More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0551 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  100 
 
 
173 aa  349  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  63.58 
 
 
172 aa  218  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  53.67 
 
 
173 aa  169  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  53.37 
 
 
178 aa  167  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  53.8 
 
 
174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  50.57 
 
 
172 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  54.49 
 
 
159 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  48.94 
 
 
186 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  49.18 
 
 
172 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  48.15 
 
 
182 aa  154  9e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  53.46 
 
 
171 aa  143  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  52.25 
 
 
176 aa  143  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  52.73 
 
 
168 aa  135  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  51.43 
 
 
169 aa  134  9e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  49.38 
 
 
170 aa  124  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  50.59 
 
 
163 aa  122  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  60.71 
 
 
166 aa  120  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  49.06 
 
 
175 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  63.3 
 
 
169 aa  117  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  45.95 
 
 
173 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  41.57 
 
 
172 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  49.4 
 
 
169 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  67.01 
 
 
169 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  44.25 
 
 
165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  61.29 
 
 
157 aa  106  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  44.23 
 
 
169 aa  105  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  53.21 
 
 
169 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  58.06 
 
 
168 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  59.14 
 
 
166 aa  98.2  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  66.2 
 
 
156 aa  97.4  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  66.67 
 
 
151 aa  96.3  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  67.65 
 
 
163 aa  94.4  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  65.15 
 
 
178 aa  92.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  37.14 
 
 
163 aa  90.9  8e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  34.46 
 
 
163 aa  90.5  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  56.94 
 
 
190 aa  89  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3822  putative V10 pilin  63.64 
 
 
163 aa  87.8  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  62.5 
 
 
187 aa  86.3  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1176  hypothetical protein  34.44 
 
 
163 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3099  methylation site containing protein  50 
 
 
172 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1109  hypothetical protein  51.95 
 
 
166 aa  82  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3444  methylation site containing protein  49.51 
 
 
167 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280491 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0327  methylation site containing protein  35.37 
 
 
179 aa  80.9  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0267191  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3266  methylation site containing protein  36.36 
 
 
167 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1101  methylation site containing protein  36.36 
 
 
167 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000943511 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0067  hypothetical protein  46.15 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  44.57 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0708  methylation site containing protein  33.53 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0386199  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3308  methylation site containing protein  47.57 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  60.66 
 
 
174 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003563  type II secretory pathway pseudopilin PulG  53.03 
 
 
163 aa  77  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  68.85 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  65.57 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4255  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  35.91 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  65.57 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  65.57 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  65.57 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02523  hypothetical protein  41.24 
 
 
163 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  60.66 
 
 
174 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  62.96 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2860  methylation site containing protein  45.54 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0999  methylation site containing protein  42.99 
 
 
164 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0926979  normal  0.0597088 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  32.34 
 
 
185 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1003  methylation site containing protein  42.99 
 
 
164 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1064  methylation site containing protein  54.41 
 
 
164 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.691522  normal  0.0588159 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  48.68 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  60 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  35.84 
 
 
156 aa  72  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  49.3 
 
 
186 aa  71.2  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3217  hypothetical protein  61.02 
 
 
108 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000170582 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0566  MSHA pilin protein MshB  40.21 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.571105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0395  methylation site containing protein  41.05 
 
 
211 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0635812  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4106  MSHA pilin protein MshB  46.27 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  54.84 
 
 
187 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0550  methylation site containing protein  31.9 
 
 
218 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000424061  normal  0.764365 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3657  methylation site containing protein  46.27 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  55.17 
 
 
187 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  52.46 
 
 
187 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1972  prepilin-type cleavage/methylation  33.51 
 
 
177 aa  64.7  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  52.46 
 
 
187 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  55.17 
 
 
187 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01338  hypothetical protein  34.78 
 
 
195 aa  64.3  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  55.74 
 
 
193 aa  64.3  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000280  MSHA pilin protein MshA  51.46 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.528287  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3690  methylation site containing protein  65.12 
 
 
185 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3829  MSHA pilin protein MshB  37.11 
 
 
205 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000175672  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0511  MSHA pilin protein MshB  37.11 
 
 
205 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000086206  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0514  MSHA pilin protein MshB  37.11 
 
 
205 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00061527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0472  methylation site containing protein  44.78 
 
 
205 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000795599  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0490  MSHA pilin protein MshB  37.11 
 
 
205 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000965015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  56.36 
 
 
186 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  45.05 
 
 
197 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  67.44 
 
 
178 aa  62.8  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1388  methylation site containing protein  41.84 
 
 
175 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  30.41 
 
 
180 aa  62  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3480  methylation site containing protein  43.28 
 
 
205 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000493749  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0391  hypothetical protein  57.78 
 
 
138 aa  61.2  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.588550000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  43.28 
 
 
201 aa  61.2  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4570  MSHA pilin protein MshB  44.93 
 
 
229 aa  60.8  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.527275  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02411  hypothetical protein  43.55 
 
 
140 aa  60.8  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>