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for query gene Sros_3945 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  65.89 
 
 
523 aa  635  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  100 
 
 
528 aa  1041  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  64.24 
 
 
522 aa  663  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  56.5 
 
 
525 aa  554  1e-156  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  50.29 
 
 
666 aa  477  1e-133  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  44.72 
 
 
680 aa  449  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2050  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.41 
 
 
516 aa  443  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.851205  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.99 
 
 
558 aa  441  1e-122  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.84 
 
 
569 aa  441  1e-122  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.75 
 
 
504 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  44.33 
 
 
528 aa  428  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  44.12 
 
 
535 aa  424  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.95 
 
 
682 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.95 
 
 
682 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.57 
 
 
682 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.96 
 
 
504 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.59 
 
 
650 aa  419  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  46.77 
 
 
697 aa  413  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.75 
 
 
509 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1036  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  45.08 
 
 
672 aa  414  1e-114  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.75 
 
 
509 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  42.12 
 
 
539 aa  414  1e-114  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.75 
 
 
504 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8653  Arabinose efflux permease-like protein  46.47 
 
 
666 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.75 
 
 
509 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.14 
 
 
685 aa  410  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.75 
 
 
504 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  43.96 
 
 
685 aa  409  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.47 
 
 
504 aa  406  1e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.33 
 
 
509 aa  406  1e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1250  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  42.58 
 
 
567 aa  406  1e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.44425e-07 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.91 
 
 
554 aa  408  1e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1779  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  46.33 
 
 
520 aa  407  1e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.38448  unclonable  1.16602e-09 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4890  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  45.62 
 
 
513 aa  407  1e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326454  normal  0.212856 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  46.61 
 
 
676 aa  408  1e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.7 
 
 
504 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.7 
 
 
504 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.12 
 
 
504 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3285  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.38 
 
 
501 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.791434 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.91 
 
 
504 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.91 
 
 
519 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.91 
 
 
504 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.7 
 
 
504 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.7 
 
 
504 aa  400  1e-110  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2318  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.32 
 
 
678 aa  397  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3357  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.58 
 
 
505 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  2.99723e-07 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1179  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.6 
 
 
538 aa  397  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00903391  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0577  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.5 
 
 
537 aa  394  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0731  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.53 
 
 
537 aa  394  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0792  putative multidrug resistance protein  42.72 
 
 
537 aa  395  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.49033e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4643  putative multidrug resistance protein  42.06 
 
 
537 aa  394  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119486  unclonable  1.52569e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0695  putative multidrug resistance protein  42.06 
 
 
537 aa  394  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0299481  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6564  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.26 
 
 
526 aa  391  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.569718  normal  0.0165949 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3147  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.33 
 
 
541 aa  389  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  44.66 
 
 
535 aa  390  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0614  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.32 
 
 
607 aa  387  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0720  putative multidrug resistance protein  42.91 
 
 
537 aa  387  1e-106  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.55065e-20 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0573  multidrug-efflux transporter  42.91 
 
 
537 aa  387  1e-106  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0295676  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0574  multidrug resistance protein B; sugar (and other) transporter  42.91 
 
 
537 aa  387  1e-106  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3298  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.67 
 
 
538 aa  385  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0558  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.65 
 
 
538 aa  382  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  2.22683e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0662  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.68 
 
 
525 aa  378  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0630  multidrug-efflux transporter  44.26 
 
 
476 aa  376  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0118993  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2560  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.15 
 
 
557 aa  374  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.577395  normal  0.137403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.48 
 
 
523 aa  373  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08840  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.11 
 
 
592 aa  370  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0388  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.6 
 
 
532 aa  365  1e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  39.85 
 
 
491 aa  364  2e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2535  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.8 
 
 
575 aa  363  4e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.8 
 
 
555 aa  363  5e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0391  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.54 
 
 
530 aa  358  2e-97  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.979828  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.39 
 
 
641 aa  350  5e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0326  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.55 
 
 
539 aa  349  7e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2612  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.18 
 
 
565 aa  348  1e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  3.31464e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0550  tRNA-guanine transglycosylase, various specificities  38.05 
 
 
1062 aa  347  4e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1424  major facilitator family transporter  44.72 
 
 
537 aa  345  8e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  4.10629e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2111  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.17 
 
 
528 aa  345  1e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.534364  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23860  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.04 
 
 
572 aa  342  1e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0809765  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14720  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.76 
 
 
524 aa  340  4e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2988  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.54 
 
 
514 aa  340  5e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3948  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.85 
 
 
524 aa  339  6e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.448257  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1134  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.38 
 
 
513 aa  338  1e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.14385e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4105  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.38 
 
 
513 aa  338  1e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00176585  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3513  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.85 
 
 
850 aa  338  1e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3758  multidrug-efflux transporter  35.67 
 
 
513 aa  337  3e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000783495  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3742  multidrug-efflux transporter  35.19 
 
 
513 aa  337  3e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  6.25397e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4051  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.67 
 
 
513 aa  337  3e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000130909  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4018  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.67 
 
 
513 aa  337  3e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0210  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.9 
 
 
592 aa  336  6e-91  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.852197 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4122  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.48 
 
 
513 aa  335  1e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.07671e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5055  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.12 
 
 
522 aa  334  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.663135  normal  0.937687 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4216  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.48 
 
 
513 aa  334  3e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  2.09346e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.03 
 
 
593 aa  334  3e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3910  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.48 
 
 
513 aa  334  3e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.0213e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3829  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.28 
 
 
513 aa  333  5e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000236934  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0296  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.24 
 
 
531 aa  331  2e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1015  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.49 
 
 
561 aa  330  4e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11905  integral membrane protein  39.66 
 
 
687 aa  329  7e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_014165  Tbis_0331  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  37.67 
 
 
571 aa  329  7e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009664  Krad_4278  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.48 
 
 
685 aa  327  3e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00129972  normal  0.114111 
 
 
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