100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2929 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2929  3'-5' exonuclease  100 
 
 
298 aa  604  1e-172  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00209751  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1014  3'-5' exonuclease  64.19 
 
 
303 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0976  3'-5' exonuclease  64.05 
 
 
299 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0707907 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0980  3'-5' exonuclease  62.26 
 
 
303 aa  353  1e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3291  3'-5' exonuclease  58.97 
 
 
315 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  3.49721e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3512  3'-5' exonuclease  59.29 
 
 
315 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.643646  normal  0.0140367 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1066  3'-5' exonuclease  57.86 
 
 
320 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0869717  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3387  3'-5' exonuclease  59.62 
 
 
315 aa  332  5e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.395277  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1153  exonuclease, putative  63.02 
 
 
261 aa  322  5e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3433  3'-5' exonuclease  40.62 
 
 
292 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.271229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2737  3'-5' exonuclease  35.83 
 
 
198 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2621  3'-5' exonuclease  31.38 
 
 
198 aa  93.6  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2827  3'-5' exonuclease  33.67 
 
 
198 aa  91.3  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0393048  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0365  3'-5' exonuclease domain-containing protein  32.4 
 
 
188 aa  90.1  4e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0888  3'-5' exonuclease  34.22 
 
 
238 aa  89  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329161  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2388  3'-5' exonuclease  35.23 
 
 
201 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000109184  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0883  3'-5' exonuclease  35.2 
 
 
201 aa  87  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0280341 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1397  3'-5' exonuclease  35.1 
 
 
195 aa  82  1e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.937954  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1912  3'-5' exonuclease  34.83 
 
 
202 aa  79.3  7e-14  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.254298  normal  0.272354 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2470  3'-5' exonuclease  36.62 
 
 
217 aa  77.4  3e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.774502  normal  0.494629 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1964  3'-5' exonuclease  32.12 
 
 
214 aa  73.6  4e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1697  3'-5' exonuclease  30.16 
 
 
203 aa  71.2  2e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46734  predicted protein  32.31 
 
 
894 aa  70.1  4e-11  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4830  3'-5' exonuclease  34.93 
 
 
294 aa  69.7  5e-11  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0991293  normal 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_27893  predicted protein  32.39 
 
 
389 aa  64.3  2e-09  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.70309 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  30.23 
 
 
392 aa  62.8  6e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  26.2 
 
 
399 aa  58.9  1e-07  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  1.84069e-07  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.28 
 
 
377 aa  57.8  2e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  32.91 
 
 
377 aa  57.8  2e-07  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  27.17 
 
 
393 aa  57  4e-07  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  34.09 
 
 
377 aa  55.8  8e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  29.76 
 
 
371 aa  54.7  2e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.15292e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  33.33 
 
 
377 aa  53.9  3e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  30.06 
 
 
400 aa  53.9  3e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  30.99 
 
 
381 aa  53.9  3e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  32.1 
 
 
377 aa  53.5  4e-06  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_93442  predicted protein  32.45 
 
 
389 aa  52.8  8e-06  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0733722 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  29.82 
 
 
392 aa  52.8  8e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29.24 
 
 
382 aa  52.8  8e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  32.35 
 
 
377 aa  52.4  8e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  34.09 
 
 
377 aa  52.4  9e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  34.09 
 
 
377 aa  51.6  1e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  29.1 
 
 
388 aa  51.6  2e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.746e-08  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  27.71 
 
 
386 aa  51.2  2e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  34.19 
 
 
393 aa  51.6  2e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  29.7 
 
 
396 aa  51.2  2e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  27.33 
 
 
392 aa  51.2  2e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  27.16 
 
 
382 aa  51.2  2e-05  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  39.33 
 
 
374 aa  51.6  2e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  30.72 
 
 
384 aa  50.8  3e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.67525e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  30.72 
 
 
384 aa  50.8  3e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.77901e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  28.3 
 
 
394 aa  50.4  3e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  27.49 
 
 
382 aa  50.8  3e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  31.33 
 
 
358 aa  50.8  3e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  29.41 
 
 
396 aa  50.4  4e-05  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  27.01 
 
 
381 aa  50.1  5e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.4851e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  27.27 
 
 
384 aa  48.9  9e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  27.22 
 
 
382 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  28.14 
 
 
369 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.59973e-05  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  28.14 
 
 
369 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.12189e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  29.17 
 
 
384 aa  48.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  28.14 
 
 
369 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  28.07 
 
 
386 aa  47.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  27.22 
 
 
384 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  29.07 
 
 
392 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  30.82 
 
 
294 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  33.61 
 
 
375 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  27.5 
 
 
295 aa  47.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  28.14 
 
 
369 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  30.48 
 
 
367 aa  47  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  28.21 
 
 
382 aa  47  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  27.22 
 
 
375 aa  46.6  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  30.25 
 
 
386 aa  46.6  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  4.81962e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  28.57 
 
 
374 aa  46.6  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  31.37 
 
 
385 aa  46.2  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  33.33 
 
 
383 aa  46.6  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  26.77 
 
 
385 aa  46.2  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  30.19 
 
 
288 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  27.17 
 
 
382 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  26.49 
 
 
368 aa  45.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.20269e-07  hitchhiker  3.05333e-05 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  34.65 
 
 
937 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  34.65 
 
 
937 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  28.15 
 
 
395 aa  45.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  26.56 
 
 
409 aa  45.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  26.32 
 
 
388 aa  44.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.136e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  26.95 
 
 
367 aa  44.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  6.18336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  29.56 
 
 
288 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30755  predicted protein  25.69 
 
 
497 aa  44.3  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213052  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  29.56 
 
 
296 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_24216  predicted protein  25.99 
 
 
614 aa  43.5  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  1.05574e-06  normal  0.257182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  30.52 
 
 
384 aa  43.5  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  29.34 
 
 
389 aa  43.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  25.83 
 
 
386 aa  43.1  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  27.04 
 
 
389 aa  43.1  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  27.81 
 
 
385 aa  42.7  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  30.53 
 
 
392 aa  42.7  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  31.71 
 
 
940 aa  42.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  23.53 
 
 
379 aa  42.7  0.008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  25.75 
 
 
370 aa  42.7  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  25.86 
 
 
395 aa  42.4  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>