177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1179 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1179  deoxyribonuclease IV (phage-T(4)-induced)  100 
 
 
286 aa  595  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1274  apurinic endonuclease Apn1  82.98 
 
 
289 aa  496  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0481447 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1083  apurinic endonuclease Apn1  75.71 
 
 
283 aa  455  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0228384  normal  0.0872132 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1070  apurinic endonuclease Apn1  73.94 
 
 
284 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.858381  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1655  endonuclease IV  65.94 
 
 
281 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0156974  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1927  endonuclease IV  65.22 
 
 
281 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0277  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2553  endonuclease IV  64.49 
 
 
285 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.764772  hitchhiker  0.000695113 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2295  endonuclease IV  63.35 
 
 
285 aa  381  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2456  endonuclease IV  63.35 
 
 
285 aa  381  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1489  endonuclease IV  63.35 
 
 
285 aa  381  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000729188  normal  0.0153717 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2306  endonuclease IV  63.35 
 
 
285 aa  381  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013882 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02088  endonuclease IV  62.99 
 
 
285 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0380549  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1499  apurinic endonuclease Apn1  62.99 
 
 
285 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02047  hypothetical protein  62.99 
 
 
285 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0302541  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2442  endonuclease IV  64.49 
 
 
285 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.155245  normal  0.685993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2439  endonuclease IV  64.49 
 
 
285 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26562  hitchhiker  0.00122179 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2351  endonuclease IV  64.49 
 
 
285 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000082686  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3295  endonuclease IV  62.99 
 
 
285 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.11698  normal  0.148014 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2395  endonuclease IV  64.49 
 
 
285 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.881879  hitchhiker  0.00046987 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0807  endonuclease IV  62.99 
 
 
285 aa  378  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2675  endonuclease IV  63.41 
 
 
285 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2326  endonuclease IV  63.41 
 
 
288 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1532  endonuclease IV  63.41 
 
 
285 aa  374  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0212021  normal  0.133835 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2756  endonuclease IV  63.41 
 
 
285 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0855606  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2552  endonuclease IV  62.99 
 
 
282 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2421  endonuclease IV  63.04 
 
 
283 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2760  endonuclease IV  64.49 
 
 
285 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3227  endonuclease IV  61.23 
 
 
279 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000476079 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1939  endonuclease IV  60.99 
 
 
286 aa  361  7.0000000000000005e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00102323  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1768  endonuclease IV  60.85 
 
 
290 aa  358  6e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0578127  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004452  endonuclease IV  60.79 
 
 
295 aa  356  1.9999999999999998e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.034826  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1704  endonuclease IV  59.22 
 
 
283 aa  355  2.9999999999999997e-97  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1487  endonuclease IV  61.73 
 
 
283 aa  355  3.9999999999999996e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000253859  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00944  endonuclease IV  59.43 
 
 
295 aa  355  5e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0428  endonuclease IV  60.65 
 
 
279 aa  354  1e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0173393  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0528  endonuclease IV  59.57 
 
 
282 aa  351  5.9999999999999994e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000000858771  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2282  endonuclease IV  58.55 
 
 
280 aa  346  2e-94  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000448343  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1835  endonuclease IV  58.99 
 
 
281 aa  345  7e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0147738  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1880  apurinic endonuclease Apn1  61.01 
 
 
283 aa  343  2e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0392  endonuclease IV  56.74 
 
 
292 aa  342  2.9999999999999997e-93  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.907321  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1981  endonuclease IV  58.84 
 
 
284 aa  341  1e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1936  endonuclease IV  57.04 
 
 
282 aa  340  2e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.904759  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1882  endonuclease IV  58.84 
 
 
284 aa  340  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0101436 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1670  endonuclease IV  57.04 
 
 
282 aa  332  4e-90  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0245  endonuclease IV  58.48 
 
 
282 aa  330  2e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0134  apurinic endonuclease Apn1  54.87 
 
 
280 aa  322  4e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2204  apurinic endonuclease Apn1  51.8 
 
 
281 aa  301  8.000000000000001e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30161  predicted protein  46.42 
 
 
379 aa  255  6e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1735  endonuclease IV  44.04 
 
 
296 aa  236  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01280  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, putative  44.41 
 
 
463 aa  233  3e-60  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1744  apurinic endonuclease Apn1  44.33 
 
 
282 aa  230  2e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0098767  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03947  major apurinic/apyrimidinic endonuclease (Eurofung)  42.21 
 
