More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1217 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1217  hypothetical protein  100 
 
 
192 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000670198  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1317  hypothetical protein  80.63 
 
 
191 aa  326  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.269449  normal  0.532637 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1323  hypothetical protein  74.35 
 
 
191 aa  291  6e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00141701  normal  0.012746 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3055  hypothetical protein  74.35 
 
 
191 aa  291  6e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011163  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2875  hypothetical protein  71.73 
 
 
191 aa  290  7e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.367031  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3198  hypothetical protein  73.82 
 
 
191 aa  289  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000543452  normal  0.576975 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3041  hypothetical protein  73.82 
 
 
191 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000749458  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2702  hypothetical protein  72.77 
 
 
191 aa  286  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.120827  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1179  hypothetical protein  73.3 
 
 
191 aa  285  2e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000115477  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1178  hypothetical protein  72.77 
 
 
191 aa  283  8e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000879388  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1249  hypothetical protein  72.77 
 
 
191 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00199018  normal  0.506862 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1121  hypothetical protein  75.14 
 
 
177 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000345646  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2128  hypothetical protein  73.82 
 
 
191 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000295006  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3370  hypothetical protein  71.73 
 
 
191 aa  263  8.999999999999999e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0950  hypothetical protein  67.02 
 
 
190 aa  263  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000269923  normal  0.477847 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03828  YceI  65.88 
 
 
188 aa  235  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05924  hypothetical protein  60.21 
 
 
189 aa  230  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1041  hypothetical protein  56.02 
 
 
189 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.570231  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01052  hypothetical protein  57.59 
 
 
191 aa  225  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.772796  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2590  YceI family protein  57.59 
 
 
191 aa  225  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.549032  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2272  hypothetical protein  57.59 
 
 
191 aa  225  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01060  hypothetical protein  57.59 
 
 
191 aa  225  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1435  hypothetical protein  57.59 
 
 
191 aa  225  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383161  normal  0.170982 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2074  hypothetical protein  57.59 
 
 
191 aa  225  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598885  normal  0.498469 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0523  hypothetical protein  60.94 
 
 
191 aa  224  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1179  hypothetical protein  57.59 
 
 
191 aa  224  6e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.537467  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2544  hypothetical protein  57.59 
 
 
191 aa  224  6e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.162419  normal  0.478359 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000194  hypothetical protein  62.36 
 
 
176 aa  224  8e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000000352716  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1178  hypothetical protein  57.07 
 
 
191 aa  224  9e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05510  hypothetical protein  60.42 
 
 
191 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0419  YceI family protein  57.59 
 
 
191 aa  222  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197629  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1821  hypothetical protein  57.07 
 
 
192 aa  221  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.129752  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1931  hypothetical protein  57.07 
 
 
192 aa  221  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2224  hypothetical protein  57.07 
 
 
192 aa  221  6e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0021514  hitchhiker  0.00838786 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1224  hypothetical protein  56.02 
 
 
191 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.984654  normal  0.418516 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2216  hypothetical protein  56.02 
 
 
191 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.933696  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1268  hypothetical protein  56.02 
 
 
191 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2032  hypothetical protein  55.5 
 
 
191 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1570  hypothetical protein  56.02 
 
 
192 aa  218  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.599107 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1253  hypothetical protein  55.5 
 
 
191 aa  218  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.845086 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0473  hypothetical protein  56.54 
 
 
189 aa  215  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.81293e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1609  YceI family protein  53.12 
 
 
192 aa  215  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0780  hypothetical protein  55.03 
 
 
196 aa  213  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.263048  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03250  YceI-like protein  58.33 
 
 
192 aa  213  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2790  hypothetical protein  54.4 
 
 
193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.234701  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1887  YceI family protein  54.97 
 
 
192 aa  211  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.810222  hitchhiker  0.000541612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3598  hypothetical protein  56.73 
 
