More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1266 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 371 aa  748    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  82.39 
 
 		 370 aa  531  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  67.33 
 
 		 370 aa  462  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  62.32 
 
 		 369 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  62.32 
 
 		 369 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.32 
 
 		 369 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  62.32 
 
 		 369 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  61.41 
 
 		 372 aa  444  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  59.83 
 
 		 369 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  63.77 
 
 		 370 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  63.77 
 
 		 373 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  63.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  63.24 
 
 		 417 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  60.75 
 
 		 365 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  55.24 
 
 		 359 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  54.74 
 
 		 369 aa  389  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  60.69 
 
 		 350 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  56.32 
 
 		 390 aa  382  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  55.86 
 
 		 352 aa  362  5.0000000000000005e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 360 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  34.96 
 
 		 361 aa  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  31.73 
 
 		 349 aa  182  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 375 aa  172  5.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  34.05 
 
 		 361 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  34.13 
 
 		 361 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 		 385 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  31.9 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 		 374 aa  171  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.9 
 
 		 368 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  32.72 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.7 
 
 		 355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 		 360 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  35.03 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  31.85 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  33.56 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  33.56 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  33.56 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 360 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.52 
 
 		 360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 354 aa  157  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  29.44 
 
 		 366 aa  156  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 364 aa  156  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  31.19 
 
 		 376 aa  155  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  31.23 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 353 aa  149  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 392 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  31.02 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  29.49 
 
 		 406 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 382 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 380 aa  142  6e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.61 
 
 		 375 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  32.18 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 388 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 381 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.61 
 
 		 376 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 371 aa  139  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.51 
 
 		 403 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  30.79 
 
 		 397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  30.75 
 
 		 382 aa  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.43 
 
 		 351 aa  136  7.000000000000001e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 351 aa  135  8e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 365 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 366 aa  135  9e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  29.3 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.19 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  27.35 
 
 		 397 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.88 
 
 		 397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 		 373 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  29.38 
 
 		 397 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.45 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  29.8 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 365 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  28.75 
 
 		 383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.69 
 
 		 370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 372 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  28.75 
 
 		 383 aa  129  8.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.8 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  28.75 
 
 		 403 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.95 
 
 		 365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 376 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  27.61 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  28.99 
 
 		 388 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.55 
 
 		 403 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>