198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_R0100 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.95889e-06  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  9.31181e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.7634e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.09808e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.19454e-08  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.22421e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  167  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.24241e-07  hitchhiker  4.88126e-10 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  98.82 
 
 
85 bp  161  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.19757e-05  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  98.82 
 
 
85 bp  161  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  98.82 
 
 
85 bp  161  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.89505e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  98.82 
 
 
85 bp  161  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.10809e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  98.81 
 
 
85 bp  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  8.27659e-10  hitchhiker  5.2642e-10 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.05134e-08  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.03773e-09  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.90142e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.79854e-07  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.08106e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  6.51737e-09  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.33579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.39603e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.18199e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.53856e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.11763e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.84266e-07  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.86761e-09  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.86418e-05  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.37125e-05  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.02689e-07  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  5.88757e-08  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  94.03 
 
 
85 bp  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  90.79 
 
 
82 bp  95.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0737  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  5.8826e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0796  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000227497  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  93.44 
 
 
82 bp  89.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0459  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.31572e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  93.44 
 
 
82 bp  89.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  93.44 
 
 
82 bp  89.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4653  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.43114e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5018  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  5.85411e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0691  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.52915e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  93.44 
 
 
82 bp  89.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0075  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.16589e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0034  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  3.58312e-09  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0831  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  7.91902e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0723  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.25e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.67918e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.33162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.94739e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  7.36232e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00013  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.22077e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0030  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.249207  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.24514e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0034  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  3.38486e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0063  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000661955  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu03  tRNA-Leu  88.24 
 
 
88 bp  89.7  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0175696  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.90562e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0784  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.06436e-06  normal  0.448527 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.89236e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.09594e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0062  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.07662e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  7.90983e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0762  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.62709e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0050  tRNA-Leu  91.04 
 
 
85 bp  85.7  2e-15  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1765  tRNA-Leu  91.94 
 
 
85 bp  83.8  6e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.0879e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  90.54 
 
 
84 bp  83.8  6e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1770  tRNA-Leu  91.94 
 
 
85 bp  83.8  6e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.35684e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1774  tRNA-Leu  91.94 
 
 
85 bp  83.8  6e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  9.00033e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1776  tRNA-Leu  91.94 
 
 
85 bp  83.8  6e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.14198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  91.8 
 
 
85 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.41901e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  91.8 
 
 
85 bp  81.8  2e-14  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  91.8 
 
 
85 bp  81.8  2e-14  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  91.8 
 
 
85 bp  81.8  2e-14  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  91.8 
 
 
82 bp  81.8  2e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  91.8 
 
 
82 bp  81.8  2e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  91.8 
 
 
82 bp  81.8  2e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  7.67874e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  91.8 
 
 
82 bp  81.8  2e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  9.97462e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  91.8 
 
 
82 bp  81.8  2e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  91.8 
 
 
85 bp  81.8  2e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  85.88 
 
 
85 bp  73.8  6e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.81775e-06  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  85.88 
 
 
85 bp  73.8  6e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  85.88 
 
 
85 bp  73.8  6e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  85.88 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  6e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  85.88 
 
 
85 bp  73.8  6e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  5.61598e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  85.88 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.46268e-06  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  89.06 
 
 
85 bp  71.9  2e-11  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>