More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0670 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  644    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  76.92 
 
 		 301 aa  500  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  75.4 
 
 		 311 aa  500  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 308 aa  489  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  71.76 
 
 		 311 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  49.83 
 
 		 306 aa  328  8e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 293 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 327 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.95 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 296 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 347 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 310 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 310 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 310 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 310 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 310 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 310 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.93 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 320 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 324 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 555 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 314 aa  199  7e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  33.66 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 318 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 312 aa  195  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>