More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0395 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  684    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  684    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4210  isopropylmalate isomerase large subunit  69.18 
 
 		 471 aa  683    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  86.85 
 
 		 474 aa  826    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  72.14 
 
 		 476 aa  692    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  72.14 
 
 		 476 aa  692    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  71.71 
 
 		 466 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  70.91 
 
 		 466 aa  681    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  71.71 
 
 		 466 aa  682    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  72.2 
 
 		 466 aa  690    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  71.98 
 
 		 466 aa  685    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  71.71 
 
 		 466 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  70.69 
 
 		 466 aa  675    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  682    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3826  isopropylmalate isomerase large subunit  90.56 
 
 		 466 aa  863    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  93.53 
 
 		 466 aa  892    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  87.34 
 
 		 474 aa  835    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  71.71 
 
 		 466 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  91.2 
 
 		 466 aa  863    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  71.98 
 
 		 466 aa  685    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0375  isopropylmalate isomerase large subunit  71.43 
 
 		 471 aa  675    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  686    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0336  isopropylmalate isomerase large subunit  83.66 
 
 		 482 aa  806    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2067  isopropylmalate isomerase large subunit  71.92 
 
 		 467 aa  674    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  71.71 
 
 		 466 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  71.55 
 
 		 466 aa  681    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  87.1 
 
 		 468 aa  830    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  71.71 
 
 		 466 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  71.55 
 
 		 466 aa  681    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0395  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 466 aa  960    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243407 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  72.35 
 
 		 466 aa  681    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  69.61 
 
 		 469 aa  655    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  87.5 
 
 		 474 aa  831    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  87.23 
 
 		 474 aa  824    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  85.78 
 
 		 470 aa  822    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  86.88 
 
 		 468 aa  830    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  72.14 
 
 		 476 aa  692    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  87.1 
 
 		 468 aa  831    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  684    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  71.77 
 
 		 466 aa  684    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  87.07 
 
 		 474 aa  828    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  71.77 
 
 		 466 aa  684    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  86.83 
 
 		 470 aa  813    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  87.1 
 
 		 468 aa  830    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  71.55 
 
 		 466 aa  681    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  66.52 
 
 		 466 aa  634  1e-180  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  63.09 
 
 		 477 aa  615  1e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1779  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  66.59 
 
 		 467 aa  617  1e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  64.78 
 
 		 472 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  65.73 
 
 		 468 aa  610  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3270  isopropylmalate isomerase large subunit  64.79 
 
 		 468 aa  608  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  64.29 
 
 		 469 aa  602  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  63.93 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  64.29 
 
 		 469 aa  602  1.0000000000000001e-171  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.67 
 
 		 473 aa  602  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  64.36 
 
 		 470 aa  600  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  64.15 
 
 		 469 aa  598  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  63.71 
 
 		 469 aa  596  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  63.71 
 
 		 469 aa  592  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  62.34 
 
 		 469 aa  594  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  63.07 
 
 		 469 aa  592  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2094  isopropylmalate isomerase large subunit  60.56 
 
 		 468 aa  592  1e-168  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  59.09 
 
 		 471 aa  588  1e-167  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  63.12 
 
 		 470 aa  588  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1887  isopropylmalate isomerase large subunit  60.34 
 
 		 468 aa  589  1e-167  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.574068  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.12 
 
 		 469 aa  588  1e-167  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  62.39 
 
 		 469 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  63.34 
 
 		 468 aa  588  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1516  isopropylmalate isomerase large subunit  61.67 
 
 		 477 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2225  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.15 
 
 		 471 aa  585  1e-166  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.918253  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  61.71 
 
 		 465 aa  585  1e-166  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0015  isopropylmalate isomerase large subunit  60.13 
 
 		 468 aa  587  1e-166  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  62.93 
 
 		 467 aa  586  1e-166  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  62.91 
 
 		 468 aa  586  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  60.61 
 
 		 471 aa  585  1e-166  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1921  isopropylmalate isomerase large subunit  62.05 
 
 		 469 aa  586  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.724454  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  62.47 
 
 		 470 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  60.82 
 
 		 470 aa  586  1e-166  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1985  isopropylmalate isomerase large subunit  61.46 
 
 		 477 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.682408  normal  0.0241842 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  61.67 
 
 		 469 aa  581  1.0000000000000001e-165  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1990  isopropylmalate isomerase large subunit  62.74 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508129  normal  0.146532 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3774  isopropylmalate isomerase large subunit  61.46 
 
 		 477 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2314  isopropylmalate isomerase large subunit  62.53 
 
 		 469 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2935  isopropylmalate isomerase large subunit  62.26 
 
 		 469 aa  581  1.0000000000000001e-165  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  62.83 
 
 		 470 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1812  isopropylmalate isomerase large subunit  61.12 
 
 		 466 aa  583  1.0000000000000001e-165  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364535  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  63.04 
 
 		 473 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  61.74 
 
 		 468 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2145  isopropylmalate isomerase large subunit  62.1 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  62.63 
 
 		 469 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1821  isopropylmalate isomerase large subunit  62.31 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626663  normal  0.539563 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  61.46 
 
 		 472 aa  582  1.0000000000000001e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.03 
 
 		 475 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  60.48 
 
 		 467 aa  578  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1149  isopropylmalate isomerase large subunit  60.39 
 
 		 481 aa  580  1e-164  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000597548 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3608  isopropylmalate isomerase large subunit  63.69 
 
 		 473 aa  578  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2453  isopropylmalate isomerase large subunit  62.31 
 
 		 487 aa  579  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.142412  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0624  isopropylmalate isomerase large subunit  61.77 
 
 		 470 aa  579  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1057  isopropylmalate isomerase large subunit  61.03 
 
 		 469 aa  578  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.960077  normal  0.219462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  61.26 
 
 		 470 aa  578  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>