287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0113 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0113  cytidyltransferase-like protein  100 
 
 
139 aa  287  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3930  cytidyltransferase-like protein  35 
 
 
130 aa  85.1  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0295  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase, putative  35.56 
 
 
129 aa  82.8  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3211  cytidyltransferase-like protein  36.64 
 
 
132 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1691  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  33.33 
 
 
132 aa  82.4  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0283743  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4205  glycerol-3-phosphate cytidyltransferase  37.12 
 
 
131 aa  82  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.680646  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1486  cytidyltransferase-related domain protein  33.57 
 
 
170 aa  79.3  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.895055  normal  0.966364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0255  cytidyltransferase-like protein  32.37 
 
 
131 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3695  cytidyltransferase-like protein  30.66 
 
 
130 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0361  D-beta-D-heptose 1-phosphate adenylyltransferase / D-alpha,beta-D-heptose 7-phosphate 1-kinase  34.07 
 
 
516 aa  77.8  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0105  cytidyltransferase  33.81 
 
 
159 aa  76.6  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.160832  normal  0.0164853 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1075  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  37.61 
 
 
167 aa  77  0.00000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00521191  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1065  rfaE bifunctional protein  33.33 
 
 
164 aa  77  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2543  rfaE bifunctional protein  36.89 
 
 
152 aa  76.3  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000169556  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0368  rfaE bifunctional protein  33.82 
 
 
162 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2577  cytidyltransferase-like protein  39.05 
 
 
160 aa  75.5  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.526786  normal  0.149536 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3377  cytidyltransferase-like protein  31.65 
 
 
131 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1685  cytidyltransferase-like protein  31.06 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0240  putative transferase protein  32.85 
 
 
159 aa  73.9  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0505  bifunctional heptose 7-phosphate kinase/heptose 1-phosphate adenyltransferase  34.53 
 
 
480 aa  73.9  0.0000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2610  cytidyltransferase-related  38.1 
 
 
163 aa  73.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.248173  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1282  putative ADP-heptose synthase  38.61 
 
 
490 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05830  Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  33.33 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.871653  hitchhiker  0.000166463 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2791  cytidyltransferase-related domain protein  38.1 
 
 
163 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2696  cytidyltransferase-related domain protein  38.1 
 
 
163 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0199265  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4657  bifunctional ADP-heptose synthase  31.88 
 
 
161 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0346  rfaE bifunctional protein  36.96 
 
 
185 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1575  cytidyltransferase-related domain protein  40.22 
 
 
501 aa  71.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.528601  normal  0.0217414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0171  rfaE bifunctional protein  33.09 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2602  rfaE bifunctional protein  33.82 
 
 
170 aa  71.6  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0164  rfaE bifunctional protein  33.09 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0244  bifunctional protein HldE  33.09 
 
 
468 aa  71.6  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0367  ADP-D-glycero-D-manno-heptose synthase  36.69 
 
 
161 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0870794  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4052  bifunctional ADP-heptose synthase  29.71 
 
 
170 aa  71.6  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0864  rfaE bifunctional protein  31.62 
 
 
487 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.848286  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3395  rfaE bifunctional protein  31.62 
 
 
487 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2068  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  31.85 
 
 
152 aa  70.9  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1884  bifunctional ADP-heptose synthase  32.86 
 
 
173 aa  70.9  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0679  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  33.33 
 
 
132 aa  70.5  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0664  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  33.33 
 
 
132 aa  70.5  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0577  udp-N-acetylglucosamine--n-acetylmuramyl- (pentapeptide)pyrophosphoryl -undecaprenol n-acetylglucosamine transferase (undecaprenyl-PP-MurNAc-pentapeptide-udpglcnac glcnactransferase)  31.65 
 
 
472 aa  70.5  0.000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.347278  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0301  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  33.61 
 
 
185 aa  70.1  0.000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.675292  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2085  ADP-heptose synthase  32.12 
 
 
490 aa  69.3  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0300  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  31.62 
 
 
132 aa  69.7  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3211  rfaE bifunctional protein  33.33 
 
 
490 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.342523  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1901  bifunctional ADP-heptose synthase  32.85 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0730146  normal  0.846811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0922  D-beta-D-heptose 1-phosphate adenylyltransferase / D-alpha,beta-D-heptose 7-phosphate 1-kinase  36.89 
 
