153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_3847 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_3847  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
196 aa  389  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252303  normal  0.0620213 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7184  transcriptional regulator, TetR family  91.53 
 
 
190 aa  348  2e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0448262 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4097  TetR family transcriptional regulator  72.34 
 
 
194 aa  237  9e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.357239  normal  0.813466 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2124  transcriptional regulator, TetR family  67.2 
 
 
195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3208  transcriptional regulator, TetR family  62.57 
 
 
204 aa  183  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.443054  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32940  transcriptional regulator, TetR family  52.13 
 
 
187 aa  176  3e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5798  transcriptional regulator, TetR family  45.86 
 
 
188 aa  140  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.03173  normal  0.214913 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1935  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 
188 aa  133  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551285  hitchhiker  0.00334969 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3434  transcriptional regulator, TetR family  40.46 
 
 
221 aa  87.8  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1092  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 
205 aa  86.3  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0623718  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3610  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
191 aa  64.7  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140089  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  37.9 
 
 
240 aa  60.5  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1944  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
429 aa  58.2  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3837  transcriptional regulator, TetR family  38.26 
 
 
178 aa  58.2  0.00000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0929  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 
180 aa  56.6  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0615031  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3484  TetR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
207 aa  57  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
220 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1558  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 
210 aa  55.8  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3369  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
237 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.15346  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19140  hypothetical protein  52.73 
 
 
188 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0125477  normal  0.347466 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  27.03 
 
 
186 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1372  regulatory protein, TetR  37.21 
 
 
193 aa  53.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306025  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1312  regulatory protein, TetR  36.49 
 
 
241 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1061  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
234 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.464557  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 
185 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39380  TetR family regulatory protein  41.27 
 
 
237 aa  52.8  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127312  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1497  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
238 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0095  transcriptional regulator, TetR family  38.4 
 
 
198 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0478352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
234 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1102  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
234 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0308  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 
190 aa  52.8  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000556725 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4120  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
234 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  38.66 
 
 
188 aa  52.4  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1502  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 
241 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16550  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
237 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1439  putative transcriptional regulator  37.33 
 
 
237 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 
184 aa  50.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1897  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 
200 aa  49.7  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0417503  decreased coverage  0.000000883258 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3878  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 
196 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0129032  normal  0.838393 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
193 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31710  hypothetical protein  47.06 
 
 
189 aa  48.9  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.547253  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 
187 aa  49.3  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 
200 aa  48.1  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13083  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 
202 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0862  hypothetical protein  44.83 
 
 
232 aa  47.4  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal  0.0703318 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 
189 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  32.47 
 
 
178 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
178 aa  47  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
216 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7555  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
414 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.838529  normal  0.947596 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4038  TetR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
166 aa  46.2  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  0.0190621 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
206 aa  45.8  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2528  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
190 aa  45.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.56508  normal  0.0962635 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2823  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 
208 aa  45.8  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00548665  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2221  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 
264 aa  45.8  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104647  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
181 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6786  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
199 aa  45.4  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
216 aa  45.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
236 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  29.2 
 
 
204 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2956  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 
207 aa  45.1  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
215 aa  44.7  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3510  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
197 aa  45.1  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0389  hypothetical protein  45 
 
 
214 aa  44.7  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 
240 aa  44.7  0.0009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
214 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
215 aa  44.3  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
198 aa  43.9  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
216 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
214 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  32.31 
 
 
186 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
214 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1002  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
186 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51169  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1021  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 
206 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0973  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
206 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2963  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
196 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.08395  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 
194 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
236 aa  43.5  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.431523 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  40 
 
 
196 aa  43.5  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4203  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
216 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0570722  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1862  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
205 aa  43.9  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0184  TetR family transcriptional regulator  22.09 
 
 
197 aa  43.5  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25180  transcriptional regulator, tetR family  40.38 
 
 
206 aa  43.5  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0941  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
206 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0905  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 
206 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 
194 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2923  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 
196 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.30016e-22 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 
180 aa  42.7  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2060  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
191 aa  42.7  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>