More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0901 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
302 aa  618  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  68.01 
 
 
296 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  68.01 
 
 
296 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  68.01 
 
 
296 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  67.34 
 
 
296 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  68.38 
 
 
296 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  68.04 
 
 
296 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  63.48 
 
 
298 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  68.04 
 
 
296 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3026  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 
296 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2928  LysR family transcriptional regulator  65.31 
 
 
296 aa  391  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0645759  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  67.35 
 
 
296 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 
297 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  39.18 
 
 
294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  38.83 
 
 
294 aa  209  4e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
297 aa  206  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
293 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
293 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.2 
 
 
298 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
293 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
295 aa  189  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
300 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
296 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 
294 aa  183  3e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
311 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
311 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
308 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
308 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
308 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
308 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
308 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
308 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
292 aa  166  5e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
320 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
319 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0340  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
296 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0324  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
296 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
310 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
334 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
294 aa  150  2e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
295 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
295 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  30.14 
 
 
295 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  30.14 
 
 
295 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  30.14 
 
 
295 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  30.14 
 
 
295 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  30.14 
 
 
295 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 
293 aa  146  5e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 
293 aa  145  9e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  33.22 
 
 
322 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
302 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
292 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  27.03 
 
 
292 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 
295 aa  139  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
296 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 
293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 
297 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 
297 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 
295 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
295 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
302 aa  132  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
295 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
295 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
296 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
295 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
293 aa  129  6e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
295 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  27.65 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0291  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
304 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 
291 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>