More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0435 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0428  hypothetical protein  62.45 
 
 
736 aa  948  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3628  patatin-like phospholipase family protein  50.61 
 
 
735 aa  761  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3852  Patatin  62.2 
 
 
738 aa  961  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00970151  unclonable  3.04178e-12 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0432  patatin  62.64 
 
 
738 aa  960  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00104069  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3929  patatin  62.14 
 
 
737 aa  958  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000709115  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0435  patatin  100 
 
 
751 aa  1535  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00139608  decreased coverage  6.72418e-09 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0423  patatin  68.47 
 
 
738 aa  1040  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4050  patatin  62.47 
 
 
738 aa  964  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.129924  normal  0.182704 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3379  patatin  61.99 
 
 
737 aa  937  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0323  patatin  74.8 
 
 
735 aa  1146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  7.55516e-06  normal  0.0106628 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3595  patatin  62.5 
 
 
738 aa  959  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0117026  normal  0.37392 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0430  patatin  62.14 
 
 
739 aa  946  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.2569  normal  0.405948 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3773  patatin  61.44 
 
 
754 aa  899  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1334  patatin-like protein of phospholipase family protein  52.19 
 
 
745 aa  726  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425162  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3909  patatin  62.2 
 
 
738 aa  962  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  9.66561e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3413  patatin  61.65 
 
 
738 aa  956  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.016604  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3427  patatin  70.07 
 
 
737 aa  1053  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000209875  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0379  hypothetical protein  63.33 
 
 
734 aa  947  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101428  normal  0.24493 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002569  hypothetical protein  36.83 
 
 
776 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.765659  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03442  hypothetical protein  37.07 
 
 
771 aa  455  1e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0132  hypothetical protein  36.45 
 
 
764 aa  441  1e-122  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.948806  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5258  patatin  33.84 
 
 
777 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0887  patatin  33.56 
 
 
741 aa  392  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0503  patatin  32.09 
 
 
748 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5919  hypothetical protein  34.34 
 
 
750 aa  379  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.502789  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1473  Patatin  33.38 
 
 
745 aa  376  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1816  patatin  32.35 
 
 
728 aa  372  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1791  hypothetical protein  32.55 
 
 
728 aa  357  3e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4514  patatin  31.48 
 
 
751 aa  357  4e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20870  hypothetical protein  32.61 
 
 
728 aa  355  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.817283  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1471  patatin  31.81 
 
 
733 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553855  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3803  patatin  31.81 
 
 
727 aa  352  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.799265  hitchhiker  2.93733e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1397  patatin  31.07 
 
 
728 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0391  patatin  30.89 
 
 
790 aa  345  1e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0374937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4020  patatin  31.02 
 
 
728 aa  344  3e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0160946 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0430  patatin-like phospholipase  30.05 
 
 
753 aa  338  3e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.622197  normal  0.410505 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0605  patatin  31.59 
 
 
767 aa  303  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.37871  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0034  OMP85 family outer membrane protein  29.87 
 
 
945 aa  292  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.987848  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0818  OMP85 family outer membrane protein  29.87 
 
 
933 aa  292  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.840835  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1589  OMP85 family outer membrane protein  29.87 
 
 
728 aa  292  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0838  Patatin  33.16 
 
 
667 aa  291  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.507854 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4937  patatin  29.38 
 
 
803 aa  287  6e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  unclonable  2.95709e-05 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3431  patatin  29.25 
 
 
803 aa  287  6e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.805545  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5351  patatin  29.38 
 
 
803 aa  287  6e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.346462  normal  0.119871 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1781  OMP85 family outer membrane protein  29.53 
 
 
852 aa  286  1e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4884  patatin  29.38 
 
 
798 aa  284  4e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  3.95852e-07 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4367  patatin  29.7 
 
 
796 aa  284  5e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753572  normal  0.0149161 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2193  patatin-like phospholipase  29.4 
 
 
920 aa  283  6e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.193867  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0846  Outer membrane protein  29.4 
 
 
930 aa  283  6e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558607  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0755  patatin  29.51 
 
