More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3222 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  625  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 		 300 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  89 
 
 		 300 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  85.95 
 
 		 300 aa  540  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 300 aa  540  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  84.95 
 
 		 300 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  71.28 
 
 		 299 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  66.89 
 
 		 298 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 301 aa  418  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 298 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 307 aa  353  2e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 295 aa  216  5.9999999999999996e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0767  LysR family transcriptional regulator  90.83 
 
 		 138 aa  210  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  38.26 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.26 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.43 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.73 
 
 		 317 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 314 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.27 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.51 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 347 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 289 aa  178  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 335 aa  175  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  34.93 
 
 		 355 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>