More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0975 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0975  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 378 aa  766    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000270967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  86.24 
 
 		 378 aa  684    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0873  secretion protein HlyD family protein  83.86 
 
 		 378 aa  646    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000517081  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0890  secretion protein HlyD family protein  82.54 
 
 		 378 aa  654    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.969653 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3298  secretion protein HlyD family protein  75.07 
 
 		 381 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1094  secretion protein HlyD family protein  75.07 
 
 		 381 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1061  secretion protein HlyD family protein  75.07 
 
 		 381 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0991  secretion protein HlyD family protein  74.54 
 
 		 381 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3016  secretion protein HlyD family protein  72.68 
 
 		 381 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3096  secretion protein HlyD family protein  72.41 
 
 		 381 aa  596  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3193  secretion protein HlyD family protein  71.88 
 
 		 381 aa  578  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.252667 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3603  HlyD family secretion protein  71.04 
 
 		 378 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2805  HlyD family secretion protein  72.15 
 
 		 381 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  49.34 
 
 		 376 aa  389  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  49.34 
 
 		 376 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  51.19 
 
 		 376 aa  386  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3029  hypothetical protein  50.92 
 
 		 382 aa  383  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757127  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4040  secretion protein HlyD family protein  49.74 
 
 		 385 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  46.68 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0115  secretion protein HlyD family protein  46.68 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  47.48 
 
 		 378 aa  353  2e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  47.48 
 
 		 378 aa  353  2e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  47.48 
 
 		 378 aa  353  2e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  47.48 
 
 		 378 aa  353  2e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  47.48 
 
 		 378 aa  354  2e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  47.48 
 
 		 378 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  46.95 
 
 		 378 aa  352  5.9999999999999994e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  47.48 
 
 		 378 aa  352  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  47.21 
 
 		 378 aa  352  7e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  49.07 
 
 		 376 aa  349  5e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  45.62 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  45.62 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  45.62 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  45.62 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  45.62 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  45.62 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  45.62 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  45.36 
 
 		 378 aa  347  3e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  44.83 
 
 		 378 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3693  secretion protein HlyD family protein  42.18 
 
 		 378 aa  311  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3252  secretion protein HlyD family protein  44.74 
 
 		 319 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2518  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 379 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.554546  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4620  putative membrane fusion protein of efflux pump HlyD family v  31.81 
 
 		 392 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2977  secretion protein HlyD  30.06 
 
 		 313 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  28.36 
 
 		 383 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  29.73 
 
 		 354 aa  105  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  31.09 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  30 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  30.92 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  29.48 
 
 		 365 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  28.33 
 
 		 355 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  27.84 
 
 		 355 aa  99.4  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  30.63 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  26.24 
 
 		 381 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  25.36 
 
 		 373 aa  94.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000563  multidrug resistance efflux pump  24.51 
 
 		 407 aa  92.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0293692  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  32.77 
 
 		 356 aa  92  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  28.03 
 
 		 344 aa  92.4  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1210  secretion protein HlyD family protein  35.5 
 
 		 311 aa  92  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  29.66 
 
 		 352 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  25.35 
 
 		 377 aa  91.3  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  27.55 
 
 		 368 aa  90.5  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5189  secretion protein HlyD family protein  27.78 
 
 		 409 aa  90.5  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.367271 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  27.95 
 
 		 356 aa  90.5  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05325  hypothetical protein  24.88 
 
 		 400 aa  90.1  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2925  hypothetical protein  28.62 
 
 		 410 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0831284  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  29.28 
 
 		 352 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  23.68 
 
 		 378 aa  89.4  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  26.19 
 
 		 373 aa  88.6  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  25.14 
 
 		 352 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  25.14 
 
 		 352 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  28.24 
 
 		 343 aa  87  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  27.05 
 
 		 352 aa  87.4  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  25.14 
 
 		 352 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  31.78 
 
 		 367 aa  87  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  25.41 
 
 		 364 aa  87  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  28.63 
 
 		 343 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  28.63 
 
 		 343 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  28.63 
 
 		 343 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  28.63 
 
 		 343 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  28.63 
 
 		 343 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  28.63 
 
 		 343 aa  86.7  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4053  secretion protein HlyD family protein  30.54 
 
 		 349 aa  86.3  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.861449 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1965  putative membrane fusion protein family member  25.52 
 
 		 396 aa  86.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.686459  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  28.46 
 
 		 331 aa  86.3  8e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  24.71 
 
 		 352 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1890  secretion protein HlyD family protein  29.53 
 
 		 368 aa  85.5  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0618  secretion protein HlyD family protein  26.37 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  28.62 
 
 		 331 aa  85.5  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  25.14 
 
 		 364 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  28.24 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  26.84 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  28.69 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  24.01 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  24.01 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  23.73 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4174  hypothetical protein  25.53 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  30.11 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>