103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0957 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0957  hypothetical protein  100 
 
 
253 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1007  hypothetical protein  93.68 
 
 
253 aa  478  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.306388  hitchhiker  0.0000272829 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0872  hypothetical protein  87.75 
 
 
253 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121559  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3648  hypothetical protein  86.96 
 
 
253 aa  455  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0855  hypothetical protein  85.71 
 
 
252 aa  457  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00301757  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3216  hypothetical protein  84.58 
 
 
253 aa  447  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00414919  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0898  hypothetical protein  84.19 
 
 
253 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0152477  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3122  hypothetical protein  83.79 
 
 
253 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.165656  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0982  hypothetical protein  84.19 
 
 
253 aa  442  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.109631  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1039  hypothetical protein  82.61 
 
 
253 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000460827  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1072  hypothetical protein  82.61 
 
 
253 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3320  protein of unknown function DUF1212  82.61 
 
 
253 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.231123  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0970  hypothetical protein  82.21 
 
 
253 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2826  hypothetical protein  80.63 
 
 
253 aa  422  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.361668 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3086  hypothetical protein  74.6 
 
 
252 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2924  hypothetical protein  73.91 
 
 
253 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000395261  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0364  membrane protein  51 
 
 
259 aa  263  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.171907  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00803  hypothetical protein  49.2 
 
 
266 aa  257  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0191  hypothetical protein  48.55 
 
 
262 aa  256  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.890079  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1290  hypothetical protein  47.98 
 
 
258 aa  256  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.813938  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001670  hypothetical protein  48.59 
 
 
266 aa  251  7e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131782  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0522  hypothetical protein  48.43 
 
 
258 aa  248  6e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00205537 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4957  hypothetical protein  46.83 
 
 
277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264038  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04241  predicted inner membrane protein  46.43 
 
 
256 aa  241  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00100125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3633  protein of unknown function DUF1212  46.43 
 
 
256 aa  241  7.999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000233755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04207  hypothetical protein  46.43 
 
 
256 aa  241  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00106289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3691  hypothetical protein  46.43 
 
 
256 aa  241  9e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  hitchhiker  0.00166736 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4596  hypothetical protein  46.43 
 
 
277 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.19778e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4904  hypothetical protein  46.43 
 
 
277 aa  240  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000992297  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5877  hypothetical protein  46.43 
 
 
274 aa  240  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00509244  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2856  hypothetical protein  46.18 
 
 
289 aa  238  5.999999999999999e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00225782  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4909  hypothetical protein  46.43 
 
 
274 aa  238  5.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000641021  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4901  hypothetical protein  46.96 
 
 
314 aa  238  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.528257  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4867  inner membrane protein YjjP  46.96 
 
 
303 aa  238  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.573654  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4800  hypothetical protein  46.56 
 
 
314 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  0.457693 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4960  hypothetical protein  46.56 
 
 
314 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4954  hypothetical protein  46.56 
 
 
314 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0780  hypothetical protein  48.58 
 
 
266 aa  235  5.0000000000000005e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.494899  normal  0.145093 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3580  hypothetical protein  48.58 
 
 
266 aa  235  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0718  hypothetical protein  47.37 
 
 
266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.372885 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3451  hypothetical protein  48.18 
 
 
266 aa  232  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0557  protein of unknown function DUF1212  46.15 
 
 
260 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.936785  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3838  protein of unknown function DUF1212  45.6 
 
 
279 aa  224  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3643  hypothetical protein  45.6 
 
 
273 aa  224  9e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0597  protein of unknown function DUF1212  44.94 
 
 
258 aa  221  9e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43168  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0799  protein of unknown function DUF1212  46.61 
 
 
239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1691  ThrE family exporter large subunit  39.04 
 
 
267 aa  186  2e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3691  hypothetical protein  42.45 
 
 
261 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.411423  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1964  hypothetical protein  38.89 
 
 
268 aa  186  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2002  hypothetical protein  39.43 
 
 
262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0269225 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0380  putative integral membrane protein  29.03 
 
 
211 aa  95.5  7e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1962  protein of unknown function DUF1212  27.96 
 
