More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0096 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  64.59 
 
 		 928 aa  1181    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  64.59 
 
 		 928 aa  1181    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  46.44 
 
 		 1022 aa  825    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  45.42 
 
 		 891 aa  769    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  60.65 
 
 		 915 aa  1102    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  59.63 
 
 		 917 aa  1093    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  50.58 
 
 		 937 aa  902    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  57.5 
 
 		 906 aa  1035    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  52.42 
 
 		 946 aa  946    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  43.33 
 
 		 979 aa  747    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  59.51 
 
 		 936 aa  1105    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  56.61 
 
 		 904 aa  995    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  43.03 
 
 		 979 aa  714    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  82.21 
 
 		 922 aa  1576    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0344  DNA polymerase I  55.9 
 
 		 925 aa  1025    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  60.76 
 
 		 915 aa  1100    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  46.62 
 
 		 892 aa  809    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  43.46 
 
 		 915 aa  694    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0319  DNA polymerase I  54.8 
 
 		 926 aa  957    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  55.92 
 
 		 896 aa  1015    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  55.7 
 
 		 896 aa  1010    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0270  DNA polymerase I  56.42 
 
 		 921 aa  1027    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  47.24 
 
 		 956 aa  820    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0163  DNA polymerase A  53.34 
 
 		 906 aa  935    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  62.75 
 
 		 916 aa  1164    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  54.8 
 
 		 926 aa  957    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  51.43 
 
 		 941 aa  926    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  43.18 
 
 		 978 aa  719    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2453  DNA polymerase I  53.46 
 
 		 907 aa  910    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  39.82 
 
 		 1010 aa  646    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  43.16 
 
 		 976 aa  714    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  54.87 
 
 		 923 aa  958    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  57.03 
 
 		 903 aa  1051    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  57.6 
 
 		 935 aa  1070    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  42.93 
 
 		 937 aa  698    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  46.21 
 
 		 891 aa  810    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  54.97 
 
 		 917 aa  939    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1645  DNA polymerase A  42.08 
 
 		 945 aa  667    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  83.28 
 
 		 921 aa  1591    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  82.67 
 
 		 935 aa  1601    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  51.84 
 
 		 943 aa  926    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  46.33 
 
 		 892 aa  764    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  58.41 
 
 		 939 aa  1077    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  42.43 
 
 		 941 aa  692    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  42.59 
 
 		 968 aa  712    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  41.83 
 
 		 937 aa  680    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  62.03 
 
 		 930 aa  1146    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  53.35 
 
 		 905 aa  942    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  42.77 
 
 		 924 aa  661    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  62.99 
 
 		 934 aa  1205    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  55.06 
 
 		 926 aa  960    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  63.2 
 
 		 932 aa  1194    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  54.76 
 
 		 923 aa  956    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  41.18 
 
 		 945 aa  651    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  48.83 
 
 		 936 aa  852    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  44.35 
 
 		 929 aa  717    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  49.95 
 
 		 957 aa  887    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  63.42 
 
 		 926 aa  1182    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  54.98 
 
 		 923 aa  959    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  57.53 
 
 		 910 aa  999    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  50.16 
 
 		 944 aa  880    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2834  DNA polymerase I  55.29 
 
 		 913 aa  940    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  80.56 
 
 		 921 aa  1545    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  60.86 
 
 		 908 aa  1092    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  62 
 
 		 928 aa  1137    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  47.87 
 
 		 988 aa  830    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2624  DNA polymerase I  52.56 
 
 		 934 aa  934    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.972131  normal  0.775806 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1500  DNA polymerase I  54.8 
 
 		 926 aa  957    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530484  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  43.86 
 
 		 935 aa  743    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  40.82 
 
 		 937 aa  642    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4493  DNA polymerase I  54.64 
 
 		 917 aa  933    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  85.33 
 
 		 930 aa  1630    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  63.66 
 
 		 928 aa  1219    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  41.33 
 
 		 978 aa  695    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 946 aa  667    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  49.31 
 
 		 941 aa  869    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  64.19 
 
 		 938 aa  1228    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  57.91 
 
 		 951 aa  1102    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  82.21 
 
 		 922 aa  1579    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  82.1 
 
 		 922 aa  1576    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  57.91 
 
 		 912 aa  1049    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  80.52 
 
 		 918 aa  1535    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  81.89 
 
 		 922 aa  1578    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  44.29 
 
 		 928 aa  736    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3243  DNA polymerase I  55.12 
 
 		 917 aa  936    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0154529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  59.78 
 
 		 913 aa  1090    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  51.84 
 
 		 922 aa  899    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  51.61 
 
 		 927 aa  897    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  42.2 
 
 		 949 aa  676    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  42.72 
 
 		 937 aa  696    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3872  DNA polymerase I  54.64 
 
 		 917 aa  933    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1612  DNA polymerase I  42.97 
 
 		 902 aa  674    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  43.54 
 
 		 911 aa  705    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  82.54 
 
 		 922 aa  1591    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  54.8 
 
 		 926 aa  957    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  44.17 
 
 		 893 aa  741    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0536  DNA polymerase I  40.04 
 
 		 946 aa  653    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  42.9 
 
 		 940 aa  702    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  60.99 
 
 		 931 aa  1117    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  80.5 
 
 		 923 aa  1545    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>