More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0152 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  83.85 
 
 		 383 aa  654    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 385 aa  772    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  74.6 
 
 		 382 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  72.7 
 
 		 381 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  72.7 
 
 		 381 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  72.7 
 
 		 381 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  75.71 
 
 		 386 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  73.53 
 
 		 382 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  73.53 
 
 		 382 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  74.12 
 
 		 382 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  72.31 
 
 		 378 aa  531  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  72.43 
 
 		 381 aa  533  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  67.92 
 
 		 386 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  69.66 
 
 		 382 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  65.36 
 
 		 383 aa  473  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000302028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  57.14 
 
 		 379 aa  425  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  50.67 
 
 		 392 aa  384  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  57.67 
 
 		 378 aa  375  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.22 
 
 		 433 aa  371  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.55 
 
 		 422 aa  369  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  51.76 
 
 		 400 aa  364  1e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  51.56 
 
 		 394 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.03 
 
 		 395 aa  350  3e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  48.97 
 
 		 395 aa  348  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.77 
 
 		 399 aa  347  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  48.75 
 
 		 395 aa  343  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  48.75 
 
 		 388 aa  343  2e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  48.75 
 
 		 395 aa  343  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  48.24 
 
 		 405 aa  343  2e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  48.94 
 
 		 397 aa  340  2.9999999999999998e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  49.33 
 
 		 409 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  49.33 
 
 		 409 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  47.67 
 
 		 386 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  49.06 
 
 		 409 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  49.06 
 
 		 397 aa  335  9e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  49.06 
 
 		 397 aa  335  9e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.06 
 
 		 397 aa  335  9e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  49.06 
 
 		 397 aa  335  9e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  49.06 
 
 		 397 aa  335  9e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  49.06 
 
 		 397 aa  335  9e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 394 aa  334  2e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  49.58 
 
 		 386 aa  333  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  49.86 
 
 		 386 aa  333  4e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0520  acriflavine resistance protein A  49.6 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0763854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0517  acriflavine resistance protein A  49.6 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0579  acriflavine resistance protein A  49.6 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0884843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0526  acriflavine resistance protein A  49.6 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0536  acriflavine resistance protein A  49.6 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.45 
 
 		 379 aa  330  3e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 410 aa  330  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  48.52 
 
 		 382 aa  329  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  48.88 
 
 		 442 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  48.78 
 
 		 400 aa  329  5.0000000000000004e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  51.92 
 
 		 384 aa  329  5.0000000000000004e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  46.77 
 
 		 428 aa  328  8e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  50.44 
 
 		 383 aa  328  9e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.72 
 
 		 386 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  48.6 
 
 		 383 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.39 
 
 		 397 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  46.99 
 
 		 425 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2967  multidrug resistance protein  52.55 
 
 		 415 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  49.6 
 
 		 395 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  48.66 
 
 		 381 aa  326  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  50.44 
 
 		 418 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  50.44 
 
 		 418 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  50.44 
 
 		 418 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  47.43 
 
 		 431 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.42 
 
 		 398 aa  323  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  50.9 
 
 		 353 aa  323  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  48.34 
 
 		 385 aa  323  3e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  46.88 
 
 		 424 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.72 
 
 		 396 aa  322  8e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.07 
 
 		 385 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  48.07 
 
 		 385 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  48.07 
 
 		 385 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  48.07 
 
 		 385 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.98 
 
 		 384 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 		 397 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  46.98 
 
 		 384 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  46.99 
 
 		 424 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  46.99 
 
 		 424 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  47.27 
 
 		 412 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  48.68 
 
 		 390 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  47.79 
 
 		 385 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  47.27 
 
 		 412 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 		 404 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  46.98 
 
 		 384 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  47.79 
 
 		 385 aa  320  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  47.54 
 
 		 420 aa  320  3e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  47.79 
 
 		 385 aa  319  5e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  48.51 
 
 		 384 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  47.79 
 
 		 385 aa  319  5e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  49.42 
 
 		 386 aa  319  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  48.9 
 
 		 412 aa  318  7e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  49.33 
 
 		 423 aa  318  9e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  45.55 
 
 		 405 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.53 
 
 		 393 aa  317  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  46.99 
 
 		 420 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  46.99 
 
 		 420 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  46.99 
 
 		 420 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>