More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3832 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 374 aa  752    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 374 aa  752    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 363 aa  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 363 aa  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.48 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 357 aa  110  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 383 aa  109  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 365 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 		 362 aa  106  6e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.83 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 350 aa  102  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 407 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.43 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  26.4 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.43 
 
 		 351 aa  100  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 361 aa  99.4  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.84 
 
 		 375 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.64 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.41 
 
 		 377 aa  99  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 354 aa  99  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.43 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 416 aa  97.4  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 382 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.07 
 
 		 376 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 376 aa  97.1  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 350 aa  96.7  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 355 aa  96.3  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.93 
 
 		 370 aa  96.7  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 374 aa  96.7  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 360 aa  96.3  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 360 aa  96.3  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 376 aa  95.5  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 388 aa  95.5  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  25.32 
 
 		 360 aa  95.1  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2879  hypothetical protein  25.72 
 
 		 355 aa  95.1  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  23.97 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.1 
 
 		 442 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.99 
 
 		 380 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  25.41 
 
 		 361 aa  94.4  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.07 
 
 		 349 aa  93.6  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.59 
 
 		 353 aa  93.6  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  22.19 
 
 		 397 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 		 348 aa  93.2  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.64 
 
 		 509 aa  92.8  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  23.44 
 
 		 397 aa  92.8  8e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 355 aa  92.8  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 361 aa  92.8  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 365 aa  92.8  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  25.94 
 
 		 377 aa  92.8  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 		 417 aa  92.8  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 354 aa  92  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  28.2 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  23.72 
 
 		 435 aa  91.3  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 369 aa  92  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  22.87 
 
 		 397 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  25.75 
 
 		 371 aa  90.9  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 360 aa  90.9  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 399 aa  90.5  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.98 
 
 		 360 aa  90.1  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.98 
 
 		 360 aa  90.1  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  25.59 
 
 		 404 aa  90.1  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.46 
 
 		 357 aa  90.1  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 373 aa  90.1  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 354 aa  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  26.38 
 
 		 354 aa  89.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  27.22 
 
 		 367 aa  89.4  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  26.4 
 
 		 369 aa  89.4  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  23.42 
 
 		 379 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.73 
 
 		 358 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  26.35 
 
 		 405 aa  89  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 352 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 		 352 aa  88.6  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.09 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 434 aa  88.6  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 353 aa  88.6  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 354 aa  88.6  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 353 aa  88.6  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.77 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  25.41 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.82 
 
 		 368 aa  88.2  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 372 aa  88.6  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  25.5 
 
 		 354 aa  87.4  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3255  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 388 aa  87.4  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  20.71 
 
 		 371 aa  87  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 		 436 aa  87  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  23.2 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 354 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 354 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 354 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 		 375 aa  86.7  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.37122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.51 
 
 		 380 aa  86.7  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 362 aa  86.3  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 360 aa  86.3  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>