 
804 aa  281  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  hitchhiker  0.00235893 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0465  patatin  30.38 
 
 
729 aa  281  5e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0939  patatin family phospholipase  29.56 
 
 
714 aa  279  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3684  patatin  29.84 
 
 
813 aa  277  5e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0989446  normal  0.481087 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0727  patatin  29.61 
 
 
760 aa  222  2e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2052  Patatin  28.79 
 
 
740 aa  213  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.185363  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3685  Patatin  28.4 
 
 
720 aa  213  1e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  3.42926e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4068  patatin  24.03 
 
 
733 aa  203  9e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.288798 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01780  putative patatin-like phospholipase  29.25 
 
 
740 aa  196  9e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2033  patatin  40.79 
 
 
923 aa  187  8e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0624212  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0402  surface antigen (D15)  36.53 
 
 
950 aa  182  1e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.858509  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0290  hypothetical protein  33.05 
 
 
981 aa  182  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2996  Patatin  28.68 
 
 
746 aa  179  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  1.24103e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2040  surface antigen (D15)  36.95 
 
 
909 aa  174  6e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.813925 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1840  Patatin  37.72 
 
 
900 aa  169  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0362  hypothetical protein  34.29 
 
 
875 aa  162  1e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0207415  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1271  Patatin  29.66 
 
 
775 aa  160  6e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190834  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1467  patatin  35.56 
 
 
311 aa  160  8e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2385  Patatin  35.42 
 
 
894 aa  157  6e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0461  Patatin  35.46 
 
 
707 aa  157  8e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  34.64 
 
 
293 aa  152  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3827  Patatin  35.48 
 
 
253 aa  148  4e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.06968e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2892  patatin  33.71 
 
 
320 aa  147  7e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.679989  normal  0.123114 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1002  Patatin  37.15 
 
 
273 aa  147  8e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.687933  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1351  Patatin  31.01 
 
 
256 aa  143  9e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.019632  normal  0.0919184 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10170  Patatin  32.49 
 
 
260 aa  142  2e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.794259  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1874  Lysophospholipase  34.38 
 
 
262 aa  142  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0765  phospholipase, putative  32.4 
 
 
272 aa  142  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.557245  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0066  alpha-beta hydrolase family esterase  31.13 
 
 
310 aa  142  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1562  Patatin  33.22 
 
 
320 aa  140  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0111383  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2396  patatin  32.86 
 
 
333 aa  140  8e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.950411  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1467  Patatin  33.22 
 
 
320 aa  140  9e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2630  patatin  33.22 
 
 
263 aa  140  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  3.90545e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4900  phospholipase, putative  34.58 
 
 
259 aa  139  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3754  patatin  33.33 
 
 
263 aa  137  7e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.517458  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3839  phospholipase  33.33 
 
 
263 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.756458  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3942  phospholipase, patatin family  33.33 
 
 
263 aa  135  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3973  phospholipase, putative  33.33 
 
 
263 aa  135  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533695  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4039  phospholipase, patatin family  33.33 
 
 
263 aa  135  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.44848e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4137  phospholipase  33.33 
 
 
263 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.866358  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3686  patatin-like phospholipase  33.33 
 
 
263 aa  134  4e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.239904  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2124  patatin  32.87 
 
 
311 aa  134  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0232025  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3669  patatin-like phospholipase  32.98 
 
 
263 aa  134  5e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0414578  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0176  Patatin  34.81 
 
 
327 aa  131  4e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  3.73316e-05  decreased coverage  3.13207e-06 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1211  phospholipase, patatin family  32.62 
 
 
263 aa  130  9e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.04019e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4028  phospholipase, patatin family  32.98 
 
 
263 aa  130  9e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0568187  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2084  Patatin  31.02 
 
 
250 aa  129  2e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1896  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1174  patatin  37.21 
 
 
287 aa  129  2e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2467  patatin  30.42 
 
 
324 aa  128  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223605  normal  0.803434 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0361  patatin  31.68 
 
 
323 aa  128  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1021  Patatin  30.43 
 
 
318 aa  129  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000453292  normal  0.111336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>