57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0660 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3666  hypothetical protein  92.53 
 
 		 388 aa  730    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0660  hypothetical protein  100 
 
 		 388 aa  795    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000211177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0482  hypothetical protein  84.02 
 
 		 388 aa  687    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000379744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2138  hypothetical protein  81.44 
 
 		 382 aa  658    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0541  hypothetical protein  88.92 
 
 		 388 aa  709    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0408675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0268  hypothetical protein  74.29 
 
 		 383 aa  600  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0320  hypothetical protein  40.44 
 
 		 416 aa  268  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1095  hypothetical protein  33.77 
 
 		 386 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4040  outer membrane protein  32.66 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4057  outer membrane protein  32.66 
 
 		 379 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0207  hypothetical protein  34.15 
 
 		 378 aa  205  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0792797 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06675  hypothetical protein  34.07 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0431  hypothetical protein  33.16 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.94677  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2510  putative outer membrane protein  31.56 
 
 		 376 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.854029  normal  0.567275 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1348  hypothetical protein  30.81 
 
 		 408 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3252  outer membrane protein  28.93 
 
 		 378 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5722  hypothetical protein  29.62 
 
 		 364 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4198  hypothetical protein  24.74 
 
 		 425 aa  99.4  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2446  surface antigen (D15)  26.9 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5327  hypothetical protein  24.93 
 
 		 358 aa  95.5  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0781  hypothetical protein  32.2 
 
 		 394 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.585384  normal  0.217138 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1599  surface antigen (D15)  26.07 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0737  hypothetical protein  25.72 
 
 		 430 aa  80.1  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000826338  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0774  hypothetical protein  25.66 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0774  hypothetical protein  25.37 
 
 		 407 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3342  Outer membrane protein/protective antigen OMA87-like protein  22.67 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.501978  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4078  outer membrane protein/protective antigen OMA87-like protein  24.17 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.47886  normal  0.117623 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1295  surface antigen (D15)  30.77 
 
 		 560 aa  73.6  0.000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000151502  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3402  surface antigen (D15)  31.12 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00692048  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1799  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  22.92 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3276  hypothetical protein  25 
 
 		 429 aa  64.7  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1602  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  23 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1767  hypothetical protein  25.77 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00449343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3729  hypothetical protein  19.14 
 
 		 414 aa  54.3  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1096  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  21.91 
 
 		 383 aa  54.3  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0286  hypothetical protein  30.32 
 
 		 376 aa  53.9  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal  0.0827061 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2608  surface antigen (D15)  28.02 
 
 		 843 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3029  glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase  26.15 
 
 		 421 aa  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1149  hypothetical protein  23.98 
 
 		 395 aa  51.6  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3409  surface antigen (D15)  27.27 
 
 		 430 aa  51.2  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3162  surface antigen (D15)  21.85 
 
 		 414 aa  50.4  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.153148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2423  hypothetical protein  25.67 
 
 		 432 aa  50.4  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17680  surface antigen (D15)  26.29 
 
 		 553 aa  49.7  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3579  hypothetical protein  29.2 
 
 		 420 aa  49.3  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00756138  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0764  hypothetical protein  27.43 
 
 		 450 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.798576  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6656  hypothetical protein  24.51 
 
 		 448 aa  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4990  hypothetical protein  24.87 
 
 		 378 aa  47.8  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4112  surface antigen (D15)  25.97 
 
 		 414 aa  47.4  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000116065  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4205  hypothetical protein  26.55 
 
 		 440 aa  47  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000231794 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0928  surface antigen (D15)  26.84 
 
 		 668 aa  46.6  0.0008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3741  surface antigen (D15)  33.05 
 
 		 821 aa  45.8  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00015  hypothetical protein  23.36 
 
 		 336 aa  46.2  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3971  hypothetical protein  27.05 
 
 		 412 aa  44.7  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.42637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3793  hypothetical protein  26.32 
 
 		 379 aa  44.3  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0094  surface antigen variable number  29.03 
 
 		 838 aa  43.5  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.39497  normal  0.155801 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4497  surface antigen (D15)  22.56 
 
 		 688 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0537472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0815  surface antigen (D15)  24.32 
 
 		 961 aa  43.1  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>