27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1036 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1036  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 85 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0755699  normal  0.33215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1105  MarR family transcriptional regulator  68.67 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3148  MarR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 145 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1851  putative transcription regulator protein  43.59 
 
 		 155 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0882274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0033  MarR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 179 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.674408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3090  MarR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.742362  normal  0.0240914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2119  transcriptional regulator, MarR family  42.25 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.024767  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2962  MarR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.273789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0570  transcriptional regulator, MarR family  35.44 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0247  transcriptional regulator, MarR family  32.94 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.427949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0218  transcriptional regulator, MarR family  33.73 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.812852  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1849  putative transcription regulator protein  32.94 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0705598  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7572  MarR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.334698 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0862  MarR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 152 aa  49.7  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.529832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1721  transcriptional regulator, MarR family  60 
 
 		 163 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00761179 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1446  regulatory protein MarR  60 
 
 		 172 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363143 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12043  hypothetical protein  40 
 
 		 143 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.506773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3659  transcriptional regulator, MarR family  48.78 
 
 		 158 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1510  MarR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 202 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.48899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4073  regulatory protein MarR  48.78 
 
 		 147 aa  45.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4041  transcriptional regulator, MarR family  32.05 
 
 		 148 aa  45.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00474505 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3934  MarR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 151 aa  44.7  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.530394  decreased coverage  0.00586866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2725  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 155 aa  43.9  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2156  MarR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 154 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.851939 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3646  transcriptional regulator, MarR family  42.86 
 
 		 151 aa  42.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.571582 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  32.05 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  29.63 
 
 		 150 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>