More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1049 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1049  ribonucleoside hydrolase 1  100 
 
 		 312 aa  635    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1120  ribonucleoside hydrolase 1  84.62 
 
 		 312 aa  557  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0697  ribonucleoside hydrolase 1  84.09 
 
 		 335 aa  551  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3178  ribonucleoside hydrolase 1  84.24 
 
 		 318 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0940  ribonucleoside hydrolase 1  83.28 
 
 		 311 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.019412  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0811  ribonucleoside hydrolase 1  83.87 
 
 		 318 aa  534  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3647  ribonucleoside hydrolase 1  83.28 
 
 		 318 aa  530  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410931  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3579  ribonucleoside hydrolase 1  82.96 
 
 		 318 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  81.94 
 
 		 310 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3476  ribonucleoside hydrolase 1  82.9 
 
 		 318 aa  530  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0660  ribonucleoside hydrolase 1  83.28 
 
 		 318 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3770  ribonucleoside hydrolase 1  82.64 
 
 		 318 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3306  ribonucleoside hydrolase 1  82.26 
 
 		 318 aa  525  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0647  ribonucleoside hydrolase 1  81.61 
 
 		 318 aa  520  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.472051 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1863  ribonucleoside hydrolase 1  80.19 
 
 		 322 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.742774  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  71.94 
 
 		 311 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  70.97 
 
 		 311 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  71.94 
 
 		 311 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  72.26 
 
 		 311 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  72.26 
 
 		 311 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  70.97 
 
 		 311 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  70.97 
 
 		 311 aa  463  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  70.97 
 
 		 311 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  70.97 
 
 		 311 aa  463  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  70.65 
 
 		 311 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  70.97 
 
 		 311 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  70.97 
 
 		 311 aa  462  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  71.06 
 
 		 313 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  70.32 
 
 		 311 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  69.68 
 
 		 311 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  60.32 
 
 		 310 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  57.19 
 
 		 314 aa  363  2e-99  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6548  Ribosylpyrimidine nucleosidase  53.59 
 
 		 312 aa  335  9e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.527968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1981  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  54.4 
 
 		 313 aa  329  4e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.842213  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  46.77 
 
 		 323 aa  276  3e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0234  purine nucleosidase  48.72 
 
 		 311 aa  273  4.0000000000000004e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0228  purine nucleosidase  48.72 
 
 		 311 aa  273  4.0000000000000004e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  48.86 
 
 		 315 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  47.77 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0753  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.13 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00064946  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  47.1 
 
 		 313 aa  264  2e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.9 
 
 		 311 aa  262  4e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  44.84 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0050  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  49.19 
 
 		 314 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000041602 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.88 
 
 		 313 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  47.56 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  43 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  43.04 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.73 
 
 		 321 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.377078  normal  0.0385761 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.75 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.98 
 
 		 311 aa  242  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  47.08 
 
 		 314 aa  241  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140534 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  45.63 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  45.63 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0672  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.67 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0934  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.1 
 
 		 313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0837501  normal  0.0202173 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  43.65 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  41.21 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  43.14 
 
 		 355 aa  236  4e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  42.16 
 
 		 356 aa  232  8.000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.21 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  41.21 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0448  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  46.43 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  41.21 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  41.21 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  41.21 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  40.89 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  40.89 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.23 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  40.89 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04420  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  42.12 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  42.02 
 
 		 312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0055  ribonucleoside hydrolase RihC  45.18 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  45.18 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.696065 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  45.18 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.594312  normal  0.222927 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3659  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.75 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.121445  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0058  ribonucleoside hydrolase RihC  44.85 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  43.28 
 
 		 316 aa  218  7.999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0797  ribonucleoside hydrolase RihC  41.29 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0129973  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0057  ribonucleoside hydrolase RihC  44.19 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.342327  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0642  ribonucleoside hydrolase RihC  43.13 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0552  ribonucleoside hydrolase RihC  43.92 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1819  ribonucleoside hydrolase RihC  38.83 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2307  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.3 
 
 		 330 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.74 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3104  twin-arginine translocation pathway signal  41.42 
 
 		 350 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5263  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.42 
 
 		 350 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0030  ribonucleoside hydrolase RihC  42.35 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.719928  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.61 
 
 		 322 aa  207  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.02 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  41.75 
 
 		 350 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  41.75 
 
 		 329 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0032  ribonucleoside hydrolase RihC  42.02 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0018  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.46 
 
 		 335 aa  205  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.42 
 
 		 350 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0032  ribonucleoside hydrolase RihC  41.69 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1192  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.23 
 
 		 328 aa  204  1e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.414955  normal  0.114378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.16 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0386  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.1 
 
 		 357 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5150  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.42 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>