 
490 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.053941  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0427  cytidyltransferase-related protein  40.66 
 
 
143 aa  70.1  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2293  bifunctional ADP-heptose synthase  34.53 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.401253  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0201  rfaE bifunctional protein  34.56 
 
 
160 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2907  rfaE bifunctional protein  34.53 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0202219  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2922  rfaE bifunctional protein  34.53 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.69152 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0425  aut protein  35.97 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.121089  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0141  phosphoheptose isomerase/cytidylyltransferase  29.41 
 
 
358 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0574  cytidyltransferase-related domain protein  32.59 
 
 
516 aa  68.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.241258 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3207  cytidyltransferase-like protein  35.97 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0072  cytidyltransferase-like protein  35.97 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.41814  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0607  bifunctional ADP-heptose synthase  35.97 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1031  rfaE bifunctional protein  43.33 
 
 
501 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0444  aut protein  35.97 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47822  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0314  rfaE bifunctional protein  29.41 
 
 
358 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000289381 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1355  cytidyltransferase-like protein  35.97 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.29998  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0747  cytidyltransferase-related domain protein  31.3 
 
 
149 aa  68.6  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00798293  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0238  cytidyltransferase-like protein  35.97 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11230  cytidyltransferase-related enzyme  39.33 
 
 
484 aa  68.2  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2956  rfaE bifunctional protein  34.53 
 
 
161 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2819  rfaE bifunctional protein  34.53 
 
 
161 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675163  normal  0.258332 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6250  ADP-heptose synthase bifunctional sugarkinase/adenylyltransferase  33.81 
 
 
161 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1616  bifunctional ADP-heptose synthase  36.21 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1969  rfaE bifunctional protein  33.82 
 
 
162 aa  68.2  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0397  rfaE bifunctional protein  34.53 
 
 
160 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.32955  normal  0.0151006 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1692  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  32.56 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0309  putative transferase protein  33.33 
 
 
166 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0105  cytidyltransferase-like protein  31.39 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27890  Glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  31.82 
 
 
133 aa  67  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.90735  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4715  rfaE bifunctional protein  30.28 
 
 
166 aa  67.4  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.328325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0646  bifunctional heptose 7-phosphate kinase/heptose 1-phosphate adenyltransferase  38.54 
 
 
482 aa  67  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0146  cytidyltransferase-related domain protein  32.84 
 
 
495 aa  67  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3971  cytidyltransferase-like protein  32.37 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0571  rfaE bifunctional protein  34.13 
 
 
486 aa  66.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.861357 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16500  RfaeE domain II  31.85 
 
 
158 aa  66.6  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000908825  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2639  rfaE bifunctional protein  37.08 
 
 
461 aa  66.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2277  rfaE bifunctional protein  29.41 
 
 
163 aa  66.2  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3788  bifunctional ADP-heptose synthase  36.46 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1298  cytidyltransferase-like protein  33.33 
 
 
206 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000283099 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1422  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  32.46 
 
 
151 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4994  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  28.78 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327738  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4229  cytidyltransferase-related protein  33.81 
 
 
160 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.204202 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4553  rfaE bifunctional protein  28.06 
 
 
162 aa  65.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0711  bifunctional ADP-heptose synthase  33.33 
 
 
455 aa  65.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0342906  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3034  rfaE bifunctional protein  33.65 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000105513  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0596  rfaE bifunctional protein  29.2 
 
 
151 aa  65.1  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1676  rfaE bifunctional protein  32.35 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0342  rfaE bifunctional protein  35 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.699797 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0487  rfaE bifunctional protein  34.85 
 
 
160 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0349421 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0268  rfaE bifunctional protein  32.31 
 
 
167 aa  64.3  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5025  glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase  32.63 
 
 
144 aa  64.3  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.310334  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0486  cytidyltransferase-related  26.28 
 
 
162 aa  64.3  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1813  rfaE bifunctional protein  40.62 
 
 
472 aa  64.3  0.0000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3591  rfaE bifunctional protein  29.41 
 
 
488 aa  64.3  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00169311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>