138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3544 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  90.74 
 
 
368 aa  702    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  91.28 
 
 
368 aa  707    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 
369 aa  768    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  91.28 
 
 
368 aa  704    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  90.74 
 
 
368 aa  701    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  80 
 
 
376 aa  624  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  78.08 
 
 
365 aa  608  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  77.38 
 
 
369 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  77.32 
 
 
384 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  70.03 
 
 
369 aa  550  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  68.39 
 
 
368 aa  550  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  68.25 
 
 
365 aa  527  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  66.12 
 
 
372 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  64.66 
 
 
366 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  63.11 
 
 
367 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  60.55 
 
 
367 aa  479  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  51.27 
 
 
366 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  49.03 
 
 
367 aa  375  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  50.83 
 
 
366 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  50.41 
 
 
367 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  51.13 
 
 
370 aa  368  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  49.01 
 
 
366 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  49.44 
 
 
369 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  48.88 
 
 
369 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  49.72 
 
 
370 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  49.72 
 
 
370 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  53.26 
 
 
373 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  49.15 
 
 
370 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  48.87 
 
 
365 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  48.73 
 
 
365 aa  349  5e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  47.49 
 
 
372 aa  347  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  48.46 
 
 
364 aa  346  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  48.47 
 
 
364 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  48.18 
 
 
364 aa  345  8.999999999999999e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  48.31 
 
 
361 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  48.18 
 
 
364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  48.87 
 
 
372 aa  337  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0975  tRNA 2-selenouridine synthase  45.45 
 
 
356 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432685  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  46.22 
 
 
364 aa  325  6e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  45.81 
 
 
364 aa  325  1e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  45.94 
 
 
364 aa  323  2e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  45.94 
 
 
364 aa  323  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  45.94 
 
 
364 aa  323  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  45.94 
 
 
364 aa  323  2e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  45.94 
 
 
364 aa  324  2e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  45.94 
 
 
364 aa  324  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  45.94 
 
 
364 aa  324  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  45.92 
 
 
365 aa  316  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  42.08 
 
 
374 aa  311  1e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  41.9 
 
 
364 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  44.89 
 
 
370 aa  301  9e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  43.19 
 
 
361 aa  296  4e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 
347 aa  162  9e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  33.13 
 
 
338 aa  161  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  32.14 
 
 
335 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  33.87 
 
 
353 aa  159  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  38.29 
 
 
347 aa  159  8e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  32.94 
 
 
346 aa  159  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  31.78 
 
 
345 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  34.98 
 
 
346 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  33.03 
 
 
346 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  32.33 
 
 
339 aa  155  7e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  31.91 
 
 
347 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  33.04 
 
 
358 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  34.94 
 
 
344 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  32.07 
 
 
344 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  32.06 
 
 
375 aa  150  4e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  33.66 
 
 
346 aa  149  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  31.61 
 
 
349 aa  149  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  32.44 
 
 
350 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  32.34 
 
 
350 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  32.13 
 
 
344 aa  146  7.0000000000000006e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 
366 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  32 
 
 
354 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 
346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  28.57 
 
 
347 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 
353 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  29.46 
 
 
346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  36.44 
 
 
350 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  36.44 
 
 
350 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  30.46 
 
 
371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  29.17 
 
 
346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 
375 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  28.9 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 
375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 
375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 
356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 
377 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 
375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 
375 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  34.5 
 
 
347 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  32.2 
 
 
342 aa  126  5e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  33.97 
 
 
334 aa  126  7e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 
332 aa  125  8.000000000000001e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  30.54 
 
 
352 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  29.02 
 
 
356 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  28.74 
 
 
356 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  34.02 
 
 
353 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  33.21 
 
 
332 aa  124  2e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  34.34 
 
 
353 aa  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>