More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1010 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 		 380 aa  792    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 		 414 aa  345  8e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 408 aa  340  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 		 408 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 408 aa  318  1e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  39.4 
 
 		 410 aa  302  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  37.89 
 
 		 417 aa  296  3e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 		 420 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 		 420 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 		 419 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  36.41 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  36.41 
 
 		 419 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  37.43 
 
 		 412 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  37.43 
 
 		 412 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 		 412 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  37.47 
 
 		 421 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  35.88 
 
 		 417 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 		 412 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 419 aa  290  4e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  36.81 
 
 		 413 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  36.81 
 
 		 399 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  35.23 
 
 		 414 aa  267  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 		 417 aa  256  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  36.1 
 
 		 422 aa  255  9e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 		 420 aa  240  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  33.61 
 
 		 424 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  32.78 
 
 		 424 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  29.53 
 
 		 441 aa  196  8.000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  30.91 
 
 		 427 aa  193  5e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  31.55 
 
 		 432 aa  188  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 		 446 aa  171  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 631 aa  169  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 		 445 aa  158  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  29.54 
 
 		 445 aa  155  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 		 445 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 438 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  29.59 
 
 		 431 aa  143  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  28.78 
 
 		 434 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.47 
 
 		 441 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  30.42 
 
 		 427 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  27.24 
 
 		 414 aa  112  9e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 422 aa  102  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  25.1 
 
 		 468 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 444 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 435 aa  101  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 419 aa  99.8  7e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 418 aa  99.4  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  22.8 
 
 		 495 aa  99  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  21.51 
 
 		 424 aa  98.6  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  28.42 
 
 		 435 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 		 435 aa  94.4  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 452 aa  93.6  6e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 454 aa  91.3  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 441 aa  90.9  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 		 424 aa  89.7  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  21.99 
 
 		 420 aa  89  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.01 
 
 		 435 aa  89  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 		 422 aa  89  1e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 451 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 455 aa  86.7  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 		 442 aa  86.3  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  24.32 
 
 		 434 aa  86.3  8e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.57 
 
 		 438 aa  86.3  8e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 435 aa  85.9  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 		 423 aa  85.1  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  22.19 
 
 		 419 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 		 441 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  21.43 
 
 		 441 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  23.93 
 
 		 448 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  22.85 
 
 		 435 aa  80.1  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 440 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  27.17 
 
 		 432 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 429 aa  78.2  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  22.52 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  21.73 
 
 		 451 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  21.89 
 
 		 470 aa  76.6  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  20.75 
 
 		 423 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  23.22 
 
 		 434 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  23.05 
 
 		 432 aa  75.5  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.67 
 
 		 458 aa  74.7  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 411 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  22.39 
 
 		 441 aa  75.1  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1136  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 		 431 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  20.9 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.09 
 
 		 427 aa  73.9  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  22.4 
 
 		 424 aa  73.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  20.42 
 
 		 437 aa  73.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  25.27 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  21.71 
 
 		 442 aa  72  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 		 439 aa  70.5  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0449  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.88 
 
 		 419 aa  70.1  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  24.79 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>