47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1172 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1172  Trp operon repressor  100 
 
 		 92 aa  186  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1076  Trp operon repressor  82.42 
 
 		 117 aa  154  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000888346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1267  Trp operon repressor  85.71 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.885699  hitchhiker  0.00351193 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3419  trp operon repressor  70 
 
 		 91 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0902  putative Trp operon repressor  68.13 
 
 		 98 aa  130  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.478424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1135  Trp operon repressor  70 
 
 		 91 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1206  Trp operon repressor  70 
 
 		 91 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000153675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1136  Trp operon repressor  70 
 
 		 91 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3089  Trp operon repressor  65.56 
 
 		 91 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000354665  hitchhiker  0.00665202 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1268  Trp operon repressor  66.67 
 
 		 91 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633975  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1224  Trp operon repressor  65.56 
 
 		 91 aa  124  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000436022  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1301  Trp operon repressor  65.56 
 
 		 91 aa  125  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000284833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2909  Trp operon repressor  64.84 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2737  Trp operon repressor  68.89 
 
 		 91 aa  117  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000312745  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1063  Trp operon repressor  74.73 
 
 		 91 aa  114  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.844988  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2743  Trp repressor  69.23 
 
 		 91 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0554  Trp operon repressor  40.91 
 
 		 124 aa  72  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00999  Trp operon repressor  39.08 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004400  Trp operon repressor-like protein  39.08 
 
 		 102 aa  67.4  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0231  Trp operon repressor  39.78 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0676  Trp operon repressor  43.48 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.107752  normal  0.490993 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0659  Trp operon repressor  35.8 
 
 		 108 aa  60.8  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288504  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4629  Trp operon repressor  39.77 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3604  Trp operon repressor  39.77 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04234  hypothetical protein  39.77 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5908  Trp operon repressor  39.77 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.993559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4941  Trp operon repressor  39.77 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4945  Trp operon repressor  39.33 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3663  Trp operon repressor  39.77 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4992  Trp operon repressor  39.77 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04269  Trp operon repressor  39.77 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4941  Trp operon repressor  45.16 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.368327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4993  Trp operon repressor  45.16 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.873782 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4834  Trp operon repressor  45.16 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4995  Trp operon repressor  45.16 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4907  Trp operon repressor  45.16 
 
 		 108 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0565  Trp operon repressor  41.43 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3676  Trp operon repressor  53.19 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3870  Trp operon repressor  53.19 
 
 		 115 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000129059  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1566  Trp operon repressor  48.61 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0526  Trp operon repressor  50.88 
 
 		 110 aa  57  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0621  Trp operon repressor  47.83 
 
 		 114 aa  55.1  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3482  Trp operon repressor  42.31 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3612  Trp operon repressor  42.31 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0815  Trp operon repressor  42.31 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1090  Trp operon repressor  40.35 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00338192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0659  Trp operon repressor  38.1 
 
 		 76 aa  42  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>