More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0322 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  70.26 
 
 
454 aa  680    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  70.48 
 
 
454 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  70.93 
 
 
454 aa  680    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  70.7 
 
 
454 aa  683    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  77.53 
 
 
454 aa  747    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  70.93 
 
 
453 aa  687    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  71.15 
 
 
454 aa  684    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  71.15 
 
 
454 aa  684    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  70.7 
 
 
454 aa  685    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  100 
 
 
454 aa  934    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  69.82 
 
 
459 aa  684    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  70.93 
 
 
454 aa  682    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  69.45 
 
 
459 aa  644    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  70.7 
 
 
454 aa  684    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  64.18 
 
 
455 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 
557 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 
557 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  39.81 
 
 
568 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  36.75 
 
 
466 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 
562 aa  280  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 
557 aa  280  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 
615 aa  267  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  38.74 
 
 
457 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  34.43 
 
 
563 aa  257  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  39.74 
 
 
524 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 
551 aa  248  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  37.11 
 
 
559 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  34.97 
 
 
457 aa  243  5e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  34.37 
 
 
451 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  38.34 
 
 
563 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 
563 aa  236  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 
563 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  34.85 
 
 
561 aa  219  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  32.1 
 
 
453 aa  207  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  35.99 
 
 
591 aa  207  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 
565 aa  202  9e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  31 
 
 
427 aa  154  4e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  28.49 
 
 
448 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  27.03 
 
 
450 aa  109  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  28.78 
 
 
518 aa  109  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  26.87 
 
 
448 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  26.58 
 
 
435 aa  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  27.1 
 
 
593 aa  96.3  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  24.79 
 
 
518 aa  95.5  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  25.06 
 
 
446 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  26.88 
 
 
590 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  26.88 
 
 
590 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  25.8 
 
 
580 aa  88.6  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  28.57 
 
 
393 aa  89  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  27.15 
 
 
609 aa  87.8  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  26.26 
 
 
501 aa  87  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  27.21 
 
 
584 aa  87  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 
570 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.48 
 
 
565 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.23 
 
 
565 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  26.02 
 
 
569 aa  82.8  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  29.24 
 
 
609 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  25.46 
 
 
458 aa  80.5  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  28.21 
 
 
443 aa  79.7  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.6 
 
 
370 aa  79  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  25.45 
 
 
453 aa  74.7  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  24.41 
 
 
466 aa  72.8  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2003  acetate--CoA ligase  24.53 
 
 
650 aa  70.1  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807811  hitchhiker  0.00673553 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2789  AMP-dependent synthetase and ligase  26.15 
 
 
384 aa  69.7  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  24.7 
 
 
497 aa  68.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1847  amino acid adenylation  25.36 
 
 
1070 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  24.06 
 
 
547 aa  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2704  AMP-dependent synthetase and ligase  24.71 
 
 
466 aa  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.431608 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  22.67 
 
 
517 aa  63.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1588  acetate/CoA ligase  24.19 
 
 
651 aa  62.8  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0074911 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3935  acetate--CoA ligase  25.21 
 
 
650 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.82655  normal  0.289959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  22.34 
 
 
547 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2371  acetyl-CoA synthetase  25.13 
 
 
655 aa  61.6  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  24.66 
 
 
503 aa  61.2  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  26.35 
 
 
514 aa  60.5  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4746  amino acid adenylation  23.24 
 
 
983 aa  60.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  25.6 
 
 
394 aa  60.5  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1352  acetyl-CoA synthetase  24.4 
 
 
656 aa  60.1  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0172568  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3830  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  24.87 
 
 
717 aa  60.1  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.847419  normal  0.748941 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5037  acetate/CoA ligase  24.35 
 
 
656 aa  59.3  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1000  acetate--CoA ligase  25.34 
 
 
653 aa  59.7  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0778524  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2175  acyl-CoA synthetase  22.52 
 
 
472 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.114298  normal  0.0918111 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1035  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  23.12 
 
 
547 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.37 
 
 
546 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.37 
 
 
546 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.37 
 
 
546 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3194  acetyl-CoA synthetase  21.4 
 
 
649 aa  58.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3092  amino acid adenylation domain protein  22.51 
 
 
1533 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36010  acetyl-CoA synthetase  23.14 
 
 
663 aa  58.9  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.107334 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2110  AMP-dependent synthetase and ligase  22.19 
 
 
549 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.333319  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3887  acetyl-CoA synthetase  23.3 
 
 
657 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318915  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3513  acetyl-CoA synthetase  22.49 
 
 
664 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1544  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  22.13 
 
 
547 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2604  acetyl-CoA synthetase  22.28 
 
 
664 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4250  AMP-dependent synthetase and ligase  21.8 
 
 
542 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  23.58 
 
 
541 aa  57.4  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3146  acyl-CoA synthetase  24.56 
 
 
469 aa  57.4  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.22204  normal  0.0747213 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3029  amino acid adenylation domain protein  23.8 
 
 
1533 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4775  AMP-dependent synthetase and ligase  22.81 
 
 
468 aa  56.6  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2940  acyl-CoA synthetase  24.13 
 
 
469 aa  56.6  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000118125  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>