More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0051 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0051  flagellar biosynthesis sigma factor  100 
 
 
240 aa  494  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.900468  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0057  flagellar biosynthesis sigma factor  77.5 
 
 
240 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3633  flagellar biosynthesis sigma factor  73.59 
 
 
236 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00869538  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3449  flagellar biosynthesis sigma factor  71.61 
 
 
238 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.444138  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3950  flagellar biosynthesis sigma factor  70.34 
 
 
238 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04951  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit/flagellum specific  47.21 
 
 
242 aa  216  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001167  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  48.42 
 
 
242 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0191  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  51.43 
 
 
244 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.915338  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0233  flagellar biosynthesis sigma factor  45.79 
 
 
236 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0180  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon FliA  45.79 
 
 
369 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0202  flagellar biosynthesis sigma factor  44.44 
 
 
231 aa  187  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0660  flagellar biosynthesis sigma factor  44.44 
 
 
231 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3352  flagellar biosynthesis sigma factor  47.44 
 
 
238 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.599421  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0282  flagellar biosynthesis sigma factor  46.98 
 
 
239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00828678  normal  0.769765 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  39.64 
 
 
231 aa  170  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.84 
 
 
232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.11 
 
 
242 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.28 
 
 
245 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  38.33 
 
 
247 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  38.33 
 
 
239 aa  158  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.78 
 
 
247 aa  155  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  36.28 
 
 
248 aa  153  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  36.28 
 
 
237 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  33.87 
 
 
242 aa  150  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  36.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  35.87 
 
 
240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  36.36 
 
 
246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  34.2 
 
 
236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.8 
 
 
241 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  36.09 
 
 
246 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  36 
 
 
244 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
240 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.16 
 
 
241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  36 
 
 
244 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  36 
 
 
244 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  36.28 
 
 
244 aa  145  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  36.44 
 
 
239 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  36.84 
 
 
238 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.24 
 
 
247 aa  145  6e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.78 
 
 
257 aa  144  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  35.56 
 
 
238 aa  144  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  36 
 
 
246 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  34.96 
 
 
246 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  36 
 
 
246 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  36.2 
 
 
246 aa  143  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
243 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  35.93 
 
 
243 aa  143  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  34.67 
 
 
253 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  34.67 
 
 
253 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  36 
 
 
246 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
244 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  33.91 
 
 
239 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  35.71 
 
 
242 aa  143  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
237 aa  142  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.43 
 
 
239 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  35.43 
 
 
239 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  35.43 
 
 
239 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  35.43 
 
 
239 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1862  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.16 
 
 
247 aa  142  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.347265  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  34.55 
 
 
244 aa  142  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  35.43 
 
 
239 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  35.43 
 
 
239 aa  142  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
243 aa  141  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
243 aa  141  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
243 aa  141  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  35.56 
 
 
243 aa  141  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  35.4 
 
 
244 aa  141  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
244 aa  141  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.21 
 
 
238 aa  141  9e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
239 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  35.74 
 
 
244 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
239 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
244 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
243 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  36.32 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  35.87 
 
 
239 aa  140  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.74 
 
 
237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  33.78 
 
 
253 aa  139  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  34.98 
 
 
240 aa  139  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  35.11 
 
 
244 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  35.87 
 
 
250 aa  139  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  34.08 
 
 
239 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  34.22 
 
 
237 aa  138  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  34.22 
 
 
237 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  34.22 
 
 
237 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  34.53 
 
 
240 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  32.74 
 
 
237 aa  137  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.74 
 
 
237 aa  137  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  34.96 
 
 
239 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.36 
 
 
238 aa  137  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>