More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1101 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 		 713 aa  1464    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  59.89 
 
 		 715 aa  880    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  61.98 
 
 		 714 aa  907    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  48.61 
 
 		 716 aa  706    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  48.61 
 
 		 716 aa  706    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  47.71 
 
 		 716 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  44.09 
 
 		 700 aa  589  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  51.58 
 
 		 413 aa  445  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  46.64 
 
 		 262 aa  224  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.09 
 
 		 717 aa  148  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.93 
 
 		 725 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  22.22 
 
 		 729 aa  95.9  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  22.15 
 
 		 702 aa  91.7  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  23.24 
 
 		 774 aa  90.9  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  24.23 
 
 		 693 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  22.51 
 
 		 696 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  21.69 
 
 		 712 aa  79.7  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  28.19 
 
 		 1014 aa  74.7  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  22.54 
 
 		 772 aa  68.6  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  21.96 
 
 		 678 aa  66.2  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  30.23 
 
 		 711 aa  63.9  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  26.07 
 
 		 572 aa  63.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  22.04 
 
 		 1005 aa  61.2  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  25.58 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  23.01 
 
 		 567 aa  60.5  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  23.48 
 
 		 1097 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  22.48 
 
 		 711 aa  59.3  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  21.97 
 
 		 499 aa  57.8  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  19.91 
 
 		 1042 aa  57.4  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  23.4 
 
 		 1062 aa  57.4  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.5 
 
 		 407 aa  57.8  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  26.61 
 
 		 1042 aa  57  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  22.55 
 
 		 756 aa  57.4  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  20.63 
 
 		 590 aa  55.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  25.81 
 
 		 1040 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.19 
 
 		 518 aa  56.2  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  37.93 
 
 		 1074 aa  55.8  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  22.22 
 
 		 969 aa  55.5  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  20.95 
 
 		 1082 aa  54.7  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  22.72 
 
 		 1090 aa  55.1  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 232 aa  54.7  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  21.91 
 
 		 296 aa  54.7  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  25 
 
 		 316 aa  54.7  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.32 
 
 		 428 aa  54.3  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.66 
 
 		 542 aa  54.3  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  22.76 
 
 		 762 aa  54.3  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  26.83 
 
 		 354 aa  54.3  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  22.34 
 
 		 1062 aa  54.3  0.000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 235 aa  53.9  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  36 
 
 		 615 aa  53.9  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  22.48 
 
 		 724 aa  53.9  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.03 
 
 		 429 aa  53.1  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  35.96 
 
 		 425 aa  52.8  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  28.79 
 
 		 292 aa  52.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  33.66 
 
 		 691 aa  52.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6131  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.16 
 
 		 667 aa  53.1  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1689  peptidase, putative  25.66 
 
 		 684 aa  53.1  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.163482  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1603  DNA-binding response regulator  32.73 
 
 		 223 aa  52.4  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.72895  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  27 
 
 		 421 aa  52.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.4 
 
 		 407 aa  52.4  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  28.3 
 
 		 440 aa  52.4  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  26.44 
 
 		 432 aa  52.4  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  22.34 
 
 		 1062 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  35.63 
 
 		 1102 aa  52.4  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2614  DNA-binding response regulator  41.79 
 
 		 235 aa  52  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000167367 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2617  DNA-binding response regulator  41.79 
 
 		 235 aa  52  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00078911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  33.68 
 
 		 433 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  33.68 
 
 		 433 aa  52  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  24.42 
 
 		 1010 aa  52  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2655  DNA-binding response regulator  41.79 
 
 		 235 aa  52  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00013766  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0272  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  30.97 
 
 		 686 aa  51.6  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  31.58 
 
 		 433 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  21.9 
 
 		 1062 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  31.58 
 
 		 423 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2378  response regulator  41.79 
 
 		 235 aa  51.6  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0847711  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 232 aa  51.6  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  29.67 
 
 		 413 aa  51.6  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2260  WD40 domain-containing protein  23.55 
 
 		 348 aa  51.2  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  29.67 
 
 		 413 aa  51.6  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  31.58 
 
 		 423 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  32 
 
 		 409 aa  51.2  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.67 
 
 		 413 aa  51.6  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  32.81 
 
 		 219 aa  50.8  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.5 
 
 		 512 aa  51.2  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.24 
 
 		 430 aa  51.2  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  32.04 
 
 		 1092 aa  50.8  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 1020 aa  50.8  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.25 
 
 		 1075 aa  50.8  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2570  DNA-binding response regulator  41.79 
 
 		 235 aa  50.8  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2754  DNA-binding response regulator  41.79 
 
 		 235 aa  50.8  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000477477 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0404  DNA-binding response regulator  30.91 
 
 		 223 aa  50.8  0.00009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.887957  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 1075 aa  50.8  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.98 
 
 		 1059 aa  50.8  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0664  two component transcriptional regulator  30.91 
 
 		 237 aa  50.8  0.00009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.25 
 
 		 1063 aa  50.8  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.33 
 
 		 230 aa  50.8  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.25 
 
 		 512 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  22.3 
 
 		 1066 aa  50.4  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3838  response regulator receiver domain-containing protein  34.07 
 
 		 234 aa  50.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000539223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 1080 aa  50.1  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>