More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0980 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 430 aa  883    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  75.66 
 
 		 420 aa  638    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000317238  normal  0.345558 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  68.9 
 
 		 427 aa  560  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000439067  normal  0.678719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1070  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.23 
 
 		 422 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572613  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3288  histidine kinase  65.47 
 
 		 422 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000647105  normal  0.19017 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0877  histidine kinase  63.07 
 
 		 422 aa  531  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000773434  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  65.47 
 
 		 422 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000233737  normal  0.0772482 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1103  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.47 
 
 		 422 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000605909  normal  0.0234828 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.57 
 
 		 422 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000107691  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3185  ATPase domain-containing protein  65.23 
 
 		 422 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00240847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1001  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.23 
 
 		 422 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000619946  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3595  sensor protein RstB, putative  63.5 
 
 		 440 aa  523  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3088  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  65.23 
 
 		 422 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000859789  normal  0.518729 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2801  sensor protein RstB, putative  60.87 
 
 		 420 aa  487  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0551  sensor protein RstB, putative  34.34 
 
 		 429 aa  233  7.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3170  sensor histidine kinase  30.44 
 
 		 428 aa  227  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 		 417 aa  189  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0627622  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  32.59 
 
 		 428 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 		 428 aa  186  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1427  sensor protein RstB  31.16 
 
 		 439 aa  179  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  29.52 
 
 		 461 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 461 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 469 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  30.88 
 
 		 428 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 458 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  29.28 
 
 		 433 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2021  signal transduction histidine kinase sensor  32.55 
 
 		 561 aa  171  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.887772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0845  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 431 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021022  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 		 563 aa  171  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2324  histidine kinase  32.28 
 
 		 561 aa  169  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00982982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000580  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  35.17 
 
 		 431 aa  168  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00239122  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  28.31 
 
 		 432 aa  168  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0557058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  27.56 
 
 		 452 aa  167  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0558  ATP-binding region, ATPase-like protein  32.91 
 
 		 431 aa  166  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05292  histidine kinase  32.53 
 
 		 428 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3308  ATPase domain-containing protein  31.87 
 
 		 409 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  28.07 
 
 		 433 aa  164  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  27.07 
 
 		 538 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  28.07 
 
 		 433 aa  164  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  27.84 
 
 		 433 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  27.84 
 
 		 433 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 		 535 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 		 536 aa  162  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  27.84 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  27.84 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  27.84 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0937  sensor histidine kinase  31.71 
 
 		 440 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  27.84 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 		 535 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.84 
 
 		 409 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000601412 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1795  sensor protein RstB  28.77 
 
 		 433 aa  160  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0023579  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 535 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 535 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3205  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 409 aa  159  9e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.540816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 		 546 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1789  sensor protein RstB  29.02 
 
 		 451 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 		 535 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3977  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1570  sensor protein RstB  27.78 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165885  normal  0.0828626 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3689  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.67 
 
 		 430 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.142231  normal  0.016382 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  27.78 
 
 		 433 aa  156  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  27.55 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  27.55 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 		 432 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.283138  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1753  sensor protein RstB  28.76 
 
 		 435 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.280951  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0736  histidine kinase  30.91 
 
 		 431 aa  154  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  27.55 
 
 		 436 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  28.76 
 
 		 536 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3147  sensor histidine kinase  26.23 
 
 		 478 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0895878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3061  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 		 436 aa  154  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0750  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 		 430 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.542154  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3500  histidine kinase  27.43 
 
 		 430 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0509  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 427 aa  153  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0304  histidine kinase  30.21 
 
 		 347 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 412 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0676  histidine kinase  28.46 
 
 		 400 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.887775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  32.28 
 
 		 442 aa  150  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2591  sensor protein RstB  31.21 
 
 		 434 aa  150  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  29.9 
 
 		 464 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2700  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  29.46 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 		 456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  31.71 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  31.71 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  31.71 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  32.06 
 
 		 442 aa  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 		 456 aa  147  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  32.06 
 
 		 442 aa  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  32.06 
 
 		 442 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2276  sensor protein RstB  28.53 
 
 		 437 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0559162  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0212  histidine kinase  28.61 
 
 		 408 aa  145  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0631257  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1825  sensor protein RstB  31.9 
 
 		 434 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.213724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1936  sensor protein RstB  31.9 
 
 		 434 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2581  sensor protein RstB  29.13 
 
 		 437 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 550 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0193  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 426 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2013  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.01 
 
 		 410 aa  143  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.201055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0258  histidine kinase  29.33 
 
 		 398 aa  143  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 		 429 aa  143  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.198477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 		 523 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 		 445 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>