184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2470 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2866  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  82.5 
 
 
433 aa  740  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0131226  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
445 aa  901  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  1.67182e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1462  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  82.27 
 
 
431 aa  734  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00212901  unclonable  3.39472e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1587  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  86.14 
 
 
438 aa  781  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.18349e-07  unclonable  4.30527e-12 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1450  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  81.69 
 
 
428 aa  735  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.53151e-05  unclonable  9.46875e-11 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1397  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  80.91 
 
 
431 aa  726  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00928382  unclonable  2.43576e-11 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2791  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  85.68 
 
 
438 aa  779  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  8.98305e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3099  long-chain fatty acid transport protein, putative  83.26 
 
 
440 aa  761  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  60.75 
 
 
434 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  7.76056e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  58.08 
 
 
438 aa  508  1e-142  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.65967e-07  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3037  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  56.9 
 
 
441 aa  506  1e-142  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  4.00429e-07  normal  0.0267167 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1618  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  57.45 
 
 
440 aa  508  1e-142  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  7.9524e-07  decreased coverage  1.70841e-09 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  56.26 
 
 
439 aa  501  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  1.12018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  57.46 
 
 
440 aa  495  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.36439e-08  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1414  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  54.8 
 
 
443 aa  484  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.39159e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2687  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  55.8 
 
 
427 aa  476  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  9.55558e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03124  hypothetical protein  43.61 
 
 
420 aa  355  1e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  42.6 
 
 
419 aa  348  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  42.25 
 
 
415 aa  332  9e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0561  long-chain fatty acid transport protein  40.35 
 
 
428 aa  331  2e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0492643  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  38.19 
 
 
432 aa  301  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  38.34 
 
 
428 aa  291  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  5.35062e-07  hitchhiker  8.60939e-06 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.96 
 
 
422 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.74 
 
 
417 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.48 
 
 
427 aa  249  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.69 
 
 
440 aa  246  5e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  35.17 
 
 
419 aa  243  4e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.18 
 
 
415 aa  243  4e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.57 
 
 
421 aa  241  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  33.2 
 
 
453 aa  241  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  8.09472e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.33 
 
 
421 aa  239  7e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.33 
 
 
421 aa  239  8e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.3 
 
 
435 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.3 
 
 
435 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.3 
 
 
437 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.3 
 
 
437 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  2.85546e-12 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  35.41 
 
 
412 aa  238  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.3 
 
 
435 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.79 
 
 
446 aa  237  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.79 
 
 
446 aa  237  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.79 
 
 
446 aa  237  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  30.57 
 
 
446 aa  237  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  30.57 
 
 
448 aa  237  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.57 
 
 
448 aa  237  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.79 
 
 
446 aa  237  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.48 
 
 
430 aa  237  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  6.32854e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.85 
 
 
446 aa  236  6e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.57 
 
 
446 aa  236  8e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  34 
 
 
414 aa  233  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  33.56 
 
 
414 aa  232  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.13 
 
 
444 aa  228  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.61 
 
 
450 aa  222  1e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.69 
 
 
448 aa  213  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.48 
 
 
448 aa  212  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.35 
 
 
451 aa  209  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.62 
 
 
449 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.62 
 
 
449 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.69798e-10 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.62 
 
 
449 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  30.54 
 
 
437 aa  209  8e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.62 
 
 
449 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.91 
 
 
449 aa  208  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  30.49 
 
 
445 aa  197  2e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52847e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.3 
 
 
450 aa  197  4e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  3.12339e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  30.09 
 
 
464 aa  196  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  4.17169e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.52 
 
 
432 aa  193  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.19 
 
 
452 aa  191  3e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.48311e-07  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  31.12 
 
 
442 aa  190  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.25 
 
 
428 aa  188  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.8 
 
 
451 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.21115e-07  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  29.76 
 
 
438 aa  187  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  30.75 
 
 
429 aa  186  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  30.41 
 
 
432 aa  180  5e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.89 
 
 
427 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.65 
 
 
423 aa  163  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.46 
 
 
424 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.13 
 
 
400 aa  160  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.01 
 
 
426 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  28.51 
 
 
424 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.19 
 
 
423 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.84 
 
 
421 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.21 
 
 
421 aa  148  1e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.39 
 
 
421 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.25 
 
 
401 aa  139  9e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  8.05243e-08 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  27.27 
 
 
422 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.95 
 
 
488 aa  134  2e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.8 
 
 
442 aa  129  1e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.83 
 
 
450 aa  128  2e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.06 
 
 
415 aa  128  2e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.36 
 
 
442 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  3.3121e-15  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.5 
 
 
450 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  25.93 
 
 
432 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.94 
 
 
450 aa  124  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.2 
 
 
364 aa  123  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  26.34 
 
 
424 aa  123  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  24.89 
 
 
429 aa  122  2e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.28 
 
 
450 aa  120  5e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5229  outer membrane protein  25.31 
 
 
482 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  25.63 
 
 
463 aa  119  1e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0351  outer membrane protein transport protein  25.47 
 
 
407 aa  113  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0140181  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  26 
 
 
429 aa  113  7e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>