More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1124 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  100 
 
 		 403 aa  825    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  78.41 
 
 		 398 aa  641    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  68.49 
 
 		 424 aa  548  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  45.81 
 
 		 403 aa  332  6e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  42.21 
 
 		 404 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  40.69 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  40.69 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  40.69 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  40.45 
 
 		 404 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  40.2 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  49.49 
 
 		 318 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1789  putative regulatory protein, DeoR family  39.45 
 
 		 408 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1960  putative regulatory protein  39.45 
 
 		 408 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000520335 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1516  putative regulatory protein  39.45 
 
 		 408 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.115936  hitchhiker  0.000000147446 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1495  putative regulatory protein  39.45 
 
 		 408 aa  257  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.943692  hitchhiker  0.0000000000000150767 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1479  putative regulatory protein DeoR family  39.45 
 
 		 408 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.255884 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  45.83 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  41.84 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  42.16 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  43.43 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  43.43 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  39.87 
 
 		 308 aa  213  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  41.32 
 
 		 307 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  40.42 
 
 		 308 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  40.42 
 
 		 308 aa  212  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  42.71 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  40.74 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  40.88 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  42.01 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  43.4 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  40.21 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  41.92 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  41.3 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  35.62 
 
 		 340 aa  203  6e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  40 
 
 		 307 aa  200  3.9999999999999996e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  41.3 
 
 		 310 aa  199  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  40.86 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  42.16 
 
 		 308 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  38.8 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  41.81 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  40.88 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  40.21 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  38.83 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  39.38 
 
 		 309 aa  189  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  38.83 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  38.98 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  39.38 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  39.38 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  39.38 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  38.64 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  39.38 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  39.61 
 
 		 319 aa  187  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  37.84 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  40.21 
 
 		 314 aa  187  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  39.04 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  39.04 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  38.18 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  39.37 
 
 		 299 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  40.34 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  36.36 
 
 		 316 aa  184  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  37.8 
 
 		 303 aa  183  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  39.45 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  39.45 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  38.14 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  37.8 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  37.8 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  37.8 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  37.8 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  38.11 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  38.64 
 
 		 328 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  36.86 
 
 		 308 aa  181  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  37.46 
 
 		 302 aa  180  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  37.2 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  38.72 
 
 		 311 aa  179  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  37.24 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  38.83 
 
 		 303 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  35.49 
 
 		 309 aa  178  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  37.8 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  36.3 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  37.8 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  37.8 
 
 		 303 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  37.8 
 
 		 303 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  36.43 
 
 		 312 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4655  ribokinase  38.13 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.557505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  35.05 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4447  ribokinase  39.16 
 
 		 334 aa  173  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0005  ribokinase, putative  38.41 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0831175  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  35.74 
 
 		 302 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  35.84 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  35.62 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1401  ribokinase  38.59 
 
 		 325 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.033164  normal  0.166986 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  36.33 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  36.03 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  41.18 
 
 		 299 aa  169  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  37.93 
 
 		 302 aa  168  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  34.71 
 
 		 308 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  34.71 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  35.05 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  36.9 
 
 		 311 aa  166  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  36.18 
 
 		 305 aa  166  9e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>