More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0033 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0029  sun protein  78.87 
 
 
428 aa  713  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.39617e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  78.4 
 
 
429 aa  706  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  6.40703e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  78.64 
 
 
428 aa  712  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0030  sun protein  77.23 
 
 
428 aa  693  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  72.77 
 
 
427 aa  640  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  84.24 
 
 
426 aa  751  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0029  sun protein  78.4 
 
 
428 aa  710  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116562 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  78.17 
 
 
427 aa  698  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0027  sun protein  78.4 
 
 
429 aa  706  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0022  sun protein  78.4 
 
 
429 aa  704  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  100 
 
 
426 aa  873  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  87.56 
 
 
425 aa  777  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  84 
 
 
427 aa  749  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0030  sun protein  78.87 
 
 
428 aa  712  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  80.05 
 
 
428 aa  716  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  78.17 
 
 
429 aa  701  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0912026 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  54.42 
 
 
444 aa  469  1e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  54.08 
 
 
427 aa  459  1e-128  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  54.31 
 
 
427 aa  461  1e-128  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  55.24 
 
 
434 aa  454  1e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  51.93 
 
 
440 aa  447  1e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  55.4 
 
 
436 aa  444  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  54.57 
 
 
429 aa  440  1e-122  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  53.86 
 
 
429 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  53.04 
 
 
428 aa  431  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  53.16 
 
 
429 aa  432  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  53.02 
 
 
429 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  53.02 
 
 
429 aa  430  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  52.22 
 
 
429 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  51.99 
 
 
429 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  53.02 
 
 
429 aa  430  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  53.02 
 
 
429 aa  430  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  53.02 
 
 
429 aa  430  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  53.02 
 
 
429 aa  431  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  53.02 
 
 
429 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  51.76 
 
 
429 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  51.99 
 
 
429 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  51.76 
 
 
429 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  52.56 
 
 
429 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  53.16 
 
 
431 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  50.47 
 
 
429 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  4.68931e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  50.93 
 
 
429 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  50.93 
 
 
429 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  50.7 
 
 
435 aa  416  1e-115  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  51.99 
 
 
431 aa  405  1e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  49.3 
 
 
437 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00020  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  48.48 
 
 
439 aa  391  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.05 
 
 
462 aa  384  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  48.36 
 
 
433 aa  364  2e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0019  Sun protein  45.39 
 
 
445 aa  348  7e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  43.18 
 
 
462 aa  348  9e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  47.71 
 
 
448 aa  339  4e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  47.59 
 
 
434 aa  337  2e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  45.02 
 
 
451 aa  337  2e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  46.9 
 
 
434 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  48.03 
 
 
436 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  5.06957e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  48.03 
 
 
436 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  48.02 
 
 
403 aa  332  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.94 
 
 
448 aa  331  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00150  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  48.56 
 
 
443 aa  329  5e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  47.1 
 
 
436 aa  329  5e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  1.36476e-07 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  47.8 
 
 
436 aa  328  9e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  1.805e-13 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  43.65 
 
 
436 aa  328  1e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1927  Sun protein  41.75 
 
 
429 aa  327  2e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1863  sun protein  41.51 
 
 
431 aa  326  5e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  45.69 
 
 
431 aa  325  9e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  47.34 
 
 
436 aa  321  2e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  46.67 
 
 
437 aa  319  7e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3583  sun protein  44.03 
 
 
443 aa  315  1e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  43.03 
 
 
429 aa  314  2e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2869  sun protein  45.87 
 
 
433 aa  312  6e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  44.39 
 
 
418 aa  309  5e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0184  sun protein  43.29 
 
 
425 aa  309  6e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00019985 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2626  sun protein  45.75 
 
 
437 aa  301  2e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2118  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  40.87 
 
 
430 aa  300  2e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.772275  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0205  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  40.87 
 
 
430 aa  299  7e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04057  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.09 
 
 
437 aa  296  3e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  40.14 
 
 
427 aa  294  2e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  40.14 
 
 
427 aa  293  3e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0197  sun protein  43.62 
 
 
432 aa  292  6e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0392  sun protein  41.31 
 
 
442 aa  279  5e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2083  sun protein  39.31 
 
 
437 aa  273  3e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  39.06 
 
 
443 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0028  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  41.9 
 
 
419 aa  263  5e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.577432 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  36.9 
 
 
457 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0022  sun protein  40.97 
 
 
431 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.242982 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0021  sun protein  40.97 
 
 
434 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3674  sun protein  38.82 
 
 
443 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0075  putative RNA methyltransferase (SUN protein)  40.75 
 
 
441 aa  260  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191133  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4086  sun protein  41.33 
 
 
435 aa  259  5e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  43.57 
 
 
457 aa  254  2e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  37.62 
 
 
463 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3123  sun protein  37.62 
 
 
463 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.615938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2509  sun protein  37.62 
 
 
463 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79792  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0039  sun protein  37.74 
 
 
453 aa  246  8e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3061  sun protein  43.81 
 
 
462 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0313  sun protein  38.76 
 
 
457 aa  239  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3120  sun protein  37.32 
 
 
488 aa  239  6e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.229687 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4412  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  39.04 
 
 
457 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.658908 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6474  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  36.62 
 
 
463 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>