More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0287 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  417  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  60.85 
 
 		 198 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 198 aa  245  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 198 aa  245  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  60.85 
 
 		 198 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  60.85 
 
 		 198 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  60.85 
 
 		 198 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  62.77 
 
 		 202 aa  244  6e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  60.11 
 
 		 198 aa  239  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  60.11 
 
 		 198 aa  237  8e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 194 aa  222  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  54.17 
 
 		 194 aa  222  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  52.91 
 
 		 197 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  56.08 
 
 		 196 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  53.65 
 
 		 195 aa  216  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 194 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 196 aa  207  6e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  54.5 
 
 		 200 aa  206  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  50 
 
 		 199 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 206 aa  192  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 206 aa  190  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 200 aa  190  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 206 aa  187  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 206 aa  187  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 194 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  47.67 
 
 		 193 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 206 aa  185  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 311 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  48.19 
 
 		 193 aa  181  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 193 aa  174  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  44.33 
 
 		 196 aa  164  9e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 206 aa  162  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 212 aa  162  3e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  47.65 
 
 		 222 aa  161  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 212 aa  161  7e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 196 aa  159  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 209 aa  158  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  45.88 
 
 		 209 aa  154  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  149  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 199 aa  142  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  40.66 
 
 		 199 aa  139  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 199 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 199 aa  135  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 199 aa  135  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 199 aa  135  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 199 aa  135  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 199 aa  135  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  33.33 
 
 		 190 aa  127  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  37.36 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 199 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.12 
 
 		 171 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  40.12 
 
 		 171 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  34.08 
 
 		 198 aa  103  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 212 aa  95.9  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 212 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 212 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 212 aa  92.4  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 214 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 196 aa  91.3  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 211 aa  91.3  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 196 aa  91.3  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 212 aa  90.5  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 186 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 215 aa  89.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 192 aa  89.4  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 186 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 212 aa  88.6  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 209 aa  88.6  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
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NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 213 aa  86.7  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 210 aa  85.5  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  30.23 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
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NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
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NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  31.52 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  31.11 
 
 		 222 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
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NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  28.16 
 
 		 209 aa  78.2  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 202 aa  78.2  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 207 aa  77.8  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
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