244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0945 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0945  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
335 aa  692    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.248074  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0996  extracellular solute-binding protein  83.58 
 
 
335 aa  597  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0844  extracellular solute-binding protein  78.21 
 
 
335 aa  566  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.680673  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0861  extracellular solute-binding protein  77.31 
 
 
335 aa  559  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0636  extracellular solute-binding protein  73.13 
 
 
335 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.632135  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3517  extracellular solute-binding protein  73.13 
 
 
335 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0744  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  72.54 
 
 
335 aa  530  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0666  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  74.33 
 
 
335 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0053906  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3347  extracellular solute-binding protein  72.54 
 
 
335 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0606  extracellular solute-binding protein  72.54 
 
 
335 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3817  extracellular solute-binding protein  71.04 
 
 
335 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.890047 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3635  extracellular solute-binding protein family 1  70.45 
 
 
335 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.84257 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3693  extracellular solute-binding protein  70.45 
 
 
335 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0002551  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3227  extracellular solute-binding protein  69.55 
 
 
335 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2588  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  64.99 
 
 
337 aa  478  1e-134  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3007  ABC iron(III) transporter periplasmic binding protein  62.09 
 
 
339 aa  462  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.050744  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03435  hypothetical protein  60.83 
 
 
337 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002574  ferric iron ABC transporter iron-binding protein  60.83 
 
 
337 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000722094  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0137  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  62.02 
 
 
352 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000186976  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1012  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  59.76 
 
 
335 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.676586  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0783  periplasmic iron-binding protein  59.17 
 
 
338 aa  418  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1092  extracellular solute-binding protein  56.29 
 
 
337 aa  386  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000221625  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0170  extracellular solute-binding protein  51.63 
 
 
349 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0327  extracellular solute-binding protein  53.31 
 
 
346 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0824216 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0769  extracellular solute-binding protein  51.68 
 
 
347 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.302389  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0601  extracellular solute-binding protein  76.74 
 
 
215 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1108  extracellular solute-binding protein  49.85 
 
 
336 aa  358  5e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.048242 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1557  extracellular solute-binding protein  51.75 
 
 
336 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.456805  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2913  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.43 
 
 
336 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3947  extracellular solute-binding protein  47.63 
 
 
338 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000383863  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4631  extracellular solute-binding protein family 1  46.37 
 
 
336 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.464324  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1439  extracellular solute-binding protein  46.37 
 
 
337 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1463  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 
338 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.46603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6369  extracellular solute-binding protein family 1  45.62 
 
 
345 aa  309  4e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.290821  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3824  extracellular solute-binding protein  45.7 
 
 
338 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0655  putative iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  45.56 
 
 
380 aa  306  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0700  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  45.54 
 
 
338 aa  306  4.0000000000000004e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5861  extracellular solute-binding protein  43.99 
 
 
345 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.492379 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1183  extracellular solute-binding protein  44.27 
 
 
347 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0923795  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2093  extracellular solute-binding protein  43.96 
 
 
347 aa  296  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412416  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3764  extracellular solute-binding protein  44.06 
 
 
362 aa  295  6e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0730  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 
347 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1210  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 
347 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13233  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0464  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  44.83 
 
 
351 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.224989  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1093  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 
347 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39155  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0688  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  44.83 
 
 
351 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.163198  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4318  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  43.75 
 
 
347 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.434511  normal  0.628753 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2856  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  44.69 
 
 
347 aa  293  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143151  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1382  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  44.51 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.560702  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1777  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  44.51 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476301  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1378  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  44.51 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1093  extracellular solute-binding protein  43.44 
 
 
347 aa  292  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1182  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  44.51 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2989  extracellular solute-binding protein family 1  42.48 
 
 
348 aa  292  6e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1511  ABC transporter, substrate binding protein  44.2 
 
 
351 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1529  extracellular solute-binding protein  45.92 
 
 
355 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0014925  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4447  extracellular solute-binding protein  43.31 
 
 
337 aa  289  5.0000000000000004e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181234  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6288  extracellular solute-binding protein  42.26 
 
 
341 aa  288  8e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1346  extracellular solute-binding protein family 1  42.72 
 
 
349 aa  287  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0473337  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3699  extracellular solute-binding protein family 1  41.49 
 
 
354 aa  285  9e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0570  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 
341 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0579  extracellular solute-binding protein family 1  42.28 
 
 
341 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0543  extracellular solute-binding protein family 1  40.85 
 
 
341 aa  278  7e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0299  extracellular solute-binding protein family 1  43.31 
 
 
345 aa  269  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0978527  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0455  extracellular solute-binding protein  42.41 
 
 
345 aa  265  8e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.479907  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1596  extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 
351 aa  260  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.924744  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2574  extracellular solute-binding protein  40.26 
 
 
339 aa  259  4e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0232421 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1188  extracellular solute-binding protein  40.06 
 
 
335 aa  257  2e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.244132  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0549  extracellular solute-binding protein  40.19 
 
 
341 aa  256  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0429047  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0115  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  40.85 
 
 
335 aa  242  7.999999999999999e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  38.53 
 
 
337 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1056  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 
337 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835874  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1200  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 
337 aa  239  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0990  ABC transporter, iron binding protein  38.46 
 
 
349 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.599077 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3844  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 
347 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  hitchhiker  0.0000000311792 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5103  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 
333 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1469  extracellular solute-binding protein family 1  39.55 
 
 
365 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1443  extracellular solute-binding protein family 1  39.55 
 
 
365 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5196  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  36.02 
 
 
333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  39.37 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2587  extracellular solute-binding protein family 1  40.48 
 
 
337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5021  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5256  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
333 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1728  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 
374 aa  231  9e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.224389  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1547  ABC iron transporter, periplasmic binding protein  36.88 
 
 
374 aa  231  2e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.231784  normal  0.33336 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0189  putative iron-binding protein  38.89 
 
 
346 aa  231  2e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.120226  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5430  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 
334 aa  229  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0277542 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0128  extracellular solute-binding protein  38.6 
 
 
347 aa  228  1e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0515184  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3377  extracellular solute-binding protein  38.98 
 
 
349 aa  228  1e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977933  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68900  putative binding protein component of ABC iron transporter  37.3 
 
 
332 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.940616  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0869  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 
372 aa  226  4e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.107686  hitchhiker  0.000000984124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3754  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 
355 aa  226  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.684526  normal  0.0834035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5962  putative iron ABC transporter binding protein subunit  37.11 
 
 
332 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1181  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  37.69 
 
 
347 aa  225  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0582814  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0314  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  36.02 
 
 
333 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2866  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 
351 aa  223  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.608635  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0897  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  38.14 
 
 
341 aa  222  6e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3092  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 
352 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00849212  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1409  iron transport system substrate-binding protein  37.04 
 
 
340 aa  221  9.999999999999999e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>