More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2544 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  100 
 
 		 168 aa  350  4e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  88.1 
 
 		 168 aa  320  5e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  88.1 
 
 		 168 aa  320  5e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  88.62 
 
 		 168 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  85.12 
 
 		 168 aa  313  5e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  86.14 
 
 		 166 aa  307  5.9999999999999995e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  86.14 
 
 		 166 aa  305  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  86.14 
 
 		 166 aa  305  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  85.54 
 
 		 166 aa  303  6e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  53.67 
 
 		 179 aa  202  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  56.33 
 
 		 166 aa  194  7e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  55.09 
 
 		 170 aa  192  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  49.71 
 
 		 175 aa  191  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  52.63 
 
 		 179 aa  189  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  54.44 
 
 		 167 aa  189  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  52.33 
 
 		 173 aa  187  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  35.15 
 
 		 175 aa  102  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  30.67 
 
 		 169 aa  99  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  33.94 
 
 		 174 aa  98.2  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  33.13 
 
 		 170 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  32.05 
 
 		 163 aa  92.8  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  34.91 
 
 		 166 aa  92  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  28.92 
 
 		 177 aa  91.3  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  30.63 
 
 		 167 aa  89.7  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  30.63 
 
 		 167 aa  89.7  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 		 162 aa  89  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  30.92 
 
 		 162 aa  89  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  34.91 
 
 		 166 aa  89  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  33.74 
 
 		 182 aa  88.6  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  33.33 
 
 		 178 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  31.58 
 
 		 162 aa  85.9  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 		 162 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  32.68 
 
 		 162 aa  86.3  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  30.38 
 
 		 165 aa  85.9  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  27.16 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  30.92 
 
 		 162 aa  85.5  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  29.05 
 
 		 174 aa  85.1  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  33.97 
 
 		 165 aa  84.7  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  32.67 
 
 		 162 aa  83.6  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  32.67 
 
 		 161 aa  83.6  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  28.05 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  30.06 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  32 
 
 		 162 aa  80.9  0.000000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  30 
 
 		 184 aa  75.5  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  29.8 
 
 		 153 aa  74.7  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  27.44 
 
 		 174 aa  70.1  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  26.38 
 
 		 174 aa  67.4  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  26.88 
 
 		 169 aa  67.4  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  27.89 
 
 		 154 aa  65.1  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  26.71 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  25.9 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  28.03 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  26.11 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  25.45 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  25.32 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  26.15 
 
 		 170 aa  61.6  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  30 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  26.67 
 
 		 172 aa  59.3  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  25.17 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  26.88 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  29.19 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  26.54 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  24.14 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  25.77 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  26.71 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  33.64 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  24.07 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  25.62 
 
 		 187 aa  57.4  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  25.79 
 
 		 177 aa  57.4  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  24.53 
 
 		 172 aa  57  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  24.58 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6556  NusG antitermination factor  23.56 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0171458  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  23.33 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23990  transcription antitermination protein nusG  25 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  27.54 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  26.54 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  26.54 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  25.43 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6676  hypothetical protein  21.66 
 
 		 171 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26464  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  23.9 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  23.95 
 
 		 185 aa  53.9  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  24 
 
 		 175 aa  53.9  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  27.14 
 
 		 207 aa  53.9  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0396  transcription termination/antitermination factor NusG  21.86 
 
 		 184 aa  52.8  0.000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.000310476  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  22.84 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  23.17 
 
 		 243 aa  53.1  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>