More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0586 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0586  ABC transporter-related protein  100 
 
 
327 aa  677    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.737047  hitchhiker  0.000179773 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4362  ABC transporter related  81.99 
 
 
322 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0426  ABC transporter-related protein  67.7 
 
 
340 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3538  ABC transporter related  63.35 
 
 
323 aa  412  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4202  ABC transporter related  64.5 
 
 
335 aa  411  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.933672  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2574  ABC transporter related  63.61 
 
 
346 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2749  ABC transporter related  63.28 
 
 
346 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06358  ABC transporter component  62.75 
 
 
308 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2641  ABC transporter related  64.12 
 
 
346 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001403  ABC-type multidrug transport system ATPase component  62.09 
 
 
308 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1421  ABC transporter related  62.09 
 
 
317 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1264  putative ABC transporter, ATP-binding protein  62.09 
 
 
308 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2832  ABC transporter related  61.76 
 
 
318 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.442904  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1514  ABC transporter related  61.76 
 
 
318 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1523  ABC transporter related  61.76 
 
 
318 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1550  ABC transporter related  61.76 
 
 
318 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1249  ABC transporter, ATP-binding protein  59.42 
 
 
323 aa  385  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3588  putative ABC-type multidrug transport system, ATPase component  60.46 
 
 
322 aa  384  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0874  ABC transporter related  61.31 
 
 
313 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.32724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1355  ABC transporter related  53.75 
 
 
315 aa  341  1e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000405969  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1900  ABC transporter related  47.76 
 
 
314 aa  275  6e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4664  ABC transporter related  44.34 
 
 
318 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.019733  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1912  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  45.34 
 
 
316 aa  259  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0244419  normal  0.149204 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1036  ABC transporter related  43.96 
 
 
328 aa  257  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3453  ABC transporter related  43.73 
 
 
323 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155551  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2108  ABC transporter related  41.16 
 
 
325 aa  256  3e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.947862  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0056  ABC transporter related  44.52 
 
 
326 aa  255  9e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0053  ABC transporter related  44.05 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3462  ABC transporter-related protein  45.4 
 
 
308 aa  252  7e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0164  ABC transporter ATP-binding protein  44.22 
 
 
321 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0222802  normal  0.939633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5304  putative ABC transporter ATP-binding protein  42.45 
 
 
311 aa  251  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.664589  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1761  ABC transporter related  41.41 
 
 
322 aa  249  4e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.726529  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1149  ABC transporter related  40.25 
 
 
324 aa  248  9e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.283923  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1293  ABC transporter, ATP-binding protein  42.04 
 
 
350 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.906267  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2926  ABC transporter related  41.12 
 
 
316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1083  ABC transport system ATPase component  49.39 
 
 
304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.323648 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1720  ABC transporter, ATPase subunit  41.77 
 
 
315 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.062047  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0505  ABC transporter related  44.11 
 
 
308 aa  242  5e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.509772  normal  0.852772 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0718  ABC transporter related  40.71 
 
 
314 aa  242  6e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226076  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1745  ABC transporter, ATPase subunit  42.02 
 
 
322 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0173616  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3667  ABC transporter related  41.53 
 
 
311 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4163  ABC transporter related  41.8 
 
 
323 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.417858  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0349  ABC transporter-related protein  43.23 
 
 
328 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4328  ABC transporter related  39.74 
 
 
318 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.786292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1793  ABC transporter related  39.87 
 
 
313 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00000132087  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3690  ABC transporter related  41.72 
 
 
323 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0657  ABC transporter-related protein  40.69 
 
 
320 aa  237  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1605  ABC transporter, ATP-binding protein  42.43 
 
 
309 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.692946  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4311  ABC transporter related  41.03 
 
 
317 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1588  ABC transporter related  41.21 
 
 
307 aa  236  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.187855  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3276  ABC transporter related protein  41.18 
 
 
319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2448  ABC transporter-related protein  40.32 
 
 
314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0918  ABC transporter related  41.83 
 
 
333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.800734 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0973  ABC transporter related  42.27 
 
 
319 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1341  ABC transporter related  50.68 
 
 
317 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1780  ABC transporter related protein  42.28 
 
 
312 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.150839  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0147  ABC transporter, ATP-binding protein  40.78 
 
 
309 aa  232  5e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000626362  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0658  ABC transporter-related protein  42.14 
 
 
308 aa  233  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292078 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0403  ABC transporter, ATP-binding protein  40.85 
 
 
305 aa  233  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2055  export ABC transporter ATP-binding protein  40.45 
 
 
312 aa  230  2e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.35923  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1148  ABC transporter related  40.79 
 
 
307 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00842419  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3130  ABC transporter component  41.58 
 
 
316 aa  229  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00961649  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  48.61 
 
 
512 aa  228  8e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0894  ABC transporter related  42.67 
 
 
314 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  46.34 
 
 
510 aa  228  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0457  ABC transporter related  41.18 
 
 
331 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0665642  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1606  ABC transporter, ATP-binding protein  37.99 
 
 
315 aa  226  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.704701  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1913  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  38.69 
 
 
314 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173813  normal  0.389183 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0699  ATPase  42.86 
 
 
354 aa  226  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0809  ABC transporter-related protein  48.68 
 
 
257 aa  226  6e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0408  ABC transporter related  43.45 
 
 
331 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.300517  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0917  ABC transporter related  39.42 
 
 
312 aa  224  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.807075 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4678  ABC transporter related  39.88 
 
 
667 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0738  hypothetical protein  39.61 
 
 
308 aa  223  3e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  46.64 
 
 
907 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0719  hypothetical protein  39.61 
 
 
308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0114  ABC transporter related  43.27 
 
 
270 aa  222  4.9999999999999996e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3277  ABC transporter related protein  40 
 
 
307 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2918  ABC transporter related  44.58 
 
 
247 aa  222  7e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79893  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1901  ABC transporter related  40.71 
 
 
323 aa  222  7e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.298526  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2901  ABC transporter related  44.35 
 
 
580 aa  222  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2813  ABC transporter, ATP-binding protein  44.35 
 
 
580 aa  222  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  45.6 
 
 
917 aa  222  9e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1763  ABC transporter related  38.49 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.612212  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  46.81 
 
 
912 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4697  ABC transporter related  44.4 
 
 
582 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.793973  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0972  ABC transporter related  40.13 
 
 
307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0859  ABC transporter related  39.29 
 
 
319 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0838587  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2421  ABC transporter related  42.8 
 
 
582 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.259147  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3463  ABC transporter-related protein  38.23 
 
 
305 aa  219  5e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3001  ABC transporter related  42.64 
 
 
585 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1328  ABC transporter-related protein  42.17 
 
 
576 aa  219  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2106  ABC transporter related  39.46 
 
 
311 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0810  ABC transporter related  45.3 
 
 
932 aa  217  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1285  ABC transporter related  44.3 
 
 
579 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1304  ABC transporter related  42.64 
 
 
590 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0817  ABC transporter, ATP-binding protein  44.74 
 
 
578 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0859  ABC transporter, ATP-binding protein  44.74 
 
 
578 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2849  ABC transporter related  44.74 
 
 
578 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.037407 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2558  ABC transporter, ATP-binding protein  44.74 
 
 
578 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.943618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>