More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_7939 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 
428 aa  866  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  48.48 
 
 
454 aa  373  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  45.41 
 
 
455 aa  368  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  44.75 
 
 
435 aa  361  2e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  45.55 
 
 
434 aa  347  3e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  43.98 
 
 
431 aa  346  4e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  45.43 
 
 
432 aa  333  5e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  44.53 
 
 
416 aa  331  2e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  45.43 
 
 
414 aa  326  4e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  44.17 
 
 
415 aa  319  7e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  43.59 
 
 
423 aa  318  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  42.65 
 
 
419 aa  315  7e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 
415 aa  315  9e-85  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  43.65 
 
 
414 aa  310  2e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  44.68 
 
 
412 aa  311  2e-83  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  43.8 
 
 
425 aa  309  5e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  43.65 
 
 
412 aa  297  3e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  37.59 
 
 
432 aa  274  3e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  38.27 
 
 
415 aa  263  5e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  35.51 
 
 
430 aa  249  9e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  34.34 
 
 
416 aa  175  1e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 
418 aa  173  6e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  32.48 
 
 
417 aa  173  6e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 
416 aa  168  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  4.86653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 
425 aa  168  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
415 aa  164  2e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  3.81076e-06  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 
417 aa  163  4e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
420 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 
467 aa  162  2e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  32.35 
 
 
428 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
431 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 
420 aa  159  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  34.51 
 
 
428 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.51 
 
 
428 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 
413 aa  154  3e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 
428 aa  154  3e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 
428 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2342  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
477 aa  151  2e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.936887  normal  0.0125511 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  31.09 
 
 
429 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  33.16 
 
 
433 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
473 aa  149  7e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 
417 aa  148  1e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 
421 aa  149  1e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  33.53 
 
 
420 aa  147  4e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 
425 aa  146  7e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 
425 aa  146  7e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  27.78 
 
 
410 aa  146  9e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.29 
 
 
421 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  32.14 
 
 
419 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  32.14 
 
 
419 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 
409 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  31.61 
 
 
414 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.93 
 
 
412 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  28.5 
 
 
411 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 
414 aa  144  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  31.44 
 
 
420 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  32.94 
 
 
420 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  31.19 
 
 
420 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  30.3 
 
 
449 aa  142  1e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  31.85 
 
 
412 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 
402 aa  140  4e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  30.12 
 
 
411 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  30.21 
 
 
411 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  31.87 
 
 
411 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  28.17 
 
 
414 aa  136  6e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
414 aa  135  1e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
411 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 
418 aa  132  1e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  4.80069e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
411 aa  130  5e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0862  extracellular solute-binding protein family 1  25.13 
 
 
397 aa  129  1e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  28.34 
 
 
452 aa  128  2e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  31.04 
 
 
412 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4502  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 
427 aa  127  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 
415 aa  121  2e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.45 
 
 
415 aa  119  8e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  29.87 
 
 
415 aa  119  8e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.13592e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 
415 aa  119  1e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 
415 aa  119  1e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 
415 aa  119  1e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 
415 aa  119  1e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  30.89 
 
 
415 aa  118  2e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  27.46 
 
 
388 aa  117  4e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 
415 aa  115  1e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
417 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 
415 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  27.69 
 
 
415 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2574  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 
395 aa  109  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.577743 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  28.31 
 
 
410 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  27.79 
 
 
410 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  27.5 
 
 
374 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  29.95 
 
 
415 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 
415 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
442 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.31 
 
 
415 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.31 
 
 
415 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.31 
 
 
415 aa  104  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.31 
 
 
415 aa  104  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  28.31 
 
 
415 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  28.31 
 
 
415 aa  104  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.31 
 
 
415 aa  104  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>