53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0093 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0093  hypothetical protein  100 
 
 
232 aa  485  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0397586  decreased coverage  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0056  hypothetical protein  70 
 
 
220 aa  335  5e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.425414  normal  0.0220256 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3717  hypothetical protein  64.41 
 
 
222 aa  307  6.999999999999999e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00803491  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0099  hypothetical protein  62.78 
 
 
222 aa  290  9e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4293  hypothetical protein  59.91 
 
 
212 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00170008  unclonable  0.00000000000496851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4490  hypothetical protein  59.43 
 
 
212 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0393698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4348  hypothetical protein  59.43 
 
 
212 aa  280  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000231362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0050  hypothetical protein  58.96 
 
 
212 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00137393  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4727  hypothetical protein  58.49 
 
 
212 aa  271  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3908  hypothetical protein  58.02 
 
 
212 aa  267  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00391987  normal  0.262705 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4000  hypothetical protein  58.02 
 
 
212 aa  266  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3910  hypothetical protein  58.49 
 
 
212 aa  262  4e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4113  hypothetical protein  56.6 
 
 
212 aa  260  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3946  hypothetical protein  54.59 
 
 
220 aa  246  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0090  hypothetical protein  51.35 
 
 
226 aa  235  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.185327 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3623  hypothetical protein  45.91 
 
 
223 aa  192  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0347369  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00013  methyltransferase-related protein  35.21 
 
 
233 aa  146  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2134  methyltransferase type 11  35.07 
 
 
212 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.453927 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2405  methyltransferase-related protein  33.18 
 
 
222 aa  143  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0230  hypothetical protein  36.62 
 
 
214 aa  140  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.818653  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001914  putative methyltransferase associated with DUF414  33.96 
 
 
212 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00577  hypothetical protein  33.81 
 
 
212 aa  137  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0514  methyltransferase domain-containing protein  36.71 
 
 
225 aa  132  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2554  methyltransferase type 12  32.21 
 
 
215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.239321  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0201  methyltransferase type 11  33.82 
 
 
217 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0201  Methyltransferase type 11  33.81 
 
 
216 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.63845 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4134  methyltransferase type 12  33.33 
 
 
213 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0643  methyltransferase type 12  30.92 
 
 
257 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3746  methyltransferase type 12  33.96 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1601  thymidylate kinase  30.14 
 
 
215 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0530437  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4267  methyltransferase type 11  33.33 
 
 
223 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.14672 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3944  methyltransferase type 11  33.81 
 
 
212 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3583  methyltransferase type 12  32.7 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4550  methyltransferase domain-containing protein  32.69 
 
 
212 aa  115  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3819  methyltransferase type 11  33.33 
 
 
212 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0420  methyltransferase type 12  28.9 
 
 
230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.662097  hitchhiker  0.00821739 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1082  methyltransferase type 12  31.78 
 
 
215 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.578159  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0329  methyltransferase type 11  32.56 
 
 
212 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3951  methyltransferase type 11  33.18 
 
 
211 aa  111  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2158  methyltransferase type 12  29.95 
 
 
223 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1150  methyltransferase type 12  29.68 
 
 
222 aa  105  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0258  methyltransferase type 12  31.9 
 
 
211 aa  102  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0504926 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06720  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1, 4-benzoquinol methylase  33 
 
 
214 aa  100  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0965  methyltransferase type 11  29.38 
 
 
217 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00498957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0301  methyltransferase type 11  32.11 
 
 
214 aa  99.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0899  Methyltransferase type 11  27.91 
 
 
217 aa  98.6  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0259  methyltransferase type 12  29.05 
 
 
211 aa  95.5  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.562572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3445  methyltransferase domain-containing protein  30.14 
 
 
213 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0109  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1,4- ben zoquinolmethylase  26.29 
 
 
214 aa  70.9  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0892  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1, 4-benzoquinol methylase  20.1 
 
 
214 aa  48.9  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1348  methyltransferase type 11  21.68 
 
 
286 aa  48.9  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.71095  hitchhiker  0.00964289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3545  hypothetical protein  28.83 
 
 
213 aa  42.7  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1243  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  24.06 
 
 
329 aa  42  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>