More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_7176 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
508 aa  995  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  78.5 
 
 
509 aa  757  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  60.36 
 
 
511 aa  548  1e-154  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  58.91 
 
 
534 aa  541  1e-152  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  57.93 
 
 
513 aa  535  1e-151  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  60.38 
 
 
520 aa  527  1e-148  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  60.38 
 
 
520 aa  527  1e-148  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  60.38 
 
 
520 aa  527  1e-148  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  57.73 
 
 
513 aa  524  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  58.81 
 
 
527 aa  511  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  57.09 
 
 
507 aa  505  1e-142  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  56.67 
 
 
513 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  56.5 
 
 
512 aa  470  1e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  54.29 
 
 
522 aa  455  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  55.36 
 
 
509 aa  451  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  52.26 
 
 
503 aa  445  1e-124  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  56.39 
 
 
519 aa  446  1e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.04 
 
 
592 aa  441  1e-122  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51 
 
 
510 aa  436  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  50.1 
 
 
507 aa  429  1e-119  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.84866e-07 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  54.07 
 
 
537 aa  425  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.76 
 
 
506 aa  426  1e-118  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.57 
 
 
539 aa  424  1e-117  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  50.1 
 
 
517 aa  396  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  34.36 
 
 
568 aa  304  2e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  36.02 
 
 
567 aa  279  9e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.31 
 
 
531 aa  277  3e-73  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.5 
 
 
552 aa  277  4e-73  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.77 
 
 
592 aa  254  3e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.51 
 
 
610 aa  253  5e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  47.48 
 
 
442 aa  252  9e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.05 
 
 
556 aa  250  4e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.84 
 
 
553 aa  243  4e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.41 
 
 
594 aa  236  1e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.73 
 
 
550 aa  233  5e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  35.4 
 
 
546 aa  229  1e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  34.11 
 
 
547 aa  213  5e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.41 
 
 
562 aa  213  7e-54  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  33.12 
 
 
603 aa  211  2e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.82 
 
 
548 aa  209  8e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  33.83 
 
 
601 aa  208  2e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.09 
 
 
576 aa  208  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  34.43 
 
 
584 aa  204  3e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  34.79 
 
 
584 aa  203  8e-51  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.19 
 
 
573 aa  202  1e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.21738 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.34 
 
 
601 aa  201  3e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.44 
 
 
590 aa  199  7e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.36 
 
 
573 aa  199  1e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.19 
 
 
573 aa  199  1e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  35.43 
 
 
584 aa  198  2e-49  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.22 
 
 
582 aa  193  5e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.31 
 
 
573 aa  192  2e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  32.89 
 
 
583 aa  189  8e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  29.89 
 
 
549 aa  184  3e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.9 
 
 
588 aa  180  6e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  28.33 
 
 
598 aa  178  2e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.65 
 
 
1017 aa  171  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.31 
 
 
583 aa  166  1e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  32.24 
 
 
533 aa  156  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  31.76 
 
 
533 aa  154  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  25.7 
 
 
535 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  30.04 
 
 
532 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  29.71 
 
 
552 aa  152  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  29.01 
 
 
803 aa  146  9e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  26.85 
 
 
530 aa  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  29.02 
 
 
544 aa  142  2e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  29.69 
 
 
535 aa  141  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  7.5537e-05 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  34.63 
 
 
522 aa  140  5e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  28.04 
 
 
532 aa  140  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  34.19 
 
 
550 aa  139  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  33.24 
 
 
558 aa  138  3e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  24.35 
 
 
545 aa  137  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  29.72 
 
 
532 aa  135  2e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  27.17 
 
 
816 aa  133  7e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 
558 aa  133  7e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  34.43 
 
 
568 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  29.69 
 
 
534 aa  130  4e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 
561 aa  129  9e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  28.4 
 
 
534 aa  129  2e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  32.95 
 
 
570 aa  129  2e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  31.69 
 
 
542 aa  127  4e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  30.79 
 
 
551 aa  127  5e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  33.75 
 
 
532 aa  127  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  33.15 
 
 
572 aa  127  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  28.07 
 
 
584 aa  127  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  32.33 
 
 
578 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  32.05 
 
 
574 aa  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  25.56 
 
 
538 aa  123  7e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  32.62 
 
 
630 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  23.21 
 
 
546 aa  123  8e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  31.1 
 
 
551 aa  122  1e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  23.03 
 
 
546 aa  122  1e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  32.61 
 
 
622 aa  122  2e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  23.96 
 
 
546 aa  122  2e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  31.69 
 
 
648 aa  122  2e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  31.1 
 
 
514 aa  121  2e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  30.59 
 
 
594 aa  120  4e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  30.91 
 
 
559 aa  120  4e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  30.53 
 
 
576 aa  119  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  29.43 
 
 
566 aa  119  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>