 
544 aa  227  2e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0914  endonuclease IV  42.86 
 
 
288 aa  226  4e-58  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0549  apurinic endonuclease Apn1  41.94 
 
 
289 aa  226  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1627  apurinic endonuclease Apn1  44.13 
 
 
293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00209687  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0614  apurinic endonuclease Apn1  42.29 
 
 
293 aa  224  9e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.820419  normal  0.0550538 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0529  endonuclease IV  42.18 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.143061  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1668  endonuclease IV  42.61 
 
 
297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3914  apurinic endonuclease Apn1  42.48 
 
 
282 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3071  endonuclease IV  43.36 
 
 
282 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000208028  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2551  apurinic endonuclease Apn1  40.71 
 
 
286 aa  211  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2994  endonuclease IV  39.21 
 
 
285 aa  209  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.097029  normal  0.446678 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1100  apurinic endonuclease Apn1  40.97 
 
 
280 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1106  apurinic endonuclease Apn1  41.01 
 
 
275 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1050  endonuclease IV  41.01 
 
 
275 aa  205  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1177  apurinic endonuclease Apn1  40.65 
 
 
275 aa  205  7e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0659  apurinic endonuclease Apn1  41.34 
 
 
326 aa  203  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0383  apurinic endonuclease Apn1  41 
 
 
289 aa  201  9.999999999999999e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.469557  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0453  apurinic endonuclease Apn1  39.15 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00920847  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1402  apurinic endonuclease Apn1  37.45 
 
 
283 aa  198  9e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.21791  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0337  apurinic endonuclease Apn1  39.64 
 
 
283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75145e-30 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0064  apurinic endonuclease Apn1  37.55 
 
 
279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.751168 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1814  apurinic endonuclease Apn1  38.11 
 
 
287 aa  196  4.0000000000000005e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.602458  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1286  apurinic endonuclease Apn1  39.79 
 
 
283 aa  193  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.218784  normal  0.414124 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0356  apurinic endonuclease Apn1  38.93 
 
 
283 aa  193  3e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0248399  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3584  apurinic endonuclease Apn1  37.46 
 
 
281 aa  192  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0211601  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07910  apurinic endonuclease Apn1  39.62 
 
 
278 aa  191  8e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0570  apurinic endonuclease Apn1  37.84 
 
 
287 aa  191  9e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0556  apurinic endonuclease Apn1  37.45 
 
 
287 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00064756  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0947  apurinic endonuclease Apn1  35.14 
 
 
292 aa  182  5.0000000000000004e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00857924  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0735  apurinic endonuclease Apn1  36.33 
 
 
283 aa  179  2.9999999999999997e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.320014  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0654  apurinic endonuclease Apn1  35.9 
 
 
281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1834  apurinic endonuclease Apn1  38.87 
 
 
282 aa  178  8e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0300993  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21620  apurinic endonuclease APN1  36.1 
 
 
280 aa  176  4e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.483925  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0406  apurinic endonuclease Apn1  37.98 
 
 
291 aa  175  6e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0163374  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2402  endonuclease IV  39.11 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0690778  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0845  apurinic endonuclease Apn1  33.82 
 
 
277 aa  172  3.9999999999999995e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.220183  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1968  apurinic endonuclease Apn1  34.74 
 
 
286 aa  171  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.163854 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0638  apurinic endonuclease Apn1  35.88 
 
 
282 aa  170  2e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.920931  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01100  apurinic endonuclease APN1  36.78 
 
 
260 aa  168  9e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0165  endonuclease IV  35.74 
 
 
299 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1687  apurinic endonuclease Apn1  33.94 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0897  apurinic endonuclease Apn1  35.04 
 
 
300 aa  163  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00175083 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2406  endonuclease IV  35.15 
 
 
298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.794114  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1782  apurinic endonuclease (APN1)  34.48 
 
 
286 aa  161  9e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0835  apurinic endonuclease Apn1  34.94 
 
 
277 aa  160  3e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.995182  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2402  apurinic endonuclease Apn1  34.22 
 
 
276 aa  157  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.683524  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0185  apurinic endonuclease Apn1  34.98 
 
 
276 aa  157  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.635232  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1123  endonuclease IV  32.41 
 
 
296 aa  156  4e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.212537  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1017  apurinic endonuclease Apn1  34.8 
 
 
282 aa  156  4e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>