN  41.05 
 
 		 549 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00383913  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  41.59 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1458  DNA repair protein RecN  41.49 
 
 		 557 aa  403  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0380589  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1597  DNA repair protein RecN  41.8 
 
 		 553 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1515  recombination protein N  41.12 
 
 		 557 aa  401  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01182  DNA repair protein RecN  41.34 
 
 		 554 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.239665  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0866  DNA repair protein RecN  39.24 
 
 		 555 aa  395  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2888  DNA repair protein RecN  41.08 
 
 		 568 aa  395  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2641  DNA repair protein RecN  40.76 
 
 		 549 aa  391  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2482  DNA repair protein RecN  40.36 
 
 		 568 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0998  DNA repair protein RecN  40.25 
 
 		 589 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0713  DNA repair protein RecN  40.04 
 
 		 549 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.685992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0456  DNA repair protein RecN  41.05 
 
 		 553 aa  386  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0259  DNA repair protein RecN  40.04 
 
 		 549 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255628  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0743  DNA repair protein RecN  40.04 
 
 		 549 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259434  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0775  DNA repair protein RecN  40.36 
 
 		 552 aa  385  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000179189 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0637  DNA repair protein RecN  39.67 
 
 		 549 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0661  DNA repair protein RecN  39.86 
 
 		 549 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2651  DNA repair protein  41.22 
 
 		 569 aa  382  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.829393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  40.64 
 
 		 556 aa  380  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>