 
258 aa  93.6  3e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0150285  hitchhiker  0.00184472 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1824  phosphoglycerate kinase  25.59 
 
 
259 aa  92  9e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1616  hypothetical protein  37.01 
 
 
260 aa  89.4  5e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1300  hypothetical protein  25.42 
 
 
258 aa  81.6  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0681274  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1181  hypothetical protein  25.42 
 
 
258 aa  81.6  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1085  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF1212 domain protein)  24.31 
 
 
258 aa  79.3  0.00000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.451526  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0908  protein of unknown function DUF1212  25.51 
 
 
256 aa  77.8  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.395602  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02000  hypothetical protein  27.52 
 
 
420 aa  73.9  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.603412  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1842  hypothetical protein  26.18 
 
 
256 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2927  hypothetical protein  26.42 
 
 
267 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0286  protein of unknown function DUF1212  27.06 
 
 
440 aa  70.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  0.0652843 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2542  hypothetical protein  25.21 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2185  hypothetical protein  26.45 
 
 
256 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1561  hypothetical protein  25.75 
 
 
256 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1896  hypothetical protein  26.86 
 
 
256 aa  68.9  0.00000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0712  hypothetical protein  24.26 
 
 
260 aa  68.6  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0658885  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0887  protein of unknown function DUF1212  25.82 
 
 
511 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2893  hypothetical protein  24.36 
 
 
269 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.135065  normal  0.152358 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0554  protein of unknown function DUF1212  23.28 
 
 
261 aa  63.5  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2596  hypothetical protein  28.74 
 
 
281 aa  62.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.517735  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0412  hypothetical protein  22.09 
 
 
253 aa  61.2  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2818  protein of unknown function DUF1212  24.69 
 
 
268 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166061  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4593  protein of unknown function DUF1212  26.92 
 
 
422 aa  61.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1317  hypothetical protein  26.58 
 
 
451 aa  60.5  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0825512  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04050  hypothetical protein  21.31 
 
 
634 aa  59.7  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1546  protein of unknown function DUF1212  25.82 
 
 
426 aa  58.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1059  protein of unknown function DUF1212  21.22 
 
 
250 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.22587  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0870  hypothetical protein  22.62 
 
 
415 aa  56.2  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1476  protein of unknown function DUF1212  25.34 
 
 
468 aa  55.8  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.783892  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0234  hypothetical protein  24.3 
 
 
254 aa  55.5  0.0000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8725  protein of unknown function DUF1212  25.1 
 
 
461 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0908337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6449  hypothetical protein  24.44 
 
 
448 aa  52  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0151051  normal  0.0379764 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0609  hypothetical protein  24.3 
 
 
254 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1527  hypothetical protein  22.36 
 
 
455 aa  51.6  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0623  hypothetical protein  24.3 
 
 
254 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0175  protein of unknown function DUF1212  26.64 
 
 
433 aa  51.2  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0769  hypothetical protein  21.46 
 
 
253 aa  49.7  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000612682  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0786  hypothetical protein  21.46 
 
 
253 aa  49.7  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0287191  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0822  protein of unknown function DUF1212  21.43 
 
 
250 aa  50.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000371019  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0517  protein of unknown function DUF1212  25.86 
 
 
422 aa  48.9  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0133361  hitchhiker  0.00000293243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0855  protein of unknown function DUF1212  20.25 
 
 
260 aa  48.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.570744 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1048  hypothetical protein  22.75 
 
 
410 aa  47.8  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0526443  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1818  hypothetical protein  26.15 
 
 
475 aa  47.8  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0772  hypothetical protein  22.31 
 
 
498 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.988975  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1064  protein of unknown function DUF1212  24.36 
 
 
478 aa  47.4  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.103063  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3640  protein of unknown function DUF1212  19.69 
 
 
467 aa  47.4  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1712  protein of unknown function DUF1212  23.32 
 
 
247 aa  47  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0019  hypothetical protein  30.71 
 
 
573 aa  45.4  0.0009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0694356 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0850  hypothetical protein  22.18 
 
 
458 aa  43.9  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000674483  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>