 
199 aa  210  7.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118422  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2823  hypothetical protein  54.69 
 
 
192 aa  206  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2890  hypothetical protein  55.43 
 
 
189 aa  206  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.11559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2518  hypothetical protein  54.17 
 
 
192 aa  204  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5071  YceI-like family protein  54.17 
 
 
192 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5284  hypothetical protein  52.04 
 
 
208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.547725  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0457  hypothetical protein  54.17 
 
 
192 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1739  hypothetical protein  53.01 
 
 
203 aa  181  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000033243  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4981  hypothetical protein  49.48 
 
 
204 aa  177  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.94461  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4854  hypothetical protein  49.48 
 
 
192 aa  177  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.393068  normal  0.0523451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0484  hypothetical protein  48.97 
 
 
192 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.611751  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5030  hypothetical protein  48.45 
 
 
192 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1314  hypothetical protein  49.13 
 
 
198 aa  171  7.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0185349  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1405  YceI family protein  40.54 
 
 
201 aa  167  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.247492 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3499  YceI family protein  43.96 
 
 
179 aa  151  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0890239  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3514  YceI family protein  40.54 
 
 
285 aa  119  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0992  YceI family protein  40.74 
 
 
183 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00460227  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0989  YceI family protein  41.48 
 
 
183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.324604  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3307  YceI family protein  38.57 
 
 
182 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.872006  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3449  YceI  36.9 
 
 
196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3229  hypothetical protein  35.68 
 
 
197 aa  115  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.474421  normal  0.780413 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0932  YceI  40 
 
 
183 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.656064  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4326  YceI family protein  34.29 
 
 
187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.113695  normal  0.313074 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1722  YceI family protein  35.56 
 
 
183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0089  YceI family protein  33.7 
 
 
184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3294  YceI family protein  37.74 
 
 
182 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4425  YceI family protein  33.9 
 
 
188 aa  108  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1988  YceI family protein  37.14 
 
 
196 aa  109  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1565  YceI family protein  34.44 
 
 
182 aa  108  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3192  YceI family protein  35.51 
 
 
182 aa  108  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2933  YceI family protein  36.03 
 
 
182 aa  108  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.258273 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3639  YceI family protein  35 
 
 
182 aa  107  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.162528 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3066  YceI family protein  38.69 
 
 
197 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0262369 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2913  YceI family protein  35.67 
 
 
201 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1457  YceI family protein  39.01 
 
 
177 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.83368  normal  0.522042 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1207  YceI family protein  38.69 
 
 
197 aa  107  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00184458  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1869  YceI family protein  39.86 
 
 
189 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.155995  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2307  YceI family protein  37.58 
 
 
204 aa  106  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000152609  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  36.14 
 
 
195 aa  106  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0621  YceI family protein  32.37 
 
 
213 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0461  YceI-like family protein  32.37 
 
 
213 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.151619  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1870  YceI family protein  35.95 
 
 
182 aa  105  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0076574  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4751  YceI family protein  35.47 
 
 
182 aa  104  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1312  YceI family protein  37.09 
 
 
201 aa  104  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000260413 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4589  YceI  32.53 
 
 
186 aa  104  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000628693  normal  0.988938 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0878  YceI family protein  35.17 
 
 
182 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0676  hypothetical protein  37.5 
 
 
174 aa  103  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0885359  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0861  YceI family protein  30.3 
 
 
177 aa  102  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.47771  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3638  YceI family protein  32.58 
 
 
214 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.159017 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2458  YceI family protein  34.44 
 
 
187 aa  101  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00319405  normal  0.0447487 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1281  YceI family protein  33.96 
 
 
184 aa  101  6e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2101  YceI family protein  36.5 
 
 
219 aa  101  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.957341  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3257  YceI family protein  38.41 
 
 
178 aa  100  9e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  0.178917 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4058  YceI family protein  36.43 
 
 
176 aa  100  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.